이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 일시적으로 3주택자가 된 것이므로 장기보유특별공제를 배제하는 것은 부당함

OOO세무서장이 2012.7.7. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO 원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2002.1.11. OOO동 95외 소재 OOO 102동 1503호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였고, 2009.6.11. OOO리 210-9 지상에 신병(암) 치료를 위하여 주택(이하 “OOO리주택”이라 한다)을 신축하였으며, 2011.4.5. OOO아파트 102동 1101호(이하 “OOO동주택”이라 한다)를 취득한 상태에서 2011.4.22. 쟁점주택을 양도한 것에 대하여, 당초에는 1세대 1주택자로 양도가액 9억원 초과분에 대해 양도소득세를 신고하였다가 소득세법 시행령제167조의5(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) 제1항 제7호의 양도소득세 중과가 배제되는 일시적 1세대 2주택에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 수정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주택 양도소득세 신고분에 대하여 조사한 결과, 청구인이 쟁점주택 양도시점에 OOO리주택 및 OOO동주택 등 총 3주택(수도권 2주택)을 보유하고 있어 장기보유특별공제 적용대상이 아니라고 보아 20012.7.7. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원을 경정?고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 시행령제167조의5(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) 제1항은 “수도권 내 읍·면지역에 소재하는 기준시가 3억원 이하의 주택은 같은 법 제104조(양도소득세의 세율) 제1항 제2의5호(대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 50)에서 규정하는 ‘대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’, 즉 양도소득세가 중과되는 주택수를 계산할 때는 이를 산입하지 아니한다“고 규정한 바, 청구인은 쟁점주택 양도당시 3주택 소유자임에도 불구하고 OOO군에 소재한 기준시가 OOO원의 OOO리주택을 제외하면 청구인은 1세대 2주택자가 되고, 같은 제1항 제7호는 ”1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우 종전의 주택은 양도소득세 중과를 배제한다“고 규정한 바, OOO리주택을 제외한 종전의 주택(쟁점주택)을 소유하고 있으면서 대체주택을 취득하는 과정에서 일시적으로 OOO동주택을 취득한 청구인의 경우에는 같은 법 제95조(양도소득금액) 제2항의 양도소득금액 계산시 [별표1]의 보유기간별 공제율(양도차익의 100분의 27)을 적용한 장기보유특별공제액을 총수입금액에서 차감하는 것이 타당할 뿐만 아니라, 다주택자에 대한 중과세 규정은 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기수요를 억제하는데 그 입법취지가 있는 바(대법원 2009두13788 판결 2009.12.24. 선고, 조심2010중3870, 2011.4.25. 등), 청구인의 경우 쟁점주택을 양도하면서 대체취득 과정에서 내부공사 등을 이유로 부득이하게 일시적으로 잔금일자가 겹쳐 약 17일 동안 OOO동주택을 소유하게 된 것일 뿐 투기목적이 없었으므로 청구인에게 양도소득세 중과세 규정을 적용하여 장기보유특별세액공제를 배제하고 과세한 처분은 처분청이 중과대상이 되는 1세대 2주택 계산시 OOO리주택과 같은 경우는 애초에 배제하도록 규정한 위 같은 법 시행령 제167조의5 제1항 제7호를 잘못 적용한 것이므로 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주택 양도당시 1세대 3주택자로 3주택 중 2주택이 수도권에 소재하고 있고, 소득세법 시행령제167조의5(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위)에서 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니하는 주택이 3주택 중 1주택(OOO리주택)만 해당되어 2주택 이상 보유자로 같은 법 제95조(양도소득금액) 제2항 및 같은 법 제104조(양도소득세의 세율) 제1항 제6호의 규정에 의한 장기보유특별공제 적용대상이 아니며, 위 제167조의5 제1항 제7호의 규정과 청구인의 상황을 비교하여 보면, ① 청구인은 ‘1주택을 소유한 1세대’가 아닌 2주택을 소유한 1세대이며, ② 청구인은 ‘일시적으로 2주택을 소유’한 것이 아니라 일시적으로 3주택을 소유한 것이고, ③ ‘종전의 주택’도 종전에 소유한 하나의 주택에 혜택을 주기 위한 규정이며, 청구인의 주장대로라면 종전의 2주택 중 어느 것을 양도하여도 혜택이 주어지게 되는 바, 동 제7호 규정을 이 건에 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점 쟁점주택 양도당시 3주택을 소유한 경우라도 소득세법 시행령제167조의5(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) 제1항의 ‘수도권 내 읍·면지역에 소재하는 기준시가 3억원 이하의 주택’에 해당된다면 주택수 계산에서 배제하여 같은 조 제1항 제7호의 일시적 2주택에 해당하는 것으로 하여 장기보유특별공제를 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수 되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 양도소득과세표준의 100분의 50 (2) 소득세법 시행령 제155조【1세대1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날로부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못한 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.(후단 생략) 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. 1.수도권정비계획법제2조제1호의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에 서 "수도권"이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

• 가. 광역시에 소속된 군 및지방자치법제3조제3항ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면
• 나. 수도권중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 지역 제167조의5【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제1항 제2호의5에서 "대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. 1.수도권정비계획법제2조제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 "수도권"이라 한다) 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지역 및 수도권 밖의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당 시 3억원을 초과하지 아니하는 주택
• 가. 광역시에 소속된 군 및지방자치법제3조제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면
• 나. 해당 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 지역

2. 제167조의3제1항제2호 내지 제8호 및 제8호의2 중 어느 하나에 해당하는 주택

3. 1세대의 구성원 중 일부가 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 인하여 다른 시(특별시 및 광역시를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)·군으로 주거를 이전하기 위하여 1주택(학교의 소재지, 직장의 소재지 또는 질병을 치료·요양하는 장소와 같은 시·군에 소재하는 주택으로서, 취득 당시 법 제99조에 따른 기준시가의 합계액이 3억원을 초과하지 아니하는 것에 한정한다)을 취득함으로써 1세대2주택이 된 경우의 당해 주택(취득 후 1년 이상 거주하고 당해 사유가 해소된 날부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한한다) 3의2. 제155조제8항에 따른 수도권 밖에 소재하는 주택

4. 1주택을 소유하고 1세대를 구성하는 자가 1주택을 소유하고 있는 60세 이상의 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 직계존속 중 어느 한 사람이 60세 미만인 경우를 포함한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 해당 주택(합친 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

5. 1주택을 소유하는 자가 1주택을 소유하는 다른 자와 혼인함으로써 1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우의 당해 주택(혼인한 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한한다)

6. 주택의 소유권에 관한 소송이 진행 중이거나 당해 소송결과로 취득한 주택(소송으로 인한 확정판결일부터 3년이 경과하지 아니한 경우에 한한다)

7. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택{다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에 한한다}

8. 주택의 가액 및 면적 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 주택

9. 1세대가 제1호 내지 제6호에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 쟁점주택 양도시 3주택자로서 소득세법 시행령제167조의3(양도소득세가 중과되는 1세대 3주택에 해당하는 주택의 범위)의 적용을 받아 주택수 계산시 OOO리주택을 산입하지 않아도 2주택자가 되어 양도소득세 중과대상이므로 장기보유특별공제를 적용할 수 없다는 의견이다.

(2) 청구인은 같은 법 시행령 제167조의5(양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위) 제1항 괄호에서 이 건 OOO리주택과 같이 제1호의 요건을 충족하는 주택만 애초에 주택수 계산시 제외함으로써 당해 주택이든 다른 주택이든지 불문하고 중과하거나 장기보유특별공제를 배제하지 않는 것이고, 나머지 임대주택 등 2호부터 9호까지에 해당되는 주택은 당해 주택의 양도의 경우에는 중과대상은 아니지만 다른 주택의 양도시에는 주택수에 포함된다는 의미인 바, 같은 법 시행령 제155조의 1세대 1주택 비과세 특례의 적용 여부에 있어서는 OOO리주택도 당연히 주택수에 포함되는 것이므로, 청구인의 경우는 1세대 1주택 비과세 대상의 경우에 적용하는 같은 법 제95조(양도소득금액) 제2항의 [별표2]가 아닌 [별표1]의 공제율 적용대상이라고 주장하고 있다.

(3) 쟁점주택 양도당시 청구인이 소유한 3주택의 등기사항전부증명서 및 부동산매매계약서에 의하면, 청구인은 2002.1.11. 쟁점주택을 취득하였고, 2009.6.11. OOO리주택을 취득하여 2주택자가 되었으며, 2011.1.25. OOO동주택 매수계약을 체결하고 이틀 후인 2011.1.27. 쟁점주택 매도계약을 체결하였으며, 2011.4.5. OOO동주택의 잔금을 지급하고 2011.4.22. 쟁점주택을 양도하기 전까지 17일간 3주택자이었던 것으로 확인된다.

(4) OO동주택의 인테리어 계약서에 의하면 내부수리기간이 2011. 4.6.부터 2011.4.21.까지로 되어 있고, 청구인이 2011.4.5. OOO은행으로부터 OOO천원을 대출받은 사실이 무통장입금증에 의하여 확인되며, 쟁점주택의 소유권이전등기일이 2011.4.22.인 반면 잔금지급일은 2011.4.29.이고, 청구인이 OOO동주택에 주민등록을 이전한 날은 2011.5.11.인 것으로 나타난다.

(5) 살피건대, 주택에 대한 중과세율은 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하기 위한 것이라는 입법취지 등을 종합적으로 고려할 때, 이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 3주택을 보유하게 된 것일 뿐, 실질적으로 3주택을 보유하고 있었던 것으로 볼 수 없는 경우에는 1세대 3주택자 중과세 대상에 해당한다고 볼 수 없고(대법원 2009두13788 판결 2009.12.24. 선고, 조심 2010중3870, 2011.4.25. 등 다수 참고), 양도소득세 중과대상인지 여부를 판정함에 있어 OOO리주택은 주택수 계산시 포함되지 아니한다는 점에 대하여는 처분청과 청구인이 다툼이 없으므로, 청구인은 쟁점주택 양도당시 2주택자에 해당하며, 청구인이 이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 일시적으로 17일 동안 3주택을 보유한 것으로 나타나는 바, 청구인은 같은 법 시행령 제167조의5 제1항 제7호의 ‘일시적 2주택자’에 해당하므로, 처분청이 청구인을 쟁점주택 양도당시 OOO리주택을 제외하고서라도 양도소득세 중과대상인 2주택자에 해당하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.