검인계약서상의 매매가액을 실지취득가액으로 보아 과세한 처분은 부당함

OOO세무서장이 2012.8.7. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 381,926,620원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1989.4.12. 취득한 서울특별시 OOO 및 근린생활시설 592.94㎡(청구인이 취득하면서 증축한 3층 일부 및 4층을 포함한 면적으로, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2008.6.16. 양도하고, 2008.7.28. 양도소득세 신고를 하면서 양도가액은 실거래가액인 OOO원, 취득가액은 기준시가에 의한 환산취득가액 OOO원으로 산정하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 신고한 환산취득가액을 부인하고, 취득가액을 검인계약서(이하 “쟁점검인계약서”라 한다)에 기재된 OOO원으로 조사하여 2012.8.7. 2008년 귀속 양도소득세 381,926,620원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산을 김OOO 등으로부터 취득하면서 1989.1.20. ‘OOO부동산’(대표 김OOO 사망)에서 매매계약을 체결하였으나, 오랜 시간이 경과하여 매매계약서를 보관하고 있지 않고, 매매금액도 정확히 기억나지 않으며, 취득당시인 1989년은 등기 신청서류로 검인계약서가 새로 도입된 과도기적 시점으로 검인계약서는 취·등록세 관련하여 형식적으로 제출하는 계약서로 실제 매매계약금액보다 적은 금액으로 작성하는 것이 관행이었으며, 전 소유자가 당시 매매가액을 정확하게 확인하지 못해 확인서를 받지 못하였으나, 쟁점검인계약서가 실거래가액 매매계약서가 아닌 사항에 대하여는 처분청 조사시에도 확인한바 있다. 쟁점검인계약서 내용을 살펴보면, 쟁점부동산은 상가건물로서 청구인이 전 소유자로부터 임대차계약을 승계하였음에도 임대차보증금과 관련된 사항이 전혀 기재되어 있지 않는 등 형식적으로 작성된 계약서라 볼 수 있으며, 일반적으로 부동산은 기준시가보다 높은 가액으로 거래됨에도 쟁점검인계약서상 매매금액은 기준시가의 36.86%로 현저히 낮아 실제 취득가액으로 볼 수 없고, 취득가액 대비 양도가액의 기준시가 상승률은 350.63%, 지가지수 상승률은 104.44%인 반면, 처분청이 결정한 가액으로 환산한 양도가액 상승률은 2,300%로 과도하게 높아 현실적 취득가액으로 볼 수 없으며, 취득일로부터 19년 이상 보유 후 양도한 이 건의 경우 취득계약서를 보관하고 있다는 것을 기대하기는 어려운 바, 쟁점부동산의 취득가액은 환산취득가액을 적용함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점검인계약서를 허위 또는 가짜 계약서라고 주장하지 아니하고, 실제 작성한 계약서로 인정함에 따라 쟁점검인계약서상 매매금액을 실거래 매매금액으로 판단하였으며, 청구인의 주장은 실거래가액으로 신고시 양도소득세가 과다하게 산출될 것으로 보임에 따라 환산취득가액으로 신고한 것으로 추정되므로 신뢰하기 어렵고, 전 소유자 김OOO를 4차례 현지 방문하여 쟁점검인계약서를 보여주며 확인한 바, 계약서에 날인된 도장이 김OOO 본인 인감도장이 맞다는 진술과 당시 지하 1층 유흥주점과의 이해문제로 시세보다 낮은 가액으로 거래하였다고 진술하였다. 쟁점부동산과 유사한 취득가액 신고 건을 확인한 바, 유사한 비교대상이 없어 매매사례, 유사매매사례 및 감정가액 등 당시 시세 파악이 어려웠으며, 청구인이 주장하는 당시 기준시가평가액 및 OOO일대 부동산 경기상황, 기타 지가상승률 등은 단순 참고자료일 뿐 대부분의 검인계약서는 대개 실제 계약서를 바탕으로 작성되는 바, 이를 시세보다 낮은 가액이라 하여 허위 또는 형식적 계약서로 보기 어렵다.

• 가. 쟁 점 쟁점검인계약서상 매매금액을 실제 취득가액으로 볼 수 있는 지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점부동산을 1989.4.12. 취득하여 보유하다가 2008.6.16. 양도하였으며, 청구인의 양도소득세 신고내역 및 처분청의 경정내역은 아래와 같다.

(2) 쟁점부동산 등기부등본 등에 의하면, 쟁점부동산은 대 234.1㎡, 근린생활시설 1층 115.92㎡(소매점), 2층 115.92㎡(사무실), 3층 115.92㎡(사무실), 4층 106.26㎡(의원), 지층 138.92㎡(당구장)로 나타나며, 이 중 3층 27.72㎡와 4층 106.26㎡는 청구인이 취득하면서 증축한 것으로 나타나고, 1989.3.17. 청구인을 채무자로 주식회사 OOO신용금고가채권채무액 OOO원의 근저당권을 설정한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점검인계약서 내용을 살펴보면, 계약일 1989.1.21., 매매대금 OOO으로 기재되어 있고, 약정내용에 상기 매매대금 내역 이외 은행융자원리금, 임대보증금, 임대차계약 승계여부 등에 대하여는 공란 또는 표기되어 있지 아니하며, 부동산중개인의 표시가 없고, 검인신청인으로 ‘사법서사 허헌’으로 기재되고 날인되어 있는 것으로 나타난다.

(4) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 처분청 조사시 조사공무원이 김OOO를 4차례 현지 방문하여 쟁점부동산의 매매가액과 쟁점검인계약서에 대하여 문의하였고, 김OOO는 “당시 양도물건을 시세보다 낮게 양도하였으며, 매매계약은 OOO부동산이 중개한 것으로 기억하지만, 당시 관련 서류는 보관하지 않고 있고, 본인은 OOO부동산이 중개한 계약서는 작성하였으나, 검인계약서라는 계약서를 작성한 적이 없고, 기억도 나지 않는다”는 진술을 한 것으로 확인서 등에 의하여 나타난다. (5)처분청은 쟁점부동산의 매매사례가액이나 감정가액 등 다른 실지 취득가액을 찾고자 하였으며, 1988년～1992년 사이의 시세를 파악하기 위하여 쟁점부동산의 인접 건물OOO에 대하여 등기부등본을 발췌, 실거래가 신고로 변경된 2006년 이후 양도건 중에서 당시 1988년～1992년 당시 취득가액 신고 건을 확인한 바, 해당사항이 없어 매매사례가액, 유사매매사례가액을 확인할 수 없었다고 주장하고 있다.

(6) 청구인은 1989.1.20. ‘OOO부동산’에서 매매계약을 체결하였으나, 오랜 시간이 경과하여 매매계약서를 보관하고 있지 않고, 매매금액도 정확히 기억나지 않으며, 당시 취득계약서는 사망한 ‘OOO부동산’ 대표 김OOO이 작성하였고, 매매계약내용은 청구인이 쟁점부동산의 상가 임대차계약을 그대로 승계 받아 총 매매대금 중 임대보증금을 공제한 잔금을 지불하기로 하였으며, 청구인은 청구인이 보유한 인천광역시 소재 토지 양도대금과 주식회사 한성상호신용금고로부터 차입한 자금으로 매매대금의 잔금을 지불하였다고 주장하고 있다.

(7) 국세통합시스템 사업자현황 조회자료에 의하면, 쟁점부동산을 사업장으로 노OOO이 1988.11.15. 개업하여 1989.12.31. 폐업하였으며, 전세금 OOO원으로 사업장을 임차하여 사업을 영위하였던 것으로 나타난다.

(8) 청구인은 제시한 쟁점부동산 거래가액 비교자료는 아래와 같다.

(9) 소득세법제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제2항 및 제3항에서 실지거래가액을 적용하여 양도소득세를 경정할 때 취득가액이 불분명한 경우 ① 동일성·유사성이 있는 자산의 취득일 전후 각 3월 이내의 매매사례가액, ② 취득일 전후 각 3월 이내에 2 이상의 감정평가법인이 평가한 감정가액, ③ 당해 자산의 양도당시 실지거래가액을 양도당시와 취득당시의 기준시가 비율로 환산한 취득가액, ④ 당해 자산의 기준시가를 순차로 적용하도록 규정하고 있다.

(10) 살피건대, 부동산의 양도차익을 산정함에 있어 “실지거래가액”이라 함은 취득당시 거래당사자간에 실제로 거래된 가액으로서 매매계약서, 영수증 등 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되는 가액을 말하는 것이므로, 검인계약서의 경우에도 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 보기 어려운 특별한 사정이 있다면 그 거래가액을 실지거래가액으로 확정하기는 어렵다 할 것인바(조심 2011서244, 2011.3.8. 같은 뜻임), 처분청은 쟁점검인계약서상 매매금액을 실거래 매매금액으로 판단하여 과세하였으나, 쟁점부동산은 청구인이 1989년에 취득하여 19년 이상 보유하다가 양도한 부동산으로서 전 소유자인 김OOO가 ‘부동산중개인이 중개한 계약서를 작성하였고, 검인계약서를 작성한 사실이 없다’고 진술하고 있어 쟁점검인계약서와는 다른 계약서가 존재하였던 것으로 확인하고 있는 점, 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시 임차인이 존재하였음에도 쟁점검인계약서에는 임대차계약 승계 여부가 나타나지 않은 점, 쟁점검인계약서에 기재된 매매금액은 기준시가의 약36%에 불과하여 실제로 거래된 금액이 반영된 가액으로 보기 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점검인계약서상 매매가액을 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성된 실지거래가액으로 보기 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점검인계약서상 매매금액을 실지거래가액으로 판단하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못인 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.