제조업을 영위하는 법인의 전사적자원관리 시스템 개발비가 구 조세특례제한법 제10조 제1항의 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당함

OOO세무서장이 2012.6.4. 청구법인에게 한 법인세 2008.1.1.～2008.12.31. 사업연도분 OOO원, 2009.1.1.～2009.12.31.사업연도분 OOO원의 경정청구 거부처분은 청구법인이 전담부서를 보유한 기업에 전산시스템 개발용역을 위탁(재위탁)하고 지출한 [별지] 기재 개발위탁비를 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 ATM기기 등 금융자동화기기를 제조, 판매, 위탁운영하는 법인으로, 2008사업연도 내지 2009사업연도 중 전산시스템 개발업체인 OOO기술 주식회사 등(이하 “전산업체”라 한다)에 ERP통합시스템(전사적 자원관리시스템) 등 전산시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 개발용역을 위탁하고 개발위탁비용을 지출하고도 이에 대하여 조세특례제한법제10조 제1항의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하고 법인세를 신고하였다가, 2012.4.2. 쟁점시스템 구축을 위하여 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원의 개발위탁비용을 지출하였다면서 이에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 법인세 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원의 환급을 구하는 취지로 처분청에 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 전산시스템 개발비용은 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 2012.6.4. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.31. 심판청구를 제기하였다가, 세액공제대상 연구 및 인력개발비를 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원(소프트웨어 구입비 및 전담부서 없는 기업에 재위탁된 개발용역의 개발위탁비용을 제외함, 이하 “쟁점비용”이라 한다)으로, 불복대상을 법인세 2008사업연도 OOO원, 2009사업연도 OOO원의 환급거부로 변경하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 소비성서비스업이 아닌 컴퓨터시스템 통합 자문 및 구축 서비스업을 영위하고 있는 법인으로 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상 사업자에 해당하며, 쟁점시스템 수탁업체는 기술개발촉진법 시행령제15조 및 동 시행규칙 제7조에 따른 기업부설연구소를 보유하고 있는 업체이고, 쟁점시스템은 회사의 전사적 비즈니스 전략을 효과적으로 반영하고 지원할 수 있도록 비즈니스와 IT를 이상적으로 통합시킨 새로운 프로그램으로 기술개발촉진법 제2조 제1호 에 의한 “기술개발”의 정의에도 부합하므로 그 개발비용은 기술개발 촉진에 따른 기업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로서 조세특례제한법제10조 제1항에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제 적용 대상이다(ERP시스템을 세액공제 대상에서 제외한 개정규정은 2010.1.1.이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 것이므로 이 건에는 적용되지 아니함).

(2) ERP는 기능별 블록단위(모듈)로 만들어지는바, IFRS나 PLM도 ERP 모듈의 일부로 다른 ERP 모듈과 같이 그 개발비를 세액공제 대상으로 봄이 타당하다.

(3) 청구법인으로부터 쟁점시스템 개발위탁을 받은 위탁회사가 이를 다시 전담부서를 보유한 기업에 재위탁한 경우에도 그 시스템개발비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상이다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 참조).

• 나. 처분청 의견

(1) 기업의 신제품 기술개발비용 등 제한적으로 적용되어야 할 연구 및 인력개발비 세액공제의 본래 취지에 비추어 제조업을 영위하는 내국법인의 전사적 자원관리시스템 위탁 개발비용은 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구 및 인력개발비에 해당하지 않으며, 이러한 단순 소프트웨어 구입에 불과한 전사적 자원관리시스템 관련 비용에 대한 무분별한 세액공제를 제한하고자 2010사업연도부터 법 규정에 의하여 이를 공제대상에서 제외되었는바 위 법 개정취지에 비추어 개정 전이라 하더라도 세액공제 대상을 확대해석하여 쟁점비용을 세액공제 대상으로 볼 수 없다.

(2) IFRS 구축비용(국제회계기준에 맞추어 시스템을 재정비하는 비용)이나 PLM 구축비용은 실질적으로 시스템 구입 및 정비 비용으로 연구 및 인력개발비에 해당하지 않으며, 동 비용에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 신청한 기업은 없다.

(3) 국세청 예규(법인세과483, 2010.5.26) 등에 의하면 연구개발용역 수탁업체가 제3자에게 이를 재위탁한 경우 그 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁 점

(1) 제조업을 영위하는 법인의 전사적 자원관리 시스템 구축비도 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지

(2) PLM 및 IFRS 시스템 개발비도 위 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지

(3) 연구개발을 위탁받은 업체가 이를 다시 제3자에게 재위탁한 경우 그 연구개발비도 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 물품공급계약서, 용역계약서, 전문서비스 계약서, 전문서비스 계약에 대한 작업설명서·작업계획서·작업일정, 세금계산서 등에 의하면 청구법인이 쟁점 비용을 아래 <표>와 같이 지출한 사실이 확인된다. OOOOOOOOO OOOOO OOOO

(2) 청구법인은 당초 위 OOO원을 연구 및 인력개발비 세액공제대상 지출액이라는 취지로 경정청구 및 심판청구를 하였다가, 그 중 소프트웨어 구입비 및 전담부서 없는 기업에 개발이 재위탁된 경우의 개발위탁비를 제외한 나머지 금액 OOO만 세액공제 대상 지출액이라는 취지로 청구를 변경하였다.

(3) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정된 것으로서 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항에서는 대통령령이 정하는 소비성 서비스업을 영위하는 자를 제외한 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 소정의 금액을 해당과세연도의 법인세에서 공제한다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제9조 제1항에서는 소비성 서비스업이라 함은 호텔업, 여관업, 주점업 및 그 밖에 오락·유흥 등을 목적으로 하는 사업을 말한다고 규정하고 있으며, 동법 시행령 제9조 제2항, 별표 6 제1호 나목에서는 각 과세연도의 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용”을 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용으로 나열하고 있다. (나) 한편, 기업의 전사적 자원관리 시스템(ERP) 개발비를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외하는 것으로 2010.2.18. 조세특례제한법 시행령이 개정되기 이전에는 동 개발비가 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지에 대하여 명확한 규정이 없었으나, 국세청은 금융·보험업을 영위하는 법인이 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 전산시스템 개발을 위탁함에 따른 개발비용은 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용의 일종으로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 해석하여 왔으며(법규과-816, 2009.6.15.), 우리원은 금융·보험업을 영위하는 법인 이외에도 소비성서비스업을 영위하는 법인이 아닌 한 제조업(국심 2007서1424, 2008.7.17. 국심 2004서2389, 2005.7.4.), 수출입업(국심 2006서1483, 2007.1.22.), 백화점업(조심 2009서3678, 2010.9.1), 출판업(조심 2010서2916, 2011.7.20.), 게임개발업(조심 2010서3070, 2011.7.26.) 등을 영위하고 있는 법인이 지출한 전사적 자원관리시스템 개발 위탁비도 연구 및 인력개발비 세액공제의 적용대상이라는 취지로 다수의 조세(국세)심판결정을 하여 왔다. (다) 살피건대, 다수의 선결정례에서 기업의 자원을 효율적으로 관리하여 기업의 경쟁력을 강화시켜주는 전산시스템 개발비용도 기술개발 촉진에 따른 기업경쟁력 강화라는 세액공제의 목적을 달성하는 지출로서 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 보아 왔는바, 제조업은 연구 및 인력개발비 세액공제의 적용제외 사업인 소비성서비스업에 해당하지 아니함에도 청구법인이 제조업을 영위하고 있다는 이유로 청구법인이 지출한 전사적 자원관리시스템 개발 위탁비를 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상에 해당하지 아니하는 것으로 본 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

(4) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 청구법인은 2009.6.30.OOO기술주식회사(이하 “OOO기술”이라 한다)에게 PLM시스템 개발 용역을 위탁{계약기간: 2009.6.8.～2010.1.31., 계약금액: OOO하고 2009사업연도에 그 위탁개발용역비 중 OOO원을 지급하였으며 OOO기술은 청구법인으로부터 위탁받은 개발용역의 일부를 연구개발 전담부서를 보유하지 아니한 기업에 재위탁하고 위 위탁개발비 중 OOO원을 지급한 사실, 청구법인이 2009.10.9. OOO주식회사(이하 “OOO”라 한다)에게 IFRS시스템 개발 용역을 위탁OOO하고 2009사업연도에 그 위탁개발비 중 145,200,000원을 지급하였으며 OOO는 청구법인으로부터 위탁받은 개발용역에 이OOO 등의 개발인력을 투입하는 한편 그의 일부를 연구개발 전담부서를 보유하지 아니한 기업에 재위탁하고 위 위탁개발비 중 OOO원을 지급한 사실이 각 확인된다. (나) 전사적 자원관리(Enterprise Resource Planning) 시스템이란 기업활동을 위해 쓰이고 있는 기업내의 모든 인적, 물적 자원을 효율적으로 관리하여 궁극적으로 기업의 경쟁력을 강화시켜 주는 역할을 하게 되는 통합정보시스템으로, FI(Financial Accounting, 일반회계), CO(Controlling, 관리회계 및 원가관리), SD(Sales and Distribution, 판매 및 영업관리), PP(Production Planning, 생산관리), MM(Materials Management, 구매 및 자재관리), IFRS(International Financial Reporting Standards), PLM(Product Lifecycle Management, 제품수명주기관리) 등의 구성 모듈이 유기적으로 통합되어 기업의 데이터를 실시간으로 통합 처리하여 기업의 정보를 관리하며 그 중 PLM 모듈은 제조업에 있어 제품 개발 단계부터 생산 이전까지 관련된 모든 정보를 관리하는 모듈로 ERP 모듈 중 확장형 모듈이고, IFRS 모듈은 국제회계기준위원회가 제정하는 회계기준에 맞게 재무회계시스템을 구현하는 모듈을 말한다. (다) 살피건대, PLM 모듈 및 IFRS 모듈은 모두 ERP시스템을 구성하는 블록단위로 타 ERP시스템의 구성모듈과 함께 기업의 자원을 효율적으로 관리하여 기업의 경쟁력을 강화시켜주는 전산시스템의 일종에 해당하므로 ERP시스템 개발비를 세액 공제 대상 비용이라고 한다면 ERP의 구성 모듈을 이루는 PLM 및 IFRS 시스템 구축 용역 관련 비용을 ERP 구축 용역 비용과 구분하여 달리 취급할 이유가 없으므로 제품수명주기관리(PLM) 시스템 및 국제재무보고기준(IFRS) 시스템 개발용역비도 전사적 자원관리 시스템 구축비의 일종으로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다(조심 2012중1855, 2012.8.27., 조심 2011서1754, 2012.6.12. 참조). (라) 이 건의 경우, 청구법인이 지출한 전사적 자원관리시스템 개발비 중 제품수명주기관리(PLM) 시스템 및 국제재무보고기준(IFRS) 시스템 개발비를 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용 대상 비용으로 볼 수 없다하여 연구 및 인력개발비 세액공제 적용을 부인한 처분은 잘못이 있다할 것이다.

(5) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항 및 동 시행령 별표 6 제1호 나목에서는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 연구 및 인력개발비라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다고 규정하고 있고 동 시행령 별표 6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용으로 나열하고 있다. (나)조세특례제한법제10조 등 관련규정에서 위 별표 6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 정하면서 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업으로 개발 용역 위탁대상 기관을 한정할 뿐 재위탁함에 따른 비용을 제외하고 있지 아니하고 있고, 자체기술개발 비용 뿐 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것이므로 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁된 기술개발용역을 수탁자가 직접 수행하지 아니하고 이를 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 그 재수탁자가 위 별표6의 규정에서 정한 기업의 연구기관 또는 전담부서에 해당하는 경우에는 동 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용도 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다 할 것이다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 결정 참조). (다) 이 건의 경우, 조세특례제한법 시행령별표6 제1호 나목 에서 규정하는 연구개발 전담부서를 보유한 기업이 청구법인으로부터 전사적 자원관리시스템 개발용역을 위탁 및 재위탁받아 수행하고 청구법인으로부터 받은 쟁점비용을 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 해당 사업연도 법인세 세액을 경정함이 타당할 것인바, 처분청이 쟁점비용 중 기술개발용역을 위탁받은 기업이 이를 다시 연구개발 전담부서를 보유한 기업에 재위탁한 경우에 대한 비용을 연구·인력개발비 세액공제를 적용 대상 비용으로 볼 수 없다하여 연구·인력개발비 세액공제 적용을 부인한 처분은 잘못이 있다할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.