종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2002.1.9. OOO 728-31 소재 주택(토지 328.4㎡, 건물 181.2㎡로서 이하 “구주택”이라 한다)을 취득하였고, 2003.1.23. 다세대주택 16세대(토지 196.04㎡ 및 주택 338.71㎡으로서 이하 “신축주택”이라 한다)를 신축하여 보유하다가 2009.2.24. 전OOO에게 OOO원에 양도한 후 2009.4.29. 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정(조세특례제한법제99조의3)을 적용하여 감면세액을 OOO원으로 산출하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장의 신축주택 양도소득금액 감면에 대한 특정감사 결과, 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 감면소득을 적용함에 있어 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보았고, 이에 따라 처분청은 2012.7.6. 청구인에게 당초 감면소득금액에서 이를 차감하여 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 신축주택을 5년 이내 양도한 경우에 양도소득금액 전체에 대하여 감면하는 것으로 해석한다면, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에도 5년 이내에 양도한 경우의 양도소득금액에 대하여는 감면하고, 그 이후 발생한 양도소득금액에 대하여는 과세하는 것으로 해석하는 것이 5년 이내에 양도한 경우에 비추어 합리적인 해석이다. 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식에 있어 분자와 분모에서 “취득당시 기준시가”라는 동일한 용어를 사용하고 있으므로 그에 대한 의미도 동일하게 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석하여야 함에도 처분청은 분자를 신축주택의 취득당시 기준시가로, 분모를 종전주택의 취득당시 기준시가로 적용한 것은 근거가 없는 것이라 할 것이다. 또한 이 산식은 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에 한하여 적용되는 것으로 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용되지 않는다. 또한 국세청이 상당한 시간이 지난 시점에서 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “구주택 취득당시의 기준시가”로 해석하여 소급결정한 처분은 신의성실에 반하는 위법한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 신축주택 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 “신축주택의 취득당시 기준시가”이고 분모에 적용되는 기준시가는 “종전주택의 취득당시 기준시가”를 말한다. 국세청 종전 해석 내용을 보면, 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 신축주택 양도소득세 감면신청서 작성요령에 대한 계산식에서 분모 및 분자에 “취득당시의 기준시가”라고 되어 있을 뿐, 분모 및 분자를 동일하게 적용하라고 기재된 것은 아니다. 또한 처분청은 청구인에게 신축주택 감면에 대하여 공적인 견해를 표명한 사실이 없다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하다고 하면서, 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 양도소득세결정결의서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 2001년 간추린 개정세법(재정경제부)에 의하면 거주자가 비수도권 지역에 소재하는 신축주택을 취득하여 5년 이내 양도하면 양도소득세가 100% 감면되는 것으로 나타나고, 신축주택 양도소득세 감면신청서 작성요령에도 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 기재하도록 되어 있는바, 처분청이 양도일 이후 새로운 예규에 의해 감면을 배제함은 신의성실의 원칙에 중대한 위배라고 주장한다.

(3) 조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다. 한편 국세기본법제18조 제3항에 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있다.

(4) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점 등으로 볼 때, 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다. 또한, 청구인은 이 건 처분이 신의성실원칙에 위배된다고 주장하나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)가 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 처분청의 이 건 양도소득세 과세처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2012서3435, 2012.9.28. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.