「쟁점연구소는 2006년 이후 프로그램 개발을 수행하지 아니한 것으로 보이고, 청구법인이 수행한 업무는 이 건 과세대상 기간에는 연구인력개발비 세액공제 대상이 아닌 점, 타업무를 겸하였던 점 등으로 보아 쟁점금액은 세액공제 대상이 아닌 것으로 보임
「쟁점연구소는 2006년 이후 프로그램 개발을 수행하지 아니한 것으로 보이고, 청구법인이 수행한 업무는 이 건 과세대상 기간에는 연구인력개발비 세액공제 대상이 아닌 점, 타업무를 겸하였던 점 등으로 보아 쟁점금액은 세액공제 대상이 아닌 것으로 보임
[주 문]
1. 성동세무서장이 2012.4.3. 청구법인에게 한 법인세 2007사업연도분 OOO,OOO,OOO원, 2008사업연도분 OOO원, 2009사업연도분 OOO 원의 부과처분(O O OOOO O OOO OOOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOOOOOO OO,OOO,OOOOO O OOOOOOO)에 대한 심판청구 중 OOO에 대한 청구부분은 이를 각하한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
○○○
○○○
○○○
○○○
○○○ 비중 86.9% 4.5% 6.9% 1.7% 100.0% 청구법인이 신고한 2006～2010사업연도 법인세 현황 및 연구․인력개발비 세액공제 현황은 각각 다음 <표2> 및 <표3>과 같으며, 연구․인력개발비 세액공제를 받음에 따라 실제 납부한 세액은 없다. <표2> 청구법인의 2006～2010사업연도 법인세 신고 현황 (단위: 백만원) 사업연도 총매출 과세표준 산출세액 공제감면 차감 납부할세액 2006
○○○
○○○
○○○
○○○
• 2007
○○○
○○○
○○○
○○○
• 2008
○○○
○○○
○○○
○○○
• 2009
○○○
○○○
○○○
○○○
• 2010
○○○
○○○
○○○
○○○
• <표3> 청구법인의 연구․인력개발비 세액공제 신고 현황 (단위: 백만원) 년도 발생 공제 잔액 2006 2007 2008 2009 2010 2006
○○○
○○○
○○○
○○○
• -
• 2007
○○○
○○○
○○○
○○○
• 2008
○○○
○○○
○○○ 2009
○○○
○○○ 2010
○○○
○○○ 합계
○○○
○○○
○○○
○○○
○○○
○○○
○○○ 청구법인은 1999.4.13. 한국산업기술진흥협회로부터 쟁점연구소를기술개발촉진법에 따라 기업부설연구소 인정받는 등 다음 <표4>와 같이 인증․등록받은 사실이 있으며, 쟁점연구소 관련 인건비에 대해 연구․인력개발비 세액공제를 받았다. <표4> 청구법인의 인허가 내역 구분 등록일자 등록번호 승인기관 기업부설연구소 1999.4.13.
○○○ 한국산업기술진흥협회 벤처기업확인서 1999.6.7.
○○○ 중소기업청장 출판사 등록 1999.3.13.
○○○ 부산진구청 비디오물제작 2003.1.13.
○○○ 한국영상협회 음반제작 2002.1.10.
○○○ 한국음반산업협회 (나) 청구법인의 연구소가 조특법상 연구․인력개발비 세액공제 요건인 전담부서에 해당하는지 여부에 대하여 보면, 다음과 같다. 1) 조세특례제한법 시행규칙(이하 “조특법 시행규칙”이라 한다) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위)에서 전담부서란 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말한다고 규정되어 있으며, 기업부설연구소는 과학기술부장관의 위임을 받아 한국산업기술진흥협회에서 인정한 연구소를 말한다. 2) 한국산업기술진흥협회의 업무편람을 보면, 과학기술분야, 정보처리분야, 산업디자인 분야의 연구소만이 기업부설연구소 신고주체가 될 수 있고, 교육서비스 분야의 경우 2011년 7월부터 연구소 설립이 가능해졌음이 한국산업기술진흥협회 문답자료에 나타난다. <표5> 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람 요약
- 가. 기업부설연구소 신고 주체
• 과학기술분야 연구개발활동을 수행하는 부문을 보유한 업체에 한함. ․과학기술분야 이외의 연구소는 해당하지 않음.
• 정보처리분야 ․ 자사내의 전산시스템의 운용 등을 목적으로 연구소를 설립하는 경우 신고대상이 아님. ․ 기존시스템 지원, 시스템 결함 수정, 응용프로그램에 사용자 기능 추가 등은 비연구개발활동임. ․ 정보처리분야의 연구소로 인정받기 위해서는 중소기업기준검토표상 주업종이 정보처리분야이어야 함.
• 산업디자인 분야 ․연구소의 연구활동분야가 제품, 포장, 환경 디자인 분야 ․ 산업디자인분야의 연구소로 인정받기 위해서는 제품, 포장디자인 분야에 한정함(인쇄물의 시각디자인은 불가). 3) 청구법인이 1999.4.13. 한국산업기술진흥협회에 전담부서 인증을 신청할 당시, 연구분야는 ‘(전기․전자) 단기언어습득교재 및 컴퓨터프로그램 개발’로 기재되어 있으며, 현재 한국산업기술진흥협회에 등록된 연구분야는 전화로 문의OOO하였는바, ‘정보서비스’(정보서비스와 정보처리는 동일한 것으로 답변)로 확인되고, 한국산업기술진흥협회 홈페이지에서 조회시에도 연구분야는 ‘정보서비스’로 표시되고 있다. 4) 청구법인이 한국산업기술진흥협회에 매년 신고한 연구소직원 현황에 과학기술분야 학사가 3명 이하로 과학기술분야 연구소 요건에 미달하나 정보처리 분야는 요건에 충족한 점, 연구시설명세서에도 과학기술분야는 팩스, 전화기, 복사기 등 사무기기를 제외한 연구기자재만을 기입하도록 되어 있으나 납세자는 일반 PC, 공유기 등을 신고한 점으로 보아 ‘정보처리분야’(정보처리분야는 연구소직원현황 및 연구시설명세요건이 과학기술분야에 비해 완화되었음)로 신고한 것이다. 5) OOO의 세무조사시 확보한 2006.1.1. 이후 청구법인 내부서류인 주간업무회의, 업무실적평가표, 업무인계인수서, 업무분장표상 연구소 업무에 과학기술분야연구는 확인되지 않고 교재개발이 주요 업무로 확인되고 있다. 6) 청구법인은 2002.10.17. 이후 한국소프트웨어진흥원에 ‘컴퓨터프로그램’을 등록한 사실이 없다. <표6> 청구법인의 특허, 등록상표 현황 구분 등록일자 등록번호 승인기관 저작자
○○○ 1999.3.11.
○○○ 한국 소프트웨어 진흥원
○○○
○○○ 1999.11.15.
○○○ 청구법인
○○○ 1999.12.20.
○○○ 청구법인
○○○ 2002.10.17.
○○○ 청구법인
○○○ 2001.11.20.
○○○ 저작권심의 조정위원회 청구법인
○○○ 2001.11.20.
○○○ 청구법인 주) 기타 상표등록은 다수이나 프로그램 및 저작물은 상기 외 없음. 7) 청구법인이 한국산업기술진흥협회에 보고한 연구개발활동조사표의 ‘기타연구개발활동 실적’에도 2006년 이후 프로그램개발은 없다. <표7> 청구법인의 기타연구개발활동 실적 (단위: 백만원, 명) 연도 연구개발기술 분류 시작 소요 월수 개발비 참여 인원 단독 연구 2008
○○○ L02 2006년 1월 36
○○○ 5
○ ○○○ L02 2006년 5월 24
○○○ 3
○ ○○○ K08 2006년 5월 36
○○○ 4
○ ○○○ L02 2007년 3월 15
○○○ 2
○ 2007
○○○ J00 2006년 1월 24
○○○ 5
○ ○○○ J00 2006년 5월 24
○○○ 4
○ ○○○ K00 2006년 5월 24
○○○ 1 X
○○○ J00 2007년 3월 15
○○○ 1
○ 2006
○○○ J50 2004년 1월 36
○○○ 12
○ ○○○ J50 2004년 1월 30
○○○ 5
○ ○○○ J20 2005년 1월 25
○○○ 5 X
○○○ J50 2005년 8월 16
○○○ 5 X
○○○ J50 2005년 6월 20
○○○ 4 X 주) 청구법인은 상기 ‘프로그램’ 내지 ‘프로그램개발’이 교육과학기술부 고시의 정보처리분야에 해당하는 것을 입증하지 못함. 8) 위와 같이 청구법인의 연구소는 정보서비스분야(정보처리)로 인증된 연구소로서, 인증분야의 연구실적이 2006년 이후에 확인되지 않고 있으며 연구소의 주요 업무가 교재개발로 확인된다. 9) 청구법인의 연구소가 수행한 교재개발은 과학기술분야, 정보처리분야, 산업디자인분야의 연구활동이 아니므로 기업부설연구소 신고주체가 될 수 없으며, 설령 최초에 정보서비스분야인 소프트웨어개발로 인증을 받았다 하더라도 연구개발활동을 계속 수행하지 않으면, 다음 <표8>의 교육과학기술부 고시와 같이 연구소 인증에서 제외되는바, 청구법인의 연구소는 전담부서로 1999년 인증되어 있으나, 2006년 이후 연구개발활동(프로그램개발)이 없어 승인이 취소되었어야 하므로, 사실상 전담부서에 해당하지 않는다. <표8> 교육과학기술부 고시 제2010-40호 기업부설연구소와 연구개발전담부서 및 과학기술분야 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령 제15조(취소 등)
1. 허위 또는 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경신고한 경우
2. 연구소 인정요건에 미달하거나..........
5. 연구개발활동이 없거나 연구개발수행능력이 없다고 인정되는 경우 (다) 청구법인 연구원의 인건비가 연구․인력개발비 세액공제 대상인지 여부에 대하여 보면, 먼저 이와 관련된 심판결정례 등은 다음 <표9>와 같은바, 청구법인이 작성한 주간업무회의록, 업무실적평가표상 연구소에 소속된 직원들의 업무실적에 한국산업기술진흥협회에 신고된 연구업무인 컴퓨터 프로그램개발은 없고, 연구소 직원의 주요 업무는 교재 개발․수정․출간, 뉴스레터(영자신문) 제작, 온라인 학습방 제작, 시험문제 출제 및 관리, 교재를 이용한 학원수업, 프랜차이즈 학원 강사 교육 등이며, 업무인계인수서가 있는 인터넷팀의 경우 주요 업무가 홈페이지 관리 및 학습 시스템 유지 보수 등으로 프로그램개발업무와는 무관한 것으로 확인된다. 따라서 쟁점연구소 소속 직원은 타 업무를 겸직하고 있으므로, 전업적으로 연구업무에 종사한 것으로 볼 수 없다. <표9> 관련 선결정례 등 ․(조심 2009중4120, 2010.11.23.) 연구소 소속직원 중 전업적으로 연구활동에 종사하지 않고 영업활동 수행사실이 확인되어 동 직원에게 지급된 인건비에 대해 연구 및 인력개발비 세액공제를 배제함. ․(서울고등법원 2011.2.10. 선고 2010누25635 판결) 연구인력개발비 세액공제 적용시 기술연구소 소속연구원이 연구활동에만 전념한 것이 아니라 일반사원과 함께 출장을 간다거나 용역업무를 수행한 경우에는 출장기간이 속한 과세연도에 발생한 연구원의 인건비는 세액공제 배제함이 타당함. (라) 청구법인이 조사기간 중 주장한 교재개발이 연구업무에 해당하는지 여부에 대하여 보면, 다음과 같다. 청구법인은 OOO의 조사기간 중 학습교재를 개발하는 것이 연구업무에 해당한다고 주장하였으나, 기획재정부가 2011.9.7. 배포한 보도자료(공생발전을 지원하기 위한 2011년 세법개정안 문답자료)에 따르면, 기획재정부는 연구․인력개발비 세액공제 대상을 서비스 분야로 확대함을 명시하면서 사례로 맞춤형 학습교재를 제공하는 서비스를 개발하는 것에 대해 2012년부터 연구․인력개발비 세액공제를 적용할 수 있다고 명시하고 있다. 따라서 2012년 전의 경우 교재개발은 연구․인력개발비 세액공제 대상에서 제외됨이 타당하다. (마) 동종업계 세액공제 현황에 따르면, OOO, OOOO, OOO 등의 상표로 청구법인과 유사하게 영어교재를 출판․판매하는 업체인 OOO 주식회사, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO의 연구소 현황(표10)을 보면, 동 업체들은 인증사항이 없거나 인증을 받더라도 ‘교재개발’이 아닌 ‘소프트웨어개발’로 인증받았으며, 법인세 신고시 연구․인력개발비 세액공제를 신청한 사실이 없다. <표10> 동종업계 연구소 등록 및 세액공제 현황 (단위: 백만원) 상호 연구분야 연도 감면세액 감면종류
○○○ SW개발공급 2004
○○○ 창업벤처중소 기업세액감면 2006
○○○
○○○ SW개발공급 2005
○○○ 고용증대특별 세액공제
○○○
• 2010
○○○ 기업어음제도 개선세액공제
○○○
• 2008
○○○ 중소기업특별 세액공제 (2) OOO이 청구법인에 근로를 제공하지 않은 것으로 보아 OOO에게 지급한 쟁점금액②를 손금부인한 처분 관련, 청구법인은 OOO에게 업무와 관련하여 급여를 지급하였으므로 해외에 체재중이라 하더라도 손금을 인정하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 OOO의 조사기간 중 업무와 관련하여 OOO이 근로를 제공한 근거를 제시하지 못하였고, OOO의 출입국기록을 확인한바, 2007년～2009년 동안 120여일을 제외한 기간을 해외에 체류하였으며, 청구법인의 소명자료 제출시 OOO에게 보낸 메일에 그동안의 급여가 지원금 성격이라서 퇴직금을 지급하지 않았다고 되어 있고, 메일의 내용과 같이 퇴사 후에도 퇴직금이 지급되지 않았다. 따라서, 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점금액②를 손금부인한 이 건 처분은 정당하다.
① 청구법인이 연구․인력개발비로 신고한 쟁점금액①이 조특법 제10조에 따른 연구․인력개발비 세액공제 요건을 충족하지 못한다 하여 이를 배제한 처분의 당부
② OOO이 청구법인에 실제 근로를 제공하지 않은 것으로 보아 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점금액②를 손금부인한 처분의 당부
<별지>에 기재
○○○
○○○ 2007
○○○
○○○ 2008
○○○
○○○ 2009
○○○
○○○ 2010
○○○
○○○ 합계
○○○
○○○ (나) 청구법인이 제출한 자료에 대하여 본다. 1) 청구법인이 OOO지방중소기업청장 등으로부터 발급받은 벤처기업확인서 현황은 다음 <표12>와 같다. <표12> 청구법인이 발급받은 벤처기업확인서 현황 발급자 발급일 유효기간 확인기준
○○○ 1999.6.7. 1999.6.7. ～2000.12.31. 신기술 개발기업 벤처기업 육성에 관한 특별조치법 제25조
○○○ 2001.3.7. 2000.12.26. ～2002.12.25. 연구개발 투자기업 2002.11.15. 2002.11.15. ～2004.11.14. 연구개발 기업 2004.11.22. 2004.11.15. ～2006.11.14.
○○○ 2006.11.16. 2006.11.15. ～2007.11.14. 2008.12.8. 2008.11.15. ～2010.11.14. 2011.1.18. 2010.11.15. ～2012.11.14. 2) 한국산업기술진흥협회장이 1999.4.13. 발급한 ‘기업부설연구소 인정서’에 따르면, 청구법인은기술개발촉진법제16조 및 같은 법 시행령 제27조 제1항에 따른 과학기술부장관의 권한위탁에 따라 같은 법 시행령 제14조 제1항에 따른 기업부설연구소로 인정받은 것으로 나타난다. 3) 사단법인 벤처기업협회장이 청구법인에게 송부한 ‘2007년도 벤처기업대상 포상기업 통보 및 시상식 참가 안내’ 문서(2007.9.21.)에 따르면, 청구법인은 중소기업특별위원회위원장 표창 수상기업으로 선정된 것으로 나타난다. 4) 위 2007년도 벤처기업대상 심사를 위해 청구법인이 제출한 평가신청서(2007.6.28.)에 따르면, 청구법인은 면적 273㎡ 규모의 독립된 ‘OOO’(쟁점연구소)를 보유하고 있고, 동 연구소는 총 24명의 인력(박사 1명, 석사 3명, 학사 12명, 연구보조원 8명)으로 구성되어 있다고 기재되어 있다. 5) 그밖에 청구법인은 OOO신문사와 OOO이 공동주최하는 ‘올해의 브랜드대상’ 수상 내역(2003년～2008년 영어학원부문 6년 연속 수상), OOO가 주최하는 ‘한국교육산업대상’ 수상 내역(2004년～2009년 프랜차이즈 영어학원부문 6년 연속 수상), OOO이 시행하는 ‘대한민국 마케팅대상’ 수상 내역(2003년 리딩브랜드 리더쉽부문 우수상), OOO가 주최하는 ‘대한민국 외국어 교육산업 대상’ 수상 내역(2006년 초중고등교육부문), OOO신문사와 OOO포럼이 주최하는 ‘한국소비자의 신뢰기업대상’ 수상 내역(2004년～2008년 영어교육부문 5년 연속 수상), 청구법인의 각종 특허목록 등을 제출하였다. (다) 처분청이 제출한 자료에 대하여 본다. 1) 기획재정부가 2011.9.7. 발표한 ‘2011년 세법개정안’ 및 ‘2011년 세법개정안 문답자료’ 중 연구․인력개발비 세액공제 관련 개정내용에 따르면, 기존 조특법상 연구․인력개발비 세액공제 대상 연구개발의 경우 새로운 제품의 개발이나 제품의 성능향상 등을 위한 과학기술개발 등 주로 이공계 분야의 연구개발을 대상으로 하고 있으나, 2012.1.1.부터는 과학기술과 연계되지 않더라도 새로운 서비스를 개발하거나 각종 서비스를 전달하는 체계를 개발하는 것(예를 들어 개인별 맞춤형 학습교재를 제공하는 서비스를 개발하거나, 대기시간 없이 놀이시설을 이용할 수 있도록 실시간 정보제공 서비스를 개발하는 것 등)을 연구개발의 범위에 포함시키고, 조특법상 연구․인력개발비 세액공제 대상인 연구소․전담부서의 범위에 정보서비스, 경영컨설팅, 의료․보건, 교육, 문화서비스 등 지식기반서비스 분야의 기업부설연구소를 추가함으로써 제조업 위주로 지원되는 연구개발분야를 의료․보건․교육․문화 서비스 등으로 대폭 확대하여 서비스 산업의 선진화를 지원하려 한다고 기재되어 있다. 처분청은 이를 근거로 2011년 세법 개정을 통해 2012년부터 ‘교육서비스’(지식기반서비스 분야)가 연구․인력개발비 세액공제 대상에 포함되었으므로, 이 건 부과처분 대상 사업연도인 2006～2010사업연도의 경우에는 쟁점연구소가 조특법상 연구․인력개발비 세액공제 대상에 포함될 수 없다는 의견이다. 2) 한국산업기술진흥협회가 발행한 ‘기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람’(2011년 4월)에서는 ‘분야별 연구개발활동’이 ① 정보처리 분야, ② 산업디자인 분야, ③ 건설 분야, ④ 환경 분야로 구분되어 있고, 교육서비스분야는 기재되어 있지 아니하며, 동 편람 ‘Q&A'에서는 ‘기업의 업종은 교육서비스이지만, 온라인 교육을 위한 프로그램 개발을 하는 별도의 부서가 있습니다. 이 경우 프로그램 개발을 전담하는 부서를 연구소로 인정받을 수 있나요?’라는 질의에 대해 ‘온라인 서비스를 위한 프로그램을 개발하는 경우에는 연구분야가 정보처리분야로 분류되어 연구소 인정이 가능합니다. 단, 온라인 서비스를 지원하는 연구소 이외의 부서가 별도로 존재하고 있어야 합니다’라고 답변하고 있다. 2012년 위와 같이 조특법이 개정된 후 한국산업기술진흥협회가 발행한 ‘기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람’(2012년 2월)에서는 ‘연구소 신고대상’의 ‘연구개발활동’의 주요내용은 다음 <표13>과 같으며, ‘지식기반서비스 분야의 연구개발활동’에 ‘교육서비스 분야’가 포함되어 있고, 처분청은 이를 근거로 2012년 전에는 교육서비스 분야가 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구개발활동에 포함되지 않으므로, 쟁점연구소는 조특법상 연구․인력개발비 세액공제 대상에 포함되지 않는다는 의견이다. <표13> 기업부설연구소 및 연구개발전담부서 신고에 관한 업무편람(2012년 2월) 중 연구개발활동의 주요내용 연구개발 활동 ․기업부설연구소 등의 연구개발활동은 영 제2조 제5항에서 정의하고 있는 것처럼, 과학기술분야와 별표1의 지식기반서비스 분야에 대한 연구활동만 의미함. ․인문분야의 연구개발활동, 별표1의 지식기반서비스 분야에 포함되지 않는 서비스분야의 경우에는 기업부설연구소 등의 인정대상이 아님. 과학기술 분야의 연구개발 활동 ․과학기술분야의 연구개발활동은 자연과학, 응용과학, 공학 및 생산기술을 포함하는 것으로 자연의 성질을 연구하는 과학과 과학적 지식을 응용하는 공학을 바탕으로 인간 생활에 필요한 도구나 기계, 재료 등을 개발하고 만드는 포괄적 개념임. ․기업부설연구소 인정제도에서 과학기술분야의 연구개발활동은 생명과학, 화학, 산업디자인, 전기전자, 식품, 환경, 기계, 금속, 소재, 건설, 섬유 등 제품의 제조와 관련된 연구분야를 의미함. ․분야: ① 산업디자인 분야, ② 환경 분야, ③ 건설 분야 지식기반 서비스 분야의 연구개발 활동 ․지식기반서비스분야의 연구개발활동은 일반적으로 제조업의 제품 및 신공정 개발에 대응하여 새로운 서비스 상품 및 서비스 전달체계를 개발하는 것을 의미하며, 연구활동 결과물을 자사에서 제공하는 서비스활동에 적용하여야 함. ․분야: ① 소매 분야, ② 정보서비스 분야, ③ 시장조사 및 경영컨설팅 분야, ④ 의료 및 보건서비스 분야, ⑤ 관광 및 문화서비스 분야, ⑥ 교육서비스 분야 3) 한국산업기술진흥협회 인터넷 홈페이지 ‘연구소/전담부서 신고관리시스템’의 ‘연구소 검색’에 따르면, OOO의 ‘OOO 부설연구소’의 ‘연구분야’ 및 OOO의 ‘OOO 교육공학연구소’의 ‘연구분야’는 각각 ‘SW개발공급’으로 기재되어 있다. 4) OOO교육(2004․2006․2008사업연도), OOO(2005․2008사업연도), OOO(2008․2010사업연도, 교재명은 ‘OOO’), OOO(2008사업연도, 교재명은 ‘OOO’)의 법인세 신고서에 따르면, 이들 업체들은 창업벤처중소기업의 세액감면, 중소기업에 대한 특별세액감면, 고용증대세액공제 등을 신청하였고, 조특법 제10조의 연구․인력개발비 세액공제는 신청하지 않은 것으로 나타난다. 5) 그밖에 처분청은 2006.1.1. 이후 청구법인 내부서류인 주간업무회의, 업무실적평가표, 업무인계인수서, 업무분장표상 연구소업무 등을 제출하였다. (라) 한국산업기술진흥협회 인터넷 홈페이지 ‘연구소/전담부서 신고관리시스템’을 확인한 결과, OOO 공학연구소(쟁점연구소)는 OOO에 소재하고, 1999.3.31. 기업부설연구소로 인정받았다가 2013.5.19. 기업부설연구소 지정이 취소된 것으로 나타나며, 청구법인의 기타 기업부설연구소는 확인되지 않는다. 위에서 본 바와 같이 청구법인이 제출한 한국산업기술진흥협회장이 1999.4.13. 발급한 ‘기업부설연구소 인정서’에 따르면, 청구법인의 쟁점연구소의 소재지는 OOO에 소재하며, 신고일은 1999.3.9.로 나타난다. (마) 위 홈페이지의 ‘사후관리’의 ‘인정취소’에 따르면, 연구소/전담부서는 ① 기업체 사정상 자진하여 취소하는 경우, ② 기업체가 폐업 또는 휴업하거나 연구소/전담부서의 폐쇄 또는 휴업 사실이 확인된 경우, ③ 인정요건에 미달되거나 장기간 변경신고를 하지 않는 경우, ④ 연구개발활동이 없거나 연구개발수행 능력이 없는 경우, ⑤ 관련법규를 위반하는 경우, ⑥ 허위 또는 부정한 방법으로 설립신고하거나 변경신고를 한 경우(이 경우에는 취소일로부터 1년간 신규설립신고 불가)에 취소할 수 있다고 기재되어 있으나, 청구법인의 기업부설연구소(쟁점연구소)가 인정취소된 이유는 확인되지 않는다. (바) 살피건대, 청구법인은 쟁점연구소가 1999년 한국산업기술진흥협회장으로부터기술개발촉진법에 따라 기업부설연구소 인정서를 발급받았고, 독창적․창조적인 연구 활동으로 지속적으로 신기술을 개발하고 있다는 사실이 벤처기업확인서, 벤처기업 관련 수상 내역 등에서 확인되고 있으므로, 쟁점금액①이 조특법상 연구․인력개발비 세액공제 대상이라고 주장하고 있으나, 기획재정부가 2011.9.7. 발표한 2011년 세법개정안 보도자료에 따르면, 청구법인이 제공하는 교육서비스는 2011년 이전에는 조특법상 연구․인력개발비 세액공제 대상이 아니었고, 2012년 이후부터 세액공제 대상에 포함된 것으로 나타나고 있는 점, 비록 청구법인이 1999년 정보서비스[(전기․전자) 단기언어습득교재 및 컴퓨터프로그램 개발]를 연구분야로 하여 한국산업기술진흥협회로부터 쟁점연구소를 기업부설연구소로 인정받았으나, 청구법인의 2006.1.1. 이후 주간업무회의, 업무실적평가표, 업무인계인수서, 업무분장표 등에 따르면, 청구법인의 연구분야는 프로그램개발이 아닌 교재개발로 보이고, 이는 정보서비스에 해당하지 않으므로, 쟁점연구소를 조특법에 따른 연구․인력개발비 세액공제 대상인 기업부설연구소로 보기 어려운 점, 청구법인이 2002.10.17. 이후 한국소프트웨어진흥원에 컴퓨터프로그램을 등록한 사실이 없고, 청구법인이 한국산업기술진흥협회에 보고한 연구개발활동조사표에도 2006년 이후에는 프로그램개발을 수행한 사실이 확인되지 않고 있는 점, 전업적으로 연구활동에 종사한 기업부설연구소 연구원의 인건비만이 조특법상 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당되나, 청구법인의 내부자료인 주간업무회의록, 업무실적평가표상 쟁점연구소 소속 직원들의 업무실적에는 프로그램개발이 확인되지 않으며, 이들의 주요 업무는 교재 개발․수정․출간, 뉴스레터․온라인 학습방 제작, 시험문제 출제 및 관리, 교재를 이용한 학원수업, 프랜차이즈 학원 강사 교육 등으로 나타나고, 인터넷팀의 경우에도 주요 업무가 홈페이지 관리 및 학습 시스템 유지 보수 등으로 나타나는 등 쟁점연구소 소속 직원들이 전업적으로 연구활동에 종사하였다고 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 쟁점금액①이 조특법상 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당되지 않는 것으로 보아 이를 배제하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 본다. (가)국세기본법제55조(불복) 제1항은 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있다. (나) 이 건 경정결의서에 따르면, 2007～2009사업연도 중 청구법인이 OOO에게 지급하였으나 처분청이 손금부인한 금액(쟁점금액②)은 각 OOO원, OOO원, OOO원으로 나타나며, OOO이 처분청에 송부한 ‘제세결정상황 통보’OOO, 국세통합전산망의 경정결의 이력조회 내역에 따르면, 이 건 심판청구 이후 처분청은, OOO이 OOO에게 제기한 이의신청에 대한 결정OOO 결과(OOO을 청구법인의 직원이 아닌 것으로 보아 부과한 2007년 귀속 종합소득세 처분을 취소함)에 따라 2013.10.11. 당초 손금부인한 쟁점금액②를 손금에 산입하여 2007～2009사업연도 법인세를 감액경정한 것으로 나타나는바, 이 부분에 대해서는 불복청구의 대상이 존재하지 아니하므로 적법한 청구로 볼 수 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.