종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면 대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1984.8.15. 취득한 OOO 670 OOO아파트 305동 706호 70.42㎡(이하 “구주택”이라 한다)를 재건축함에 따라 2005.1.28. OOO 105동 1902호 145.83㎡(이하 “신축주택” 이라 한다)을 취득하였으며, 이를 2010.1.19. 양도한 후 2010.2.2. 조세특례제한법 제99조 3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 감면하는 것으로 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 규정을 적용함에 있어, 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 아니하고, 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 계산한 감면세액 OOO원을 산출세액에서 차감하고, 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여, 2012.3.16. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.10. 이의신청을 거쳐 2012.7.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 조세특례제한법제99조3은 5년이내 양도함으로서 발생하는 소득에 대해 100% 감면하고 5년경과 후 양도시는 5년이내 감면과 형평을 위해 별도로 계산하여 감면하도록 하고 있어, 그렇다면 감면의 해석 순서도 5년 이내 양도분에 대한 해석을 먼저 하고, 이에 맞춰 5년경과 양도분에 대한 해석을 하여야 하는 것이 순리인데, 국세청은 5년 경과 양도분에 대한 해석을 먼저 하고 5년 이내 양도분을 그 해석에 적용하는 주객이 전도된 해석을 하고 있는바, 조세특례제한법제99조3 제2항에서 5년간 발생한 양도소득금액의 계산은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 규정을 준용한다고 되어 있어, 이를 제99조의3에 맞게 변형하면 아래와 같다. < 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식> 구조조정대상 부동산 구조조정대상부동산 취득일부터5년이 - 취득당시의 되는 날의 기준시가 기준시가 양도소득금액 × ──────────────────── 구조조정대상 부동산 구조조정대상부동산 양도당시의 - 취득당시의 기준시가 기준시가 < 조세특례제한법 시행령 제99조의3 에 맞게 변형된 산식> 신축주택취득일부터 신축주택 5년이 되는 날의 - 취득당시의 기준시가 기준시가 양도소득금액 × ──────────────────── 신축주택 신축주택 양도당시의 - 취득당시의 기준시가 기준시가

(2) 5년 이내에 양도한 경우 감면대상 양도소득금액을 계산하기 위한 별도 위임규정이나 준용규정이 없는 이유는 본문에서 이미 전체 양도소득금액에 대하여 100%감면으로 확정하였기 때문이고, 본문의 문장을 보면 “그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”이라 되어 있고, 이는 “5년 이내에 양도함으로 인하여 발생한 소득”이라고 문리해석 하여야 하므로 양도일 현재 발생한 전체 양도소득금액이 되어야 하는 것으로, 국세청 예규 및 심판례에서 “ 소득세법 시행령제166조에 의한 재건축 양도차익 계산시 취득일부터 관리처분인가일, 관리처분인가일부터 준공일, 준공일부터 양도일까지의 3단계로 구분하여 계산하고 있으므로 신축주택 전일까지의 양도차익은 감면대상에서 제외하여야 한다.” 라고 판단하고 있는데, 조세특례제한법 제99조 3을 입법할 당시에는 상기 계산산식이 존재하지도 않았고, 또한 이 계산식을 만든 이유가 양도차익을 구분하기 위함이 아니라 취득시기가 다수 존재하는 재건축․재개발주택의 특성으로 인하여 단순화하기 위함이었으므로 이후 입법된 규정으로 불리하게 소급해석하는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면은 주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택의 취득이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면해 주는 것으로 해석하는 것이 타당하므로 구주택을 취득하여 멸실하고 재건축에 의한 신축주택을 취득한 경우 신축한 주택의 5년내 양도소득금액에 대하여만 감면하고, 구주택 취득시점부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과후의 양도소득금액은 감면을 배제하는 것이 타당하다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 에 신축주택의 감면대상 소득금액 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세 감면)의 계산규정을 준용하도록 규정되어 있고, 5년 이내에 양도한 신축주택에 대하여 별도의 계산규정이 명시되어 있지 않으므로 처분청이 위 규정에 따라 감면소득금액을 계산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 신축주택에 취득에 대한 양도소득세 감면을 적용함에 있어 구주택취득일부터 신축주택 신축주택의 취득일전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 에서 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

(2) 살피건대, 청구인은 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 5년 이내에 이를 양도한 경우 전체 양도소득금액에 대하여 감면을 적용하여야 한다는 주장이나, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면을 적용함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것으로, 조세특례제한법 시행령제40조에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 같은 뜻)이므로, 처분청의 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.