신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1991.8.7. 서울특별시 동작구 노량진동 310-66(구지번) 도로 99㎡(이하 “종전토지”라 한다)를 박노식으로부터 1억1,000만원에 매입하였고, 주택재개발사업을 거쳐 2001.4.14. 서울특별시 동작구 노량진동 325(신지번) 신동아아파트 707동 1801호(이하 “신축주택”이라 한다)을 취득하였으며, 2006.7.15. 신축주택을 456백만원에 양도하고, 2006.7.18. 양도가액을 456백만원, 취득가액을 177백만원으로 하여 양도소득세 64,140,786원을 예정신고․납부하였다.
• 나. 그 후 청구인은 조세특례제한법제99조의3의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면세액 적용대상으로서, 재건축조합원의 주택이 신축주택기간 경과 후 사용승인(취득)되더라도 동 기간내에 재건축조합과 일반분양자간에 계약체결 및 납부가 이루어진 경우 감면주택에 해당된다는 대법원의 판결(대법원 2008두2026, 2008.5.29.)이 있자, 이를 근거로 2008.10.20. 처분청에 경정청구하여 30,814,610원을 환급받았다.
• 다. 처분청은 2012년 4월 조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)의 감면적용을 받은 주택에 대한 적격여부를 점검하여 종전토지 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 감면을 배제하고 2012.5.7. 청구인에게 양도소득세 24,339,770원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.29. 이의신청을 거쳐 2012.9.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우 신축주택취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 전체 양도소득금액 중 5년이 경과한 후에 발생한 양도소득금액을 차감한 금액이라고 해석함이 타당하고, 새로운 해석이나 관행에 의해 소급과세하지 않는다는 국세기본법의 취지에 따라보면 이 결정 고지는 2008년 환급결정을 2009년 예규에 의해 재결정 고지하는 것이므로 소급과세금지에 의해 2006년 귀속 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조 세특례제한법제99조의3 규정을 적용함에 있어 종전토지를 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일)한 경우 종전토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것이며, 신축주택 감면대상 양도차익은 종전토지의 취득일부터 계산하는 것이 아니라 신축주택의 취득일로부터계산하는 것이 타당(조심 2010부0415, 2010.09.17. 외 다수)한 것이므로 적정한 감면소득 계산시 분모의 ‘취득당시의 기준시가’를 종전토지의 취득당시 기준시가를 적용한 것은 타당하고, 기획재정부 예규는 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하여, 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여졌거나, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려우므로 소급과세 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 청구인에게 신축주택 취득전에 발생한 양도소득에 대하여 감면을 부인하여 양도소득세 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법제99조의3의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례의 범위 및 과세처분이 세법해석기본 및 소급과세금지 위배 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제1항제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에만 그 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계 약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택"이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의3 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 조합원"이라 함은 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다. (3) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것 으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 신축주택을 양도하고 조세특례제한법제99조의3의규정에 따라 신축주택의 취득일로부터 5년이내 양도함으로써 발생하는 양도소득금액에 대하여 경정청구를 통하여 양도소득세 감면신고하였고 이에 따라 처분청에서는 30,814,610원 환급한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

(2) 처분청은 청구인이 위와 같이 신고한 감면소득금액중 종전토지의 취득일부터 신축주택 취득전일까지의 양도소득금액에 대해서는 감면을 부인하고 과세한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

(3) 이에 대하여 청구인은 종전토지의 취득일부터 신축주택 취득전일까지의 양도차익도 신축주택을 5년이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득금액에 포함되므로 감면배제하는 것은 부당하다는 주장이다. (4) 살피건대, 조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다 (조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻임). 또한, 종전토지의 보유로 인한 양도소득금액이 감면소득에 해당되는 것이라고 별도로 규정한 적이 없고, 처분청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기도 어려우므로 처분청이 이 건 과세처분에 대하여 신의성실의 원칙을 위배하였다고 보기도 어렵다고 판단된다. 따라서, 처분청이 종전토지의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.