청구인이 양도소득세를 신고하면서 그 부가세로서 농어촌특별세를 납부한 점 등을 고려할 때 조세특례제한법 제99조의3 규정의 감면배제와 관련하여 기납부한 농어촌특별세액을 양도소득세 기납부세액으로 인정하여 납부불성실가산세를 감액함이 타당함
청구인이 양도소득세를 신고하면서 그 부가세로서 농어촌특별세를 납부한 점 등을 고려할 때 조세특례제한법 제99조의3 규정의 감면배제와 관련하여 기납부한 농어촌특별세액을 양도소득세 기납부세액으로 인정하여 납부불성실가산세를 감액함이 타당함
OOO세무서장이 2012.4.25. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 납부된 농어촌특별세 OOO원을 양도소득세 기납부세액으로 하여 납부불성실가산세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(1) 처분청은 감면소득금액을 산정하면서 조특법 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 및 제40조 제1항에 따라 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산’ 산식을 적용하였으나, 조특법 제99조의3 제1항 본문에서 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득의 100분의 80(2009년 12월 31일까지 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하도록 명시하여 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하는 경우에는 발생하는 소득 전부에 대하여 감면한다고 규정하고 있고, 조특법 제99조의3 제1항 상으로 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우와 5년이 경과된 후에 양도하는 경우는 구별되므로, 처분청이 적용한 조특법 시행령 제40조 제1항의 ‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산’식은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 본 건의 경우에는 적용할 여지가 없다. 설령, 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용한다고 하더라도, 기존의 예규(재산-273, 1998.9.23.)나 교육자료, 대법원판례(2007두146, 2008.5.29.) 등에서 분모 및 분자에 동일하게 규정된 취득당시 기준시가를 모두 신축주택 취득 당시 기준시가로 해석해 왔음에도 불구하고, 이를 달리 해석할 법적인 근거 없이, 새로운 예규(재산-227, 2009.1.20.)를 근거로 기존의 과세관행과는 다르게 확장해석이나 유추해석을 하는 것은 세법의 엄격해석에 반하는 것이다.
(2) 청구인은 신축주택 양도 당시 관련 예규 및 판례에 준하여 성실하게 자진 신고 및 납부를 하였고 과세관청에서도 내부적으로 감면대상이 적합한 것으로 결정하였으므로 청구인은 납세의무를 성실하게 이행한 바, 뒤늦게 처분청이 시효에 임박하여 납부불성실가산세를 추징하면서 청구인에게 귀책사유를 전가사키는 것은 부당하다.
(1) 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 조특법 제99조의3 제1항의 양도소득세 감면대상은 전체문언을 고려할 때 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다.
(2) 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율로 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하다.
① 신축주택 취득전 양도소득에 대한 세액감면을 배제한 처분이 소급과세 금지의 원칙에 위배되는지 여부
② 납부불성실가산세 부과의 당부
(1) 청구인 및 처분청이 제출한 종전주택 및 신축주택의 부동산등기등본, 신축주택의 공급계약서 등에 의하면, 청구인은 1986.10.24. 종전주택을 취득하였고, 재건축으로 인해 종전주택 멸실 후 2002.7.30. 사용검사승인을 얻어 신축주택을 취득하였으며, 2006.12.18. 신축주택을 양도한 사실이 나타난다.
(2) 청구인은 신축주택의 양도에 대하여 신축주택 취득전 양도소득을 감면대상 소득에 포함하여 양도소득금액 OOO원 전액을 감면대상 양도소득금액으로 하고, 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 신고를 하고, 농어촌특별세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.
(3) 처분청은 신축주택 취득전 양도소득을 양도소득세 감면대상 소득에서 부인하여 감면대상 양도소득금액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 재계산하고, 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 이 건 양도소득세 OOO원을 경정고지하였으며, 농어촌특별세 OOO원(이에 대한 국세환급가산금 OOO원 별도)은 환급결정한 후 체납세액에 충당하였음이 양도소득세 결정결의서 등에 의하여 나타난다.
(4) 조특법 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 [양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)]로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다. 한편, 국세기본법 제18조 제3항 에서는 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다.
(5) 쟁점1에 대하여 본다. 살피건대, 청구인은 신축주택을 양도하면 조특법 제99조의3에 따라 양도소득 전체가 감면대상이 된다는 과세관청의 답변을 믿고 양도소득세 감면신청을 하였으므로, 처분청이 변경된 해석을 근거로 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 조특법 제99조의3에서 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수료를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점, 조특법 제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 의하면, 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려운 점(조심2012서3441, 2012.10.30. 참고) 등으로 볼 때, 청구인으 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(6) 쟁점2에 대하여 본다. 살피건대, 납세자의 고의·과실이나 법령의 무지 또는 오인은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는 바(조심2012서2913, 2012.9.28., 조심 2012서2836, 2012.9.19. 등 다수 참고), 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙에 반하는 처분이 아닌 점, 관련 법령의 해석상 전체 양도소득금액이 아니라 신축주택 취득일부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액이 아니라 신축주택 취득일부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액만이 감면소득금액에 해당함에도 청구인은 전체 양도소득금액이 감면대상인 것으로 법령을 착오한 것으로 보이는 점 등으로 볼 때, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하였고 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 볼 수 있는 충분한 사정이 있는 경우에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 다만, 청구인이 양도소득금액 전액을 감면소득금액으로 양도소득세를 신고하여 결과적으로 OOO원의 농어촌특별세를 과다하게 납부한 것으로 나타나는 바, 양도소득세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 양도소득세의 부가세로서 청구인이 양도소득세를 과소하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과다하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있고, 이와 같은 경우 납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하고 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이므로(국심 1996서1067, 1996.9.16., 조심 2009부1994, 2010.12.10. 등 참고) 처분청에서 청구인이 과다납부한 농어촌특별세 OOO원을 환급하면서 가산하여 지급한 국세환급가산금 OOO원을 환수하는 것은 별론으로 하더라도 동 농어촌특별세 과다납부액액을 양도소득세 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.