비거주자에 대하여 표2(1세대 1주택, 최대 80%)의 장기보유특별공제율을 적용하기 어려움

심판청구를 기각한다

• 가. 청구인은 1987.4.18. 취득한 OOO 겸용주택(이하 ‘쟁점주택’이라 한다)을 2008.10.29. 양도하고, 2008.10.14. 양도소득세 신고시 쟁점주택의 양도일 현재 비거주자(청구인은 1995.10.17. 미국으로 이주함)라 하여소득세법제95조 제2항 단서규정(과세대상인 1세대 1주택의 경우 장기보유특별공제를 보유기간에 따라 최고 80% 공제)을 적용하지 아니하고 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다.
• 나. 이후 청구인은 2011.12.28. 확정된 대법원 판례(대법원 2009두 21147. 2011.7.14. 양도소득세가 과세되는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 조항은 비거주자의 경우에도 그대로 적용됨)에 의해 소득 세법제95조 제2항 단서규정을 적용하여 2008년 귀속 양도소득세 O,OOO,OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2012.2.27.소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 및 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유 특별공제 계산은 비거주자에게는 적용되지 아니한다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.17. 이의신청을 거쳐 2012.9.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법(2009.12.31. 법률 제98907호로 개정되기 전의 것) 제121조 제2항에서 토지 또는 건물의 양도소득 등이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다고 규정되어 있고, 같은법 시행령 제159조 제2항에서는 1세대1주택에 대한 장기보유특별공제 적용시에 거주자와 비거주자를 구분한다는 규정이 없으므로 비거주자에 대해서도 동일하게 적용되어야 하며, 대법원에서 확정판결된 사례 (대법원 2009두21147., 2011.7.14. 참고)와 동일한 이 사건에 대해 청구인이 비거주자라는 이유로 쟁점주택의 양도에 대해 장기보유특별공제 적용을 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제159조의2가 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에 그 자산의 양도차익에 대한 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유특별공제계산은 거주자에게 적용하는 것으로 비거주자에게 적용되지 아니한다라고 규정하고 있으며(부동산거래관리과-1064. 2011.12.21., 기획재정부 재산세제과-962, 2008.12.10.), 또한 대법원 판례는 당해 사건에만 적용되는 것으로, 국세청의 소득세법상 해석은 일관되게 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제에 대하여 거주자와 비거주자의 적용에 차이를 두고 있는 바,소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 및 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유특별 공제계산은 거주자에게 적용하는 것으로 비거주자에게 적용되지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비거주자인 청구인이 국내에 보유한 1주택인 쟁점주택을 양도할 당시 1세대 1주택 요건을 충족한 것으로 보아소득세법제95조 제2항 단서에 따른 [표2]의 장기보유특별공제율(한도 80％)을 적용할수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 처분청은 비거주자인 청구인이 양도한 쟁점주택이소득세법제95조 제2항 단서에 따른 [표2]의 장기보유특별공제율(한도 80％)의 적용대상이 아니라 하여 이 건 처분을 하였고, 청구인은 장기보유특별공제제도의 취지나 성격면에서 비과세나 감면과는 달라 거주자에 한정하여 적용할 특별한 이유가 없다고 주장하면서 청구주장에 대한 근거증빙으로 대법원 판례(2009두21147., 2011.7.14.)를 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 과세자료를 보면, 청구인은 1987.4.18. 취득한 쟁점주택을 2008.10.29. 양도하고, 2008.10.14. 양도소득세 신고시 쟁점주택의 양도일 현재 비거주자라 하여소득세법제95조 제2항 단서규정(과세대상인 1세대 1주택의 경우 장기보유특별공제를 보유기간에 따라 최고 80% 공제)을 적용하지 아니하고 2008년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원을 예정신고ㆍ납부한 후, 2012.6.25. 대법원 판례(대법원 2009두 21147. 2011.7.14. 양도소득세가 과세되는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 조항은 비거주자의 경우에도 그대로 적용됨)를 근거로소득세법제95조 제2항 단서규정을 적용하여 양도소득세 O,OOO,OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는 바, 처분청은 2012.2.27.소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 및 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유특별공제 계산은 비거주자에게는 적용되지 아니한다 하여 이 건 처분을 하였다. (2)소득세법제95조 제1항에서 ‘양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 장기보유특별 공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 [표1]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고, 단서에서 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도 차익에 [표2]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제159조의2에서는 ‘법 제95조 제2항 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다’고 규정하고 있고, 같은 령 제154조 제1항에서 1세대를 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 세대로 규정하고 있다.

(3) 살피건대,소득세법의 1세대 1주택 비과세 및 장기보유 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가정책적 목적을 세제측면에서 지원하기 위한 것으로 보이는 점, 소득세법 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 “대통령령으로 정 하는 1세대 1주택”에 해당하는 경우 [표2]의 공제율을 적용하도록 하고 있는 바, 여기서 ‘1세대’는 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”를 의미하므로 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였더라도 양도할 당시 비거주자인 이상, 쟁점주택은소득세법제95조 제2항 단서 규정상 1세대 1주택에 해당하지 아니하여 같은 항 본문[표1]의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다 [조심 2012서1340(2012.6.22.)외 다수, 같은 뜻임]. 따라서, 처분청이소득세법제95조 제2항 단서에 따른 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.