종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1995.5.2. 취득한 서울특별시 OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 주택재건축사업에 제공하고 재건축(2003.5.10. 사용승인)한 아파트인 서울특별시 OOO호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2008.7.3. 양도하고 2008.10.24.조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 종전주택의 양도소득(이하 “종전주택 양도소득”이라 한다)을 포함하여 산출세액 전액을 감면신청하여 양도소득세 신고를 하였
• 다. 나. 처분청은 조세특례제한법제99조의3 신축주택취득자에 대한 양도소득세 감면규정이 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대해서만 양도소득세를 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득시기(사용승인일)까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2012.4.23. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정고지하였 다
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.27. 심판청구를 제기하였

• 가. 청구인 주장 종전주택과 신축주택은 문자적으로나, 어의적으로나, 법적으로나, 개념적으로나 상이한 의미를 지니고 있는바, 신축주택의 양도소득세 산정시 종전주택 보유기간을 포함시키는 것은 법 자체가 잘못된 것이다. 종전주택은 1가구 1주택으로 현행법상 고가주택에도 해당하지 아니하여 완전히 면세되는 주택으로 보아야 한다. 조세특례제한법, 소득세법제89조, 소득세법 시행령제166조 등 조세관련 법령과 도시 및 주거환경정비법은 그 목적이 상이함에도 이를 서로 연관시키는 것은 자의적인 법적용이다. 조세특례제한법제99조에는 종전주택에 관한 사항은 어디에도 없어 신축주택의 양도소득세 감면에서 종전주택의 보유기간을 포함하는 것은 불법적인 자의적 적용이고, 청구인은 종전주택에 대해 법적인 청산절차를 완료하였으므로 종전주택의 보유기간을 포함하는 양도소득세를 납부해야 할 아무런 근거도 없다. 처분청이 청구인에게 보내 온 심의자료에 의하면, 조세특례제한법제99조의3에 관한 국세청 예규가 종전(2005.11.8. 이전)에는 청구인이 주장하는 바와 같이 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8.)하였다가, 2009.1.20. 이후로 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 소득에 해당하지 아니하는 것으로 종전의 해석을 변경하였다고 되어 있는데, 청구인의 신축주택 양도시기가 종전 예규가 적용되는 기간에 해당하므로 처분청의 과세처분은 법규불소급의 원칙에 위반되는 것이다. 소득세법제89조 제2항의 “입주자로 선정된 지위를 보유하다가”의 조문에서 “보유하다가”의 의미는 조합원의 지위가 유지되어 있는 상태에서의 상황을 적용한 것으로서 이미 신축주택이 완공되어 입주한 소유자를 포함하지 아니하는 의미로 해석하여야 하고, 처분청의 논리대로 종전주택의 보유기간을 양도소득기간에 포함해야 된다면, 종전주택의 소유로 인한 평면 및 공간적 잠재가치에 근거한 점이라고 볼 때, 비조합원으로서 신축주택을 구입한 일반분양자에게도 잠재가치를 적용해야 하는 논리가 대두되어 그들도 조합원과 같은 양도소득세를 부과하여야 한다는 결론에 도달하게 된다. 따라서 조합원의 양도소득세를 산정에 있어 종전주택의 보유기간을 포함하는 것은 비합리적이고 비논리적이다. 처분청의 심의자료에서 “현재까지 그러한 해석을 유지하고 있다”라고 기술되어 있는데, 이는 관련 세법의 뜻이 명확하지 못함을 스스로 인정하는 것으로 모호한 법령을 납세자에게 준수하라고 하는 것은 입법자의 잘못으로 보아야 하므로 그 결과에 대한 책임은 처분청에 있다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정은 그 입법취지가 입법 당시 신규주택의 수요를 촉진하여 침체된 주택경기를 부양하기 위한 것으로, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세 감면을 규정하고 있고, 법규과-3956(2008.9.9.), 재산세과-227(2009.1.20.) 등 국세청 세법해석사례 및 조세심판원 결정례 등에서도 재건축주택에 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다고 일관되게 해석하고 있는 점을 고려하면, 이 건의 경우에도 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상 소득이 아니라고 해석함이 타당하

• 가. 쟁 점 재건축주택의 종전주택 양도소득금액이 조세특례제한법제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 신축주택 등기부등본에 의하면, 청구인은 2003.6.30. 신축주택을 소유권보전으로 소유권을 취득하여, 2008.4.28. 매매를 원인으로 2008.7.3. 소유권을 이전한 것으로 나타난다.

(2) 처분청이 제출한 종전주택 및 신축주택의 매매계약서에 의하면, 청구인은 1995.3.25. 종전주택을 OOO원에 취득하였고, 2008.4.28. 신축주택을 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였다.

(3) 청구인의 신축주택에 대한 조합원 분담금 납부계약서에서 청구인은 신축주택의 조합원 분담금으로 OOO원을 부담한 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 2008.10.24. 당초 처분청에 양도소득세 신고를 하면서 제출한 “현물출자 등에 대한 세액감면신청서”에 의하면, 종전주택(건물 및 부수토지)은 OOO원으로 평가된 것으로 나타난다. (5) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 당초 청구인이 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원, 필요경비를 OOO원으로 하여 양도차익을 OOO원, 이 중 비과세 양도소득을 OOO원으로 계산하고, 동 양도차익에서 장기보유특별공제 OOO원, 양도소득기본공제 OOO원을 차감한 과세표준 OOO원에 대해 산출세액을 OOO원으로 계산하여 동 산출세액이 전액 감면되는 것으로 하여 신고한 것을 처분청은 감면세액을 OOO원으로 재계산하여 납부불성실가산세 OOO원을 가산하고, 기납부세액 OOO원을 차감하여 양도소득세 OOO원을 추가고지하는 것으로 경정하였다.

(6) 조세특례제한법」제99조의3 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호는 “도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 현재의 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로, 신축주택 취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도 소득세 과세대상소득금액에서 차감한다.”는 취지로 규정하였고, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 “당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.”고 규정하였으며, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 아래 산식에 의하여 감면대상 양도소득금액을 산정하도록 규정하고 있다. 양도소득금액 × (취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)

(7) 이상의 사실관계 및 관련법령등을 종합하여 보면, 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취 득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것으로 보는 것이 타당하다. 따라서 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득시기(사용승인일)까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.