종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1996.10.22. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 증여로 취득하여 보유하던 중 OOO으로 멸실하고 신축한 주택OOO을 1999.6.4. 취득하여 2006.10.30. 최OOO에게 양도하고 2006.11.24. ‘종전주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지’의 감면소득금액 OOO을 계산·공제하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 예정신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 2012년 국세청 ‘특정감사 과제에 대한 신축주택감면 자료처리 점검’에 의해 신축주택의 5년 내 양도소득금액에 대하여만 감면하고 ‘구주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지’의 양도소득금액은 감면배제하라는 검토지시에 따라 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 감면소득금액을 OOO으로 재계산하고 납부불성실가산세 OOO을 포함하여 2012.4.17. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.1. 이의신청을 거쳐 2012.9.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 신축주택의 양도소득세 감면에 있어 종전주택의 취득시점부터 신축주택의 양도시점까지의 양도소득에 대하여 감면하여야 한다.

(2) 이 건은 청구인의 신고에 대하여 처분청에서 1차 경정(2007.7.2. 양도소득세감면분에 대한 농어촌특별세 경정)이 있었음에도 당시에는 감면신고내용에 대하여 아무런 이견이 없다가 수년이 지난 조세시효임박시점에 국세청의 예규변경으로 납부불성실가산세를 부과한 것은 신의성실에 어긋나며 세법해석의 오해이므로 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 종전주택을 취득하여 보유하다가 멸실하여 신축주택으로 양도한 경우조세특례제한법제99조에 의거 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 대하여만 양도소득세가 감면되므로, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다.

(2) 처분청은 이 건에 대하여 청구인에게 경정하지 않겠다는 공적견해를 밝힌바 없어 재경정한 처분은 신의·성실의 원칙에 위반되지 아니하고, 납부불성실가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 종전주택을 멸실하고 취득한 신축주택의 양도시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 조세특례제한법제99조에 의한 양도소득세 감면대상소득인지 여부

② 납부불성실가산세를 부과처분한 것이 신의성실의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 (1)조세특례제한법제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각 호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택 (2) 조세특례제한법 시행령제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1996.10.22. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 재개발사업으로 인해 1999.6.4. 신축주택을 취득하여 보유하다가 2006.10.30. 양도하고 2006.11.24. 실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후 조세특례제한법제99조에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용하여 양도소득세를 감면신청하였고, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여 조세특례제한법제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】에 의한 감면소득 중 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 이 건 양도소득세를 과세하였다. (나) 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1996.10.22. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 1999.5.14. 신축주택(아파트)를 취득(임시사용승인일 1999.5.14., 분양금 완납일 1999.6.4., 소유권보존등기접수일 2001.4.30. 중 빠른 날)하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2005.5.13.이고, 신축주택을 2006.10.30. 양도한 사실이 확인된다. (다) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는조세특례제한법제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2002.10.31.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(2) 먼저, 위 사실관계를 근거로 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】에 의한 양도소득세 감면소득 적용대상에 해당하는지(쟁점①)에 관하여 본다. (가) 청구인은 조세특례제한법 제99조 의 규정에 의한 신축주택의 양도소득세 감면에 있어 종전주택의 취득시점부터 신축주택의 양도시점까지의 양도소득에 대하여 감면하여야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 조세특례제한법제99조 소정의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조 제1항에 의하면, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 감면대상소득금액을 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 감면대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 같은 뜻).

(3) 다음으로, 처분청이 이 건 납부불성실가산세를 부과처분한 것이 신의성실의 원칙을 위배한 것인지(쟁점②)에 관하여 본다. (가) 청구인은 감면신고에 대하여 처분청이 1차 경정을 할 때도 감면내용에 대하여 언급이 없다가 조세시효임박시점에 국세청의 예규변경으로 납부불성실가산세를 부과한 것은 신의성실에 어긋나며 세법해석의 오해이므로 취소되어야 한다고 주장한다. (나) 이에 처분청에서 청구인의 양도소득세 감면신고에 대하여 2007.7.2. 경정한 내역을 살펴보면, 감면세액에 대한 농어촌특별세를 신고·납부하지 아니한 것에 대한 경정으로 감면신고에 대한 검토 내지는 조사를 한 것이 아닌 것으로 확인되어 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다OOO. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의 규정에 의한 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실가산세를 포함하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.