「조세특례제한법」제99조의3에 따른 과세특례대상 양도소득금액은 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1993.4.13. 취득한 OOO아파트 307동 1203호(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축(관리처분계획인가일 2001.4.28., 준공일 2005.1.28.)됨으로써 취득한 OOO 106동 1503호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2008.7.18. 양도한 후,조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용하여 양도소득세를 100% 감면신청하였다.
• 나. 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득금액에 해당하지 않는다 하여 2012.3.7.청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.24. 이의신청을 거쳐 2012.9.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3 규정상 재개발 신축주택 취득 후 5년 이내 양도하는 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 양도시까지의 전체 양도소득금액의 100분의 100을 감면하는 방식으로 되어 있고, 5년 이내 양도하는 경우 감면대상 양도소득금액을 계산하기 위한 별도의 산식이나 위임 내지 준용규정이 없으며, 판례(서울행정법원 2009구단6837, 2009.11.10.)에서도 위 조항이 준용하고 있는 조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식은 실제 취득일부터 5년이 되는 날에 실제 양도행위가 없어 5년간 발생한 실제 양도소득금액을 확정할 수 없음에도 양도소득금액을 계산하여야 할 필요성에 따라 마련된 의제적이고 기술적인 규정에 불과하다고 판시하고 있으므로, 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전액을 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 규정상 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하는 것이고, 청구인은 별도 감면대상 양도소득금액을 계산하기 위한 산식이 없다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령제99조의3에서 양도소득세 감면대상은 신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득이고 감면세액의 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용한다고 명시하고 있는바, 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 따라 분자의 취득당시 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’를, 분모의 취득당시 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면시 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액 전액을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)조세특례제한법제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택 또는 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우에는 신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 그 산식으로 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}를 규정하고 있다.

(2) 위와 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대,조세특례제한법제99조의3 규정상 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 청구인은 감면대상 양도소득금액을 계산하기 위한 별도의 산식이나 위임 내지 준용규정이 없다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항에서조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 이와 같은 규정에 따라 이루어진 본 건 과세처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010서3102, 2011.8.9., 조심 2010서2935, 2011.6.30., 조심 2012서723, 2012.6.25. 등 다수, 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.