청구인이 해운항만청에 신고한 쟁점매립지 공사원가내역서, 취등록세 신고자료 등을 볼때, 처분청이 확인한 취득가액이 실지거래가액에 해당하므로, 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액을 적용하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려움
청구인이 해운항만청에 신고한 쟁점매립지 공사원가내역서, 취등록세 신고자료 등을 볼때, 처분청이 확인한 취득가액이 실지거래가액에 해당하므로, 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액을 적용하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려움
심판청구를 기각한다.
(1) 청구인이 해양항만청에 신고한 쟁점공사원가내역서 상의 공사비가 실지취득가액인지에 대하여 처분청은 이를 입증하지 못하고 있다. (가) 해양항만청에 쟁점매립지 공사비가 신고되었다는 사실만으로는 이를 입증하였다고 할 수 없으며, 처분청이 쟁점매립지에 대한 공사비의 신고 경위, 공사 진행과정, 주변 매립지에 대한 공사비 등 여러가지 제반 상황을 조사하여 쟁점공사원가내역서가 실지 취득가액에 해당되는지 여부를 입증하여야 한다. (나) 더욱이 청구인은 1986년 이전에 매립면허를 획득하였기 때문에 공유수면매립법상 사업비 정산을 통해 청구인이 취득할 매립지 면적이 결정되지 아니하여 굳이 해양항만청에 쟁점매립지 총공사비(사업비)를 정확히 신고할 유인이 없었고, 또한 일반적인 매립지 공사와 다르게 공사착공, 중단, 재착공과 건설업자의 교체 등 공사진행과정에서의 우여곡절과 준공 후 10여년의 경과로 각종 증빙서류를 보관하는 것은 사실상 불가능한 상황에 처해 있었다. (다) 청구인은 쟁점매립지에 투입된 총공사비 중 세금계산서 등에 의하여 확인되는 일부 공사비만 장부가액으로 계상하고, 그 금액으로 해양항만청에 신고하거나, 쟁점매립지의 취득세․등록세 신고, 국가를 상대로 한 세금계산서 발행 교부 등에 활용하였으므로 그 금액들이 일치하는 것은 너무나도 당연한 것인데, 처분청은 이러한 사실만으로 해양항만청의 쟁점공사원가내역서 상 공사비가 쟁점매립지의 실지취득가액이라고 판단하는 오류를 범하고 있으며 즉, 공사비 일부에 기초한 여러 신고자료들의 금액이 동일하다는 사실은 누락된 공사비가 없다는 점 또는 실지취득가액을 확인할 수 있는 경우임을 입증하기에 충분하지 않음에도 이를 간과하고 있다. (라) 처분청은 쟁점공사원가내역서가 실지취득가액을 빠짐없이 반영하고 있다고 주장하면서도 청구인에게 위 신고자료에 누락된 금액이 있는지를 확인하는 요청을 하기도 하였고, 심지어는 직접 해양항만청 및 관할구청에 확인하여 일부 누락된 비용을 찾아내어 반영하기도 하였는바, 이와 같은 일련의 과정은 쟁점공사원가내역서가 매립비용의 일부만을 집계한 것이라는 점을 처분청 스스로가 인정한 것으로 밖에 볼 수 없다. (마) 따라서, 쟁점공사원가내역서가 실지취득가액을 모두 반영하고 있는지에 대한 판단은 쟁점매립지의 매립과정, 신고된 공사비용의 구체적인 내역, 인접매립지 공사비용 등 객관적인 자료들을 검토한 후 실제 누락된 공사비가 존재하는 않는다는 합리적 확신하에 가능한 것이며, 이러한 점에 대하여 처분청의 입증이 전혀 없는 쟁점매립지는 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보아야 한다.
(2) 쟁점공사원가내역서는 아래와 같이 쟁점매립지의 총공사비가 과소계상 되어 있음이 확인되므로 실지취득가액으로 볼 수 없다. (가) 처분청이 제시하고 있는 쟁점공사원가내역서상의 총공사비 OOO원의 세부내역 중 2차 토석채취구역에서 62,000㎥의 토석을 채취한 OOO(주)에 대한 매립공사비는 약 OOO원이며, OOO(주)와 계약체결 전 매립공사를 진행하였던 개인사업자들이 1차 토석채취구역에서 채취한 토석 83,000㎥의 토석채취 및 매립공사비 내역은 쟁점공사원가내역서에 전혀 포함되어 있지 아니하다. 이는 청구인이 대기업인 OOO(주)와 도급계약을 체결하기 전 다수의 소규모 개인사업자들을 동원하여 매립공사를 진행하면서 정형화된 계약서 없이 공사대금을 현금으로 지급하고 세금계산서 등의 증빙서류를 수령하지 아니하여 쟁점공사원가내역서에도 OOO(주)와 계약체결하기 이전의 공사비는 별도로 포함시키지 아니하였다. 처분청은 쟁점공사원가내역서가 청구인의 공사비를 모두 반영하고 있다고 주장하나, 상기와 같은 쟁점매립지의 공사과정 및 청구인과 개인사업자들의 토석 채취량으로 판단해 볼 때, 쟁점공사원가내역서상 공사비는 OOO(주)와 도급계약을 체결하기 이전의 소규모 사업자들에게 지급한 쟁점매립지 매립공사비가 전혀 반영되지 아니한 것이 명백하다 할 것이다. (나) 처분청은 면허세와 면허수수료가 해양항만청 신고자료 중 기타공과금 외 등에 포함되어 있다고 주장하고 있으나, 기타 공과금 외 항목 OOO원은 2000년도에 OOO에 CCTV 촬영 및 폐수공사대 대금으로 지급한 OOO원과 1987년～2001년의 OOO의 매립관련공과금으로 지급한 OOO원으로 구성되어 있으며, 1984년도에 지급한 면허세와 면허수수료는 해양항만청 신고자료 중 어디에도 포함되어 있지 아니하다. (다) 해양항만청이 청구인에게 발급한 매립면허에는 면허조건으로 실시계획인가 신청을 하도록 하고 있으며(공유수면 매립면허 제2조 라항), 실시계획 제출 전에 매립에 따른 해양환경조사를 실시하도록 하고 있는바(공유수면 매립면허 제2조 아항), 이에 따라, 청구인은 1985년 2월 OOO와 실시계획인가 서류(해양환경조사서 포함) 작성계약을 체결하고 OOO원을 지불하였는데, 이러한 비용은 해양항만청 신고자료에 포함되어 있지 아니하다.
(3) 쟁점공사원가내역서는 인접 매립지의 공사비 내역과 비교할 때 쟁점매립지의 총공사비가 과소계상 되어 있다. (가) 쟁점매립지와 좌우로 인접한 매립지의 매립공사는 주식회사 외부감사에 관한 법률에 의해 의무적으로 회계감사를 받는 OOO(주)와 OOO(주)가 실시하였으므로 별다른 반증이 없는 한 인접 법인매립업자의 회계장부는 신뢰할 수 있을 것이고, 1986년 이후 매립면허 획득분 부터는 공유수면매립업자들이 ‘사업비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득’ 할 수 있도록 공유수면매립법이 개정되었는바, 청구인은 1986년 이전에 매립면허를 획득하였기 때문에, 사업비 정산대상에 해당하지 아니하여 해양항만청 신고금액에 정확성을 기할 유인이 없었던 반면, 법인매립업자들은 1986년 이후에 매립면허를 획득하면서 청구인과 달리 사업비에 대하여 해양항만청이 별도의 정산절차를 거쳤기 때문에 법인매립업자의 해양항만청 신고금액은 신뢰할 수 있다 할 것이다 (나) 인접 법인매립업자의 해양항만청 신고자료 상 인접 법인매립업자의 ㎡당 공사비가 청구인의 ㎡당 공사비보다 훨씬 큰 것으로 나타나는바, 청구인이 인접 법인매립업자에 비해 공사를 먼저 착수함에 따라 청구인은 "ㄷ"자 형태로 둑을 쌓아야 했었음에 반해, 청구인의 매립지에 인접한 바다에서 공사를 착수한 인접 법인매립업자들은 이미 청구인이 매립해 놓은 둑을 그대로 활용할 수 있어 "ㄴ"자 형태로 콘크리트 전면공사만 하면서 매립을 할 수 있었던 점에 비추어 볼 때 청구인의 ㎡당 사업비가 법인 매립업자들에 비해 더 컸을 것이 충분히 예상됨에도 인접 법인매립업자들의 ㎡당 순공사비가 아래와 같이 청구인의 순공사비보다 1.5～2.5배 높은 것으로 나타는바, 이는 대기업인 OOO(주) 등에 지불한 금액만 포함되어 있을 뿐, 그 이전 공사단계에서 소규모사업자에게 지불한 순공사비 등이 누락되어 있기 때문이다. <해양항만청 신고자료상 ㎡당 순공사비 비교> (OO: OO) (다) 인접 법인매립업자와의 해양항만청 신고자료를 비교해 볼 때, 아래와 같이 공사비 항목 자체가 누락되었음을 알 수 있다. (해양항만청 신고자료상 공사비 항목 포함 여부) * ① 일반관리비: 공유수면매립공사 수행시 공사와 관련하여 직접적으로 지출된 인건비 등의 일반관리비는 공사원가에 당연히 포함되고, 인접 법인매립업자들의 공사원가에는 일반관리비가 포함되어 있음.
② 매립면허 수수료: 앞에서도 설명한 바와 같이 청구인이 지출한 매립면허 수수료는 청구인의 해양항만청 신고자료에 포함되어 있지 않음
③ 건설자금이자: 매립공사의 진행 중 공사대금의 지급을 위해서는 일정 수준의 차입금이 필요하며, 인접 법인매립업자들의 공사원가에는 건설자금이자가 포함되어 있음. 청구인 역시 공사기간 중 공사비용 지출 등으로 인하여 차입금을 보유하고 있었으며, 공사원가에 포함되어야 할 건설자금이자는 누락되어 있음 상기와 같이 일반관리비, 매립면허 수수료, 부가가치세, 건설자금이자 등의 누락 및 소규모사업자의 순공사비 미계상으로 인하여 쟁점공사원가내역서상 인접 법인매립업자들의 ㎡당 총공사비는 아래와 같이 청구인의 3.9～4.5배 수준으로 나타나고 있음에도 처분청이 쟁점공사원가내역서가 모든 공사비를 반영하였다고 봄은 부당하다. <해양항만청 신고자료상 ㎡ 총공사비 비교> (OO: OO) (라) 처분청은 청구인의 부지매립 공사도급계약이 1980년대인 반면에 인접 법인매립업자들의 공사도급계약은 1990년대로서 물가수준 등의 차이로 공사비가 차이가 날 수밖에 없다고 주장하면서, 대한건설협회의 1989년도 건설종합원가 계산자료는 OOO원/㎡, 1993년도 건설종합원가 계산자료는 OOO원/㎡으로 약 2.03배 차이가 발생한다는 자료를 제시하고 있으나, 동 자료는 일부 건설업체들이 자진신고 한 임의적인 공산건당 원가자료를 평균한 것에 불과한 것으로, 공사규모에 정비례하는 특성을 가진다는 점에서 연도별로 동일한 공사의 공사원가 수준을 추정할 지표로 사용할 수 없으며, 특히 이 건과 같은 매립공사는 뻘의 깊이, 매립할 토사석의 조달방식 등에 따라 공사원가에 큰 차이가 발생할 수밖에 없는데 이런 점을 고려하지 않고 건설종합원가 계산자료로 이 건 공사원가의 적정성을 판단함은 부당하다. (마) 처분청은 합리적으로 공사비를 비교하기 위해서는 1980년대에 공사면허를 획득한 타 법인들 중 OOO, OOO, OOO와의 공사비를 비교하여야 한다고 주장하나, 동 법인들은 모두 1986년 이전에 매립면허를 획득하였기 때문에 동 법인들이 해양항만청에 신고한 자료가 일반관리비, 건설자금이자 등 공사원가에 포함되어야 하는 모든 항목들을 정확하게 반영하고 있다고 볼 수 없으며, 실제로 처분청 제시 타 법인들의 공유수면매립공사 준공인가필증에는 청구인과 동일하게 총사업비만 기재되어 있을 뿐 정산 총사업비는 기재되어 있지 않으며, 해양항만청 등이 총사업비에 대한 검증을 할 유인도 없기 때문에 동 법인들의 자료에 근거하여 쟁점매립지의 취득원가의 적정성을 판단할 수는 없다. 또한, 공유수면매립공사비는 뻘 깊이, 최초 해안선으로부터 매립이후 부두까지의 거리 등에 따라 그 금액이 달라질 수 있는 바, 쟁점매립지와 바로 인접한 법인매립업자들의 공사비는 쟁점매립지 공사비를 유추함에 있어서 의미 있는 자료가 되나, 쟁점매립지와 떨어져 있는 처분청 제시 타법인 매립지 공사비를 쟁점매립지 공사비의 비교 자료로 활용하기 어렵다.
(4) 쟁점매립지의 취득가액은 취득당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 환산가액을 적용하는 것이 타당하다. (가) 청구인은 수산업을 영위하던 개인사업자로서 공유수면매립공사에 소요된 비용은 수산업의 필요경비에 포함되는 항목이 아니며, 1984년도 이전에 매립면허를 획득하였기 때문에 쟁점매립지의 공사비에 대한 정산절차도 필요치 않았고, 취득세․등록세 신고시에도 세금계산서를 수령한 공사비용만 신고하는 것이 세금납부 측면에서는 유리하여 굳이 실제 공사비를 정확하게 기장할 유인이 없었고, 또한 청구인은 수산업 및 선박매매활동에서 발생한 수익으로 소형 토목공사업자들에게 현금으로 공사비를 지급하면서 세금계산서 등의 증빙을 불가피하게 수령하지 못한 경우도 많았으며, 공사를 진행하면서 양도하려는 의도도 없었으므로 증빙의 보관 필요성에 대해서 미처 생각하지 못하였다. (나) 그나마 확보해 두었던 관련 자료 및 증빙들도 쟁점매립지가 준공된 2001년 이후에 더 이상 보유할 필요가 없다고 생각되어 폐기처리하거나 멸실한 것으로, 처분청의 과세자료 수집에 조세회피 등의 목적을 가지고 비협조한 것이 아니라 자료가 존재하지 아니하여 협조하지 못한 것이므로, 쟁점매립지는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․매매계약서․영수증 기타 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에 해당하여 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 환산취득가액으로 취득가액을 산정하는 것이 타당하다. (다) 처분청은 쟁점공사원가내역서의 불완전성을 인정하여 해양항만청 신고금액에 약 OOO원을 가산한 금액을 실지 취득가액으로 삼고 있는바, 실지취득가액으로 가산된 금액은 처분청이 쟁점공사원가내역서가 쟁점매립지의 총공사비에 해당하지 않는다는 사실을 자인하면서 추가적인 공사비용을 찾기 위한 과정 중에 발견한 것으로, 처분청이 마치 쟁점공사원가내역서가 쟁점매립지의 공사비를 모두 반영하고 있는 것처럼 보아 이 건 양도소득세를 과세함은 부당하다. [쟁점② 관련]
(1) 세무조사는 기본적으로 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 행하여져야 하고, 더욱이 동일한 세목 및 과세기간에 대한 재조사는 납세자의 영업의 자유 등 권익을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험마저 있으므로, 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있는 점, 재조사를 금지하는 입법 취지에는 납세자의 실질적인 권익보호뿐만 아니라 세무조사 기술의 선진화도 포함되어 있는 점 등을 종합하여 보면, 국세기본법제81조의4에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우로 엄격히 제한되어야 할 것이다.
(2) 처분청은 해양항만청 신고자료가 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당한다고 주장하고 있으나, 쟁점공사원가내역서는 청구인이 장부에 계상된 내역에 근거하여 쟁점매립지의 총공사비를 단순히 내역별로 구분하여 준공시점에 제출한 자료에 불과하고, 공사비에 대한 정산과정이 없었으므로 해양항만청 신고자료가 잘못되었을 개연성이 존재하며, 공사과정, 공사비 지출내역, 인접 법인매립업자의 공사비 등을 감안할 때, 쟁점공사원가내역서는 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당하지 아니한다.
(3) 더구나, 쟁점공사원가내역서와 처분청이 추가로 확보하였다는 취득세․등록세 신고 및 결정 자료는 1차 세무조사 당시에도 처분청이 아무런 제한없이 공식적으로 입수 가능한 것이고 청구인도 이를 방해한 적이 없는바, 이런 자료를 확보했다는 이유로 재조사를 마냥 허용한다면 과세관청의 세무조사 기술 선진화는 기대할 수 없을 뿐만 아니라, 과세관청의 자의적인 세무조사를 자유롭게 허용하는 것이므로 납세자의 권익보호라는 목적에서 제정된 국세기본법제81조의4의 재조사의 원칙적 금지 규정에 위배된다.
(1) 청구인은 쟁점토지가 포함된 쟁점매립지의 부지매립과 관련한 각종 공사도급계약서, 영수증, 대금지급자료 등을 직접 소지하고 있거나 손쉽게 구하여 실지거래가액을 증명할 수 있을 것으로 기대되고, 양도에 따른 증빙을 제시하고 실지거래가액을 신고하면서 취득과 관련된 증빙을 전혀 제시하지 아니하면서 실지거래가액을 기억도 하지 못하는 일은 이례적일 뿐만 아니라, 실지거래가액에 관한 아무런 증빙이 없다며 이를 제출하지 아니한 채 쟁점토지가 포함된 쟁점매립지를 유일한 목적물 내지 자산으로 하여 임대사업을 장기간 영위하면서 작성·비치한 장부(대차대조표)에 기재되어 있는 쟁점매립지 장부가액을 부인하고, 부지매립공사 준공인가시에 면허관청에 제출한 쟁점공사원가내역서가 부지매립 공사비의 일부만 반영하여 실지거래가액과 무관한 것이라고 주장함은 부당하다. (가) 청구인이 부지매립 공사용역의 제공 대가에 대한 부가가치세 거래징수를 위하여 면허관청에 제출한 부지매립 공사내역을 근거로 그 총공사비 상당액을 공급가액으로 하여 세금계산서를 교부한 사실, 그리고 지방세 관할구청에 쟁점매립지의 사실상 취득가격(총공사비)을 과세표준으로 하여 취·등록세를 신고하면서 제출한 연도별 공사내역 및 공사도급 등의 세금계산서 수수현황 등은 쟁점공사원가내역서에 기재되어 있는 부지매립 총공사비가 실제 총공사비를 모두 반영한 것으로 보기에 충분하다. (나) 그럼에도 불구하고 청구인이 과세자료의 수집에 전혀 협조를 하지 않는 상황에서 과세관청으로 하여금 각종 취득증빙 등의 자료를 직접 수집하여 쟁점공사원가내역서에 기재되어 있는 부지매립 총공사비, 취·등록세 과세표준으로 신고한 쟁점매립지의 사실상 취득가격, 종합소득세 신고시 제출한 쟁점매립지 장부가액 등이 실제 쟁점매립지의 취득가격과 일치한다는 점을 명백히 증명하도록 요구하는 것은 불가능에 가깝고, 청구인이 종합소득세, 취․등록세, 부가가치세 신고 당시 스스로 성실하게 작성하거나 실제 공사비를 반영한 것을 전제로 작성·제출한 바 있는 장부 또는 신고자료를 쉽사리 부인하도록 허용한다면 조세의 신고․납부체계의 근간을 뒤흔들게 되며, 더욱이 증빙서류의 보관기간 5년이 지난 이후 실지거래가액을 기준으로 한 양도차익의 산정이 불리하다고 판단되는 납세의무자로 하여금 보다 유리한 환산가액의 적용 여부를 취사선택할 수 있게끔 그 선택에 맡기는 결과가 되어 부당하다. (다) 그러므로, 반드시 취득과 관련된 직접적인 증빙서류에 의하지 않더라도 쟁점공사원가내역서 등에 기재되어 있는 총공사비를 실제 총공사비로 볼 수 있는 이 건의 경우 쟁점공사원가내역서 등이 실제 공사비를 반영한 것이 아니라고 주장하는 청구인이 어떤 부분의 공사내역과 그 금액이 누락되었는지를 밝혀야 함에도 청구인의 이 건 부지매립 ㎡당 공사비가 주변 법인매립업자의 ㎡당 공사비의 1/5 수준 밖에 되지 않는다는 이유로 막연히 쟁점공사원가내역서상 실제 공사비를 모두 반영하지 못하였다는 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.
(2) 쟁점공사원가내역서는 아래와 같이 쟁점매립지의 총공사비가 적정하게 계상되어 있으므로 실지취득가액으로 볼 수 있다. (가) 국세청 전산망에 의하면 복식기장의무자인 청구인이 소득세 신고시 제출한 재무제표에 쟁점매립지에 관한 내용이 1996년부터 확인되는바, 대차대조표상 유형자산의 금액이 매년 변동되고 토지증감이 변동사유가 발생할 때마다 적절히 반영되어 있다. (나) 청구인이 신고한 취득세 신고서는 부산광역시 서구청에서 실지취득원가에 대하여 지방세법에 따라 취득세를 결정한 서류로 그 내용을 보면, 1987년부터 2001년까지 쟁점매립공사 내역서로 모든 공사원가가 일목요연하게 연단위·공사내역별로 정리되어 있고, 증빙으로 각종 계약서, 세금계산서 기타 증빙 등이 첨부되어 있으며, 해양항만청 신고자료에는 단순히 부지매립 총공사비만 기재되어 있는 것이 아니라, 매립공사에 있어서 필요한 주요 공사내역과 내역별 공사금액이 청구인이 작성하여 구체적으로 빠짐없이 기재되어 제출되어 있으므로, 이에 부합하는 쟁점공사원가내역서 상 공사비를 실지취득가액으로 봄이 타당하다. (다) 국세청 전산망의 부가가치세 신고내역을 통해서 청구인이 부지매립공사 공사용역을 제공하고 그 대가로 쟁점매립지를 취득하면서 부가가치세법제13조 및 같은 법 시행령 제48조에 따라 부지매립 총공사비 상당액을 공급가액으로 국가(해양항만청)에 세금계산서를 교부한 내역을 확인되는바, 이들 자료 모두가 청구인이 직접 작성하여 관련기관에 실지 취득원가 결정, 제출한 자료 등이 있음에도 불구하고 청구인은 어떤 자료나 증빙 제출 없이 막연히 공사비 누락의 증거가 될 수 없다고 주장함은 부당하다. (라) 청구인은 1984.11.23. 공유수면 매립면허, 1985.12.24 공유수면매립공사 실시계획인가, 1986.12.31. 매립공사 착수신고서 제출을 하고 1987.4.1. ㈜OOO와 공사관련 OOO원에 계약을 체결하고 초기공사를 진행하다 ㈜OOO의 공기 지연 및 경비의 과다지출 등 자금사정 사유로 1988.6.27 공사 타절된 뒤 1988.10.8. OOO(주)와 공사 계약을 체결한 뒤(OOO원) 대부분의 공사를 진행 완료한 것으로 나타나므로, 청구인의 주장처럼 OOO(주)이 쟁점매립지 공사를 마무리한 것이 아니고 대부분의 공사를 이행한 업체임을 알 수 있다. (마) 청구인 주장처럼 1987년 후반에는 ㈜OOO가 매립과 관련 전체 공사를 도급맡아 공사진행을 하였으며, 공사진행 및 토사석 채취가 일반 개인이 맡아 할 수 있는 사업이 아닌 것으로 관련 건설법에 표기되어 있으므로, OOO(주)의 공사 이전에 소규모사업자들이 공사의 상당부분을 진행하였다는 청구인의 주장은 설득력이 없다. (바) 청구인의 매립공사는 1986.12.31. 매립면허공사 착수 후 1987부터 1990년 사이에 대부분의 공사가 완료된 것이고, 청구인이 제출한 비교대상 법인 OOO㈜은 매립면허가가 1991.6.10.로 공사기간은 1991.11.26.～2001.3.31.이고, OOO㈜는 매립면허가 1991.11.12. 공사기간은 1993.1.29.～1999.12.31로 공사가 1980년대와 1990년대를 단순 비교하는 것은 무리이며, 청구인이 매립할 당시 비슷한 공사를 한 업체를 비교해 보면, 공사원가가 아래와 같이 ㎡당 OOO원 내지 OOO원 사이로 나타난다. <청구인과 유사시기에 매립한 공사업체 비교> (OO: OO) 또한, OOO의 완성공사 통계자료 상 청구인 주장처럼 매립공사 진행당시로 비교해 보았을 때, 아래와 같이 순수건설 종합원가계산이 1.5～2.5배 증가된 것으로 확인되므로 실지 매립공사 원가에 부합한다. < OOO 산업지원본부 건설 종합원가 계산서> (OO: O) (사) 처분청의 조사시 청구인이 취득원가에 관한 증빙이 없다 하면서 전혀 협조를 하지 않는 상황에서 해양항만청의 쟁점공사원가내역서 상의 부지매립 총공사비, 청구인이 제출한 취득세․등록세 과세표준 신고서에 표기된 연도별·계정과목별로 취득원가 정리부, 도급계약서, 세금계산서, 각종 증빙, 종합소득세 신고시 제출한 쟁점매립지 장부가액 등을 근거로 쟁점토지의 취득가액을 산정하였음에도 불구하고, 아무런 증빙없이 비교대상이 안되는 주변 ㎡당 취득단가를 비교하며 환산취득가액이 정당하다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다. [쟁점② 관련]
(1) 국세청의 기획점검시 해양항만청 공유수면 매립공사 준공인가필증 및 첨부된 쟁점공사원가내역서에 구체적으로 공사내역 및 금액 등이 명시되어 있었고, 청구인이 쟁점매립지의 취득가액으로 신고한 환산취득가액 OOO원은 해양항만청에서 징취된 공유수면 매립공사 준공인가필증 및 첨부된 청구인이 작성 제출한 “OOO(구 OOO) 매립공사 내역서” 실지취득가액 OOO원보다 OOO원 과소신고한 것으로 나타나므로 청구인의 해양항만청 신고자료를 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 보아 재조사를 실시한 것이다.
(2) 1차 세무조사에서는 쟁점매립지 등의 매립공사의 공사내역과 그 공사금액이 구체적으로 빠짐없이 기재되어 있는 해양항만청 신고자료를 확보하지 못했으며, 그 밖에 원장·보조장·출납전표·결산서 등이 없는 상황에서 임대사업 대차대조표에 기재되어 있는 쟁점매립지의 장부가액이 당시 공시지가의 18%에 불과하고 구체적인 계정별 금액 및 증빙 없이 장부가액만을 근거로 표기된 금액만 가지고 쟁점토지의 취득가액을 실지거래가액으로 적용할 수 없었던 것이고, 2차 세무조사에서 청구인이 해양항만청에 계정별로 작성하여 제출한 공사내역서와 부산시 서구청에 취득세 신고시 제출한 연도별 공사내역과 각종 증빙에 의하여 쟁점토지의 취득가액을 실지거래가액으로 결정한 것이므로 2차 세무조사는 중복조사에 해당하지 아니한다.
① 청구법인이 해운항만청에 신고한 공사원가명세서 상의 총공사비를 취득당시의 실지거래가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
② 조사청의 2차 세무조사가 중복조사에 해당하는지 여부
2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 소요된 실지거래가액"이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이라 함은 제176조의2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제114조 제7항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가 (제164조 제8항의 규정 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가) (3) 국세기본법 제81조의4 (세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우
3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우
4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우
5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (4) 국세기본법 시행령 제63조의2 (중복조사의 금지) 법 제81조의4 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우
3. 법 제81조의5 및 제81조의12에 따른 부과처분을 위한 실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우 (5) 지방세법 제111조 (과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
(6) 공유수면매립법(1986.12.31. 법률 제3901호로 개정되기 전의 것) 제14조 (매립지의 소유권취득) ① 매립의 면허를 받은 자는 제12조의 규정에 의한 준공의 인가를 받은 날에 그 매립지의 소유권을 취득한다. 다만, 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 예외로 한다.
(7) 공유수면매립법(1986.12.31. 법률 제3901호로 개정된 것) 제14조(매립지의 소유권취득) ① 매립의 면허를 받은 자는 제12조의 규정에 의한 준공의 인가를 받은 날에 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 매립지 중 준공인가신청시에 본인이 원하는 위치의 매립지로서 그 매립에 소요되는 사업비(순공사비·조사비·보상비 기타 당해 매립에 관한 공사에 소요된 비용을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)에 상당하는 매립지의 소유권을 취득한다.
(1) 먼저, 쟁점매립지의 시점별 공사내역을 본다. (가) 1976년 7월 청구인은 쟁점매립지의 뒷편에 위치한 부산광역시 OOO(토석채취 장소)을 취득하였으며, 1978.11.15. 해양항만청에 매립면허 신청을 하였다. (나) 이후 1984.11.29. 해양항만청으로부터 공유수면 매립면허를 받았고, 1985.12.24. 공유수면 매립공사 실시계획 인가(지령 제31호)를 받았다. (다) 청구인은 1986.12.31. 쟁점매립지 매립공사 착수신고서를 제출(접수 738호)하였고, 1987.3.25. 매립공사를 ㈜OOO와 도급금액 OOO원에 계약하였으며, 1988.6.26. 공사타절 합의를 하였는바, 공사타절준공금은 OOO원으로 나타난다. (라) 1987.8.22. 청구인 명의로 쟁점매립지와 연접한 부산광역시 OOO의 9,334.9㎡에 대하여 토석 8만3천㎥ 채취허가(부산광역시 OOO원)를 받았다 (마) 청구인은 1988년 9월 매립공사와 관련하여 OOO종합건설㈜와 도급금액 OOO원으로 계약하였고, 1988.12.6. OOO종합건설(주) 명의로 부산광역시 OOO의 6641㎡에 대하여 토석 6만㎥ 채취허가(부산광역시 OOO, 채석공사비 OOO원)를 받아 공사를 진행한 후 2001.8.29. 공유수면 매립공사 준공인가(인가번호 2001-6호)를 받아 쟁점매립지를 취득하였다.
(2) 처분청의 과세심리자료에서 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인이 시행한 공유수면매립공사 후 취득한 매립지 면적은 아래와 같이 나타난다. <청구인의 공유수면매립공사 취득면적> (나) 처분청은 2011.4.18.부터 2011.5.7.까지 이루어진 1차 세무조사에서 쟁점매립지의 총공사비를 알 수 없다 하여 쟁점토지의 취득가액을 청구인이 신고한 OOO원으로 보아 조사를 종결하였으나, 국세청장의 기획점검에 따라 OOO지방국세청장이 2012.3.28.부터2012.5.21.까지 실시한 2차 세무조사에서 쟁점공사원가내역서 상의 총공사비 OOO원, 청구인이 부산광역시 서구청에 제출한 취득세 및 등록세 신고자료에서 나타나는 취득가액 OOO원, 청구인의 장부(대차대조표)상 취득가액 OOO원 등을 비교한 후 쟁점매립지의 실제 취득가액을 OOO원(= 원가내역서상 총공사비 OOO원 + 추가보상비용 OOO원 + 추가토지구입비 OOO원)으로 보고, 쟁점토지의 취득가액을 OOO원(OOO원×쟁점토지면적 41,701㎡ / 쟁점매립지면적 61,738㎡)으로 계상하여 이 건 양도소득세를 과세하였다. (다) 청구인이 해운항만청에 제출한 쟁점공사원가내역서상 쟁점매립지의 총공사비은 OOO원으로, 그 내역은 아래와 같다. <쟁점공사원가명세서상 총공사비 내역> (OO: O) (라) 청구인이 도급업체로부터 매립공사용역을 제공받고 수취한 세금계산서 내역은 아래와 같다. <청구인의 세금계산서 수취내역> (마) 청구인은 쟁점토지 등이 포함된 쟁점매립지를 임대하였는바, 국세청에 신고한 부동산임대 사업장 신고내역 중 대차대조표에 기재되어 있는 쟁점매립지 장부가액은 아래와 같으며, 이 건 부지매립공사 준공인가시인 2001년에는 그 장부가액이 OOO원이었고, 2003년에 청구인의 차남 강OOO에게 쟁점매립지의 일부증여(1,020㎡)시 감액되었으며, 2009년에는 쟁점매립지 중 쟁점토지(41,701㎡)의 양도에 따라 토지 장부가액을 감액하였다. <청구인의 소득세 신고 및 쟁점매립지 기장내용> (OO: OO) (바) 청구인은 2001.8.29. 공유수면 매립공사 준공인가시에 이 건 매립공사용역을 국가에 제공하고 그 대가로 쟁점매립지의 소유권을 취득함에 따라 이 건 부지매립 총공사비를 과세표준(공급가액)으로 하여 국가에 세금계산서를 교부하였으며, 그 금액은 다음과 같이 청구인의 해양항만청 신고자료에 기재되어 있는 부지매립 총공사비와 거의 같은 것으로 조사되었다. (사) 처분청은 2차 세무조사 과정에서 조사시에 청구인에게 공유수면 매립과 관련한 공사비 및 기타 추가비용 유무 확인을 위해 2012.4.13.자 및 2012.5.1.자에 추가비용 여부 등에 대한 공문을 발송하였으나, 별도의 추가비용에 대한 서류 및 증빙을 제출하지는 아니하였으며, 부산광역시 OOO 외 청구인 사업장(OOO)을 출장방문하여 일부 관련된 서류를 검토하려 하였으나, 경리실무자 조정애로부터 청구인의 이 건 부지매립공사와 관련한 일체의 서류가 존재하지 않는다는 확인서만을 징취하였다. (아) 처분청은 해양항만청 면허신청시부터 누적된 서류내용을 확인하는 과정에서 쟁점공사원가내역서에 누락되어 있는 1980.4.22. 및 1987.9.30. 지급된 어민 등 보상비용 OOO원, 2000.6.20. 청구인의 손자 강병권이 청구인에게 증여한 토지 취득비용 OOO원을 취득가액에 추가하여 쟁점매립지 및 쟁점토지의 취득가액을 산정하였다.
(3) 청구인은 아래와 같이 인접 매립지의 공사 사업비와 비교하여 볼 때, 처분의 쟁점매립지 취득가액은 현저하게 과소하게 계상되어 의 실지거래가액으로 볼 수 없다고 주장한다. <쟁점매립지와 연접한 매립지의 공사내역>
(4) 청구인은 해양항만청의 쟁점공사원가내역서 상 총공사비 OOO원에는 OOO종합건설(주)가 공사하기 전 소규모 개인사업자 등이 한 공사비가 누락되어 있다며 1988.1.21. 부산일보 기사를 제출하였는바, 동 기사내용을 보면, 청구인은 실제매립공사를 (주)OOO에 맡겼고 (주)OOO는 이 공사를 다시 OOO(대표 박OOO)에게 하청하여 공사를 벌여오고 있으며, 하루 트럭 50여대분을 쏟아 부어 바다오염이 심각하나, 관계당국은 공사개시 8개월이 지나도록 조치를 취하지 않고 있다고 되어 있다.
(5) 청구인은 이외에도 1984년 매립면허 취득시 지급한 면허세와 면허수수료, 1985년 2월 OOO와 실시계획인가 서류(해양환경조사서 포함)작성 계약을 체결하고 지급한 OOO원 등이 쟁점매립지의 취득가액에 누락되어 있다고 주장하며 관련 계약서 등을 제출하였다.
(6) 쟁점①에 관하여 살펴보면, 원칙적으로 실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 입증하여야 하고, 이를 입증하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수밖에 없다고 할 것이나, 쟁점공사원가내역서와 청구인의 소득세 신고시 제출한 결산서, 취득․등록세 신고자료에 의하여 상당한 정도로 쟁점공사원가내역서 상 취득가액을 실지취득가액으로 볼 수 있는 경우에는 청구인이 쟁점공사원가내역서상 취득가액이 실지취득가액이 아니라는 사실을 입증하여야 하는 것으로 봄이 국세기본법제16조의 근거과세의 원칙에 부합한다 할 것인바, 쟁점매립지 공사과정에서 청구인은 공사초기에 (주)OOO가 시공하다가 타절되어 공사타절준공금 OOO원을 지급하였고, 후에 OOO종합건설(주)가 OOO원에 도급받아 준공한 것으로 나타나며, 채석 공사비 OOO원을 합하면 OOO원으로 계상되어 처분청의 취득가액과 유사한 것으로 나타나는 반면, 청구인은 공사의 상당부분을 소규모 업체가 진행하였다고만 주장할 뿐 이에 관한 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 청구인의 쟁점매립지 임대사업 장부(대차대조표)에 계상한 토지가액, 쟁점공사원가내역서상 총공사비, 쟁점매립지 취득에 따른 취득세, 등록세 신고자료 금액이 유사한 수준으로 조사된 점, 청구인이 제시하는 연접한 매립지의 공사비도 매립면허를 받은 시기와 공사시기에 차이가 있어 직접적인 비교대상으로 삼기 어려운 점, 청구인의 주장처럼 1986년 공유수면매립법개정 이후 소요된 총 공사비에 상당하는 매립지 면적을 취득하게 되었다하여 그 이전에 면허를 받은 쟁점매립지의 경우 해양항만청에 신고된 쟁점공사원가명세서 상의 공사비가 실제 소요된 공사비가 아니라고 단정하기 어려운 점, 청구인이 제시한 신문기사나 실시계획인가 서류작성 계약서 등이 쟁점공사내역서 상의 공사비 외에 별도의 공사비가 발생한 사실을 입증한다고 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 쟁점토지의 실거래가액이 불분명한 경우로 보아 환산가액을 취득가액으로 삼아야 한다는 청구인의 주장을 받아들이기는 어려우며, 처분청이 쟁점공사원가내역서 상의 총 공사비와 추가 소요비용 등을 확인하여 쟁점토지의 취득가액을 산정하고 이를 실거래가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(7) 다음으로 쟁점②에 관하여 본다. (가) 국세기본법제81조의3 제2항에서 같은 세목 및 같은 과세기간에 대해 원칙적으로 재조사를 금지하고 있으면서, 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 예외적으로 재조사를 실시할 수 있도록 규정하고 있고, ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료'라 함은 조세탈루금액을 확정할 수 있는 증빙서류 일체가 있어 동 서류만으로 바로 과세를 할 수 있는 경우뿐만 아니라 제보자료 또는 기타 자료에 의한 탈루 혐의내용이 상당히 구체적이어서 세무조사를 실시하면 탈루사실이 확인될 가능성이 높은 자료도 이에 포함되는 것으로 보아야 할 것이다. (나) 처분청은 1차 세무조사후 국세청장이 기획점검을 통하여 청구인이 공유수면매립 매립공사의 면허관청인 해양항만청에 제출한 쟁점공사원가내역서를 확보하였는바, 쟁점공사원가내역서는 그 탈루혐의 내용이 상당히 구체적이어서 세무조사를 실시하면 탈루사실이 확인될 가능성이 높은 자료로 볼 수 있고, 처분청이 이를 처리하기 위해 실시한 2차 세무조사를 두고 과세관청이 세무조사권을 남용하였다거나 중복조사에 해당한다고 보기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.