신종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.11.6. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재개발로 인해 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2002.12.20.(임시사용승인일) 취득하여 보유하다가 2007.5.31. 양도하고, 양도소득세 신고시조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 신고한 감면소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.7.13. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.9.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 신축주택을 양도하기 전에 국세청 및 기획재정부에 근무하는 담당 직원에게 신축주택 양도와 관련하여 문의한 바, 당해 조항의 입법 취지가 현재의 감사지적과는 달리 당시 침체된 주택 경기의 활성화를 위해 제정된 신설조항인 만큼 구주택을 보유하고 있는 자가 재개발 또는 재건축으로 인해 신축주택을 취득하는 경우에도 당해 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우 양도소득세가 전액 면제된다는 상담을 받고 거래하였으며, 따라서 청구인은 담당공무원의 견해를 신뢰하여 신축주택을 양도한 후 이를 근거로 감면신청하였고, 처분청에서도 이에 대하여 별다른 조치없이 신고시인하였으므로 이는 과세관청의 공적인 견해표시로 볼 수 있음에도 약 5년이 지난 후에 이를 번복하고 과세하는 것은 신의성실의 원칙과 법적안정성을 해치는 처분으로 부당하다. 신축주택을 신규로 분양받은 사람이 청구인과 동일한 시점에 동일한 가격으로 매각하였다면 해당 세법에서 규정한 신축주택 취득에 따른 감면혜택을 동일하게 받는 것이 정상적임에도 처분청이 안분계산기준을 부당하게 적용함으로써 일반 분양자는 양도차익이 모두 감면되는데 반하여 청구인은 동일한 물건을 소유하였지만 대부분이 과세되어 형평성이 없으며, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 규정을 준용하여 감면되는 양도소득금액을 안분계산하여야 하는 경우는 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된 후에 이를 양도하는 경우인바, 청구인은 신축주택 취득일 로부터 5년 이내에 양도를 한 경우에 해당하므로 상기 규정의 안분규정을 준용 하여 적용할 수는 없는 것이다. 처분청이 청구인에게 적용한 신축주택 취득시점의 기준시가는 시세보다 현저히 높은 것으로 아래와 같이 통상적인 시가 대비 기준시가의 비율과 전혀 다른 행태로 나타나는 바, 처분청은 비현실적인 기준시가를 근거로 실제 발생하지도 않은 소득을 자의적으로 추정해 내고, 이에 대해 과세하는 것은 부당하다. 청구인은 아파트를 양도하였음에도 불구하고, 성질, 위치, 가치 등이 전혀 다른 단독 주택을 아파트의 연장인 것처럼 기준시가라는 하나의 잣대로 안분계산한 것은 부당하며, 양도소득세를 부과하려면 종전주택을 양도함에 따른 양도차익을 산출하여 과세하는 것이 타당하다. 조세특례제한법 시행령제40조의 계산식에서 분모와 분자에 모두 ‘취득당시의 기준시가’로 규정하고 있음에도 처분청은 분모는 ‘종전주택의 취득시점 기준시가’로, 분자는 ‘신축주택 취득시점 기준시가’로 해석하는 것은 조세법률주의에 위반되며, 청구인은 신축주택을 취득하기 위하여 종전주택만 투입한 것이 아니라, 추가로 토지를 취득하였고, OOO원의 분담금을 납부하였음에도 추가투입에 대한 원가를 반영하고 있지 못하고 있다. 2007년부터 양도소득세가 실지거래가액 과세로 변경되었고,소득세법에 따라 과세관청이 과세표준을 경정하는 경우에도 실지거래가액을 기준으로 경정하며, 실지거래가액이 불분명할 경우 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차적으로 적용하여야 하는 바, 신축주택 소재 아파트 단지는 입주시까지 일부 세대가 미분양이었고, 입주시점에 분양가OOO와 유사한 수준으로 거래가 이루어졌는바, 매매사례가액 OOO원을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3에서 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후 양도하는 경우의 감면대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도 소득금액’으로 규정하고 있으므로 감면대상이 되는 취득일로부터 5년 이내 발생하는 소득 역시 신축주택의 취득일부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것인 바, 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아 과세한 당초처분은 정당하며, 이와 같은 감면소득 금액을 계산하기 위해서 조세특례제한법 시행령 제40조 의 산식에서 분자에는 신축주택 취득당시 기준시가를, 분모에는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용한 것이고, 주택의 기준시가는부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따라 매년 1회 고시되며, 주택가격이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시 기준시가를 계산 하는 산식은 소득세법 시행령제164조 제7항에 규정하고 있어 이를 근거로 계산된 것이므로 시세와 맞지 않는다하여 실거래가액을 적용할 수는 없는 것이고, 청구인의 추가분담액 또한 양도차익 계산시에는 공제되었으나 감면소득금액 산식에는 반영할 수 없는 것이므로 당초 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택 취득 이전 양도소득에 대하여 세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격 상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통 령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경 정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용 승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1997.11.6. 종전주택을 취득하였고, 재개발로 인해 종전주택 멸실 후 2002.12.20.(임시사용승인일) 신축주택을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날 이전인 2007.5.31. 신축주택을 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 나타난다.

(2) 청구인은 신축주택 양도에 따른 양도소득세를 자진신고하면서 양도소득세 OOO원을 감면신청한 것으로 양도소득세 신고서 등에 의하여 나타난다.

(3) 처분청은 신축주택 양도당시 기준시가에서 신축주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로, 신축주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로 하여, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 산출하여 감면세액을 계산하고, 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 이 건 경정․고지하였음이 양도소득세 결정결의서 등에 의하여 나타난다.

(4) 청구인은 종전주택 취득 후에 당해 지역이 재개발 및 재건축지역에 지정됨으로 인해 신축주택을 분양받기 위해 자본적 지출 성격에 해당하는 토지의 추가 취득으로 인한 추가 납입 및 청산금 납부 등을 함으로 인해 신축주택을 취득하였는바, 종전 주택의 보유기간부터 신축주택 취득일까지의 보유기간에 대한 양도소득금액은 손실이 발생하였다고 주장하면서 부동산매매계약서, 아파트 공급계약서, 추가 납입과 관련한 영수증 사본 등을 제출하였다.

(5) 살피건대, 청구인은 양도소득 전체가 감면대상이 된다는 과세관청의 답변을 믿고 거래하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우이므로 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따른 적용대상에 해당되지 않음에도 처분청은 안분계산기준을 부당하게 적용하였으며, 신축주택의 명확한 실지거래가액이 존재 하므로 비현실적인 기준시가를 기준으로 감면대상 소득을 계산하는 등 청구인의 감면신청을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나,조세특례제한법제99조의3에서 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도 소득세의 과세특례 규정은조세특례제한법제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 감면대상 소득금액의 계산산식을 규정한 조세특례제한법 시행령40조 제1항에서 기준시가를 기준으로 감면대상 소득금액을 계산하도록 규정하고 있으며, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니한 바, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.