신축주택 취득 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상이 아님

심판청구를 기각한다

• 가. 청 구인은 1995.2.7. 취득하였던 OOOOO OOO OOO O OOOOOOO O -OOOO(이하 “종전주택”이라 한다) 가 재건축됨에 따라 2004.9.30. 준공(취득)된 OOOOOOOO OOO -OOOO O (이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2009.12.1. 양도한 후 양도소득 OOO원에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법” 이라 한다) 제99조의3에 따라 양도소득세가 감면되는 것으로 양도소득세 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 조특법 제99조의3에 의하여 양도소득세가 감면되는 소득은 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득으로 보고 이를 같은 법 시행령 제40조 제1항에 의하여 OOO원으로 계산하여 2012.5.7. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2004.9.30. 준공된 후 5년 이내에 양도된 쟁점주택에 대한 양도소득세는 전액 비과세 및 감면되어야 하는바, 처분청이 적용한 조특법 시행령 제40조 제1항은 5년 이후에 양도된 경우에 적용하는 것이어서 5년 이내에 양도된 이 건의 경우에는 적용할 수 없는 것이므로 소득세법 시행령제166조에 의하여 금액을 계산하여야 하는데, 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득은 조특법 제99조의3에 의하여, 그 이전 발생한 소득은 환지에 대하여 양도로 보지 아니하도록 규정한소득세법제88조 제2항에 따라 과세되지 아니하므로 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있으므로 감면대상은 신축주택을 취득하여 5년이내에 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액 등 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 할 수 없는 것이고, 그 감면소득금액의 계산은 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하도록 하고 있으므로 청구인의 감면신청을 일부 부인하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택취득기간 중 취득한 주택의 양도에 따른 양도소득금액 중 양도소득세 감면대상 소득이 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득인 것으로 보고 이를 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의해 계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택 분양계약서․등기부등본, 청구인의 양도소득세 신고서, 처분청의 신축주택감면 검토조서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1995.2.7. OOO원에 취득한 종전주택을 추가부담금 OOO원을 납부하고 재건축하였으며, 쟁점주택이 2004.9.30. 사용승인되자 2009.12.1. 이를 OOO원에 양도하였는데, 쟁점주택의 양도에 따라 OOO원의 양도소득이 발생하였다. (나) 청구인은 위 양도소득에 대한 양도소득세(12,027,243원)가 조특법 제99조의3에 의하여 감면되는 것으로 하여 양도소득세 0원을 신고하였다. (다) 이에 대하여 처분청은 아래 산식과 같이 쟁점주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(OOO원)에서 쟁점주택 취득당시의 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을 분자로, 쟁점주택 양도당시의 기준시가(OOO원)에서 종전주택 취득당시의 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 OOO원으로 산출하였다.

(2) 살피건대, 처분청은 청구인의 쟁점주택 양도에 따른 양도소득 중 쟁점주택 취득일로부터 5년 간 발생한 양도소득을 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 계산하고 나머지 소득에 대하여 양도소득세를 과세하였고 이는 다음과 같은 이유로 타당하므로 청구주장을 받아들일 수 없다고 할 것이다. (가) 조특법 제99조의3 제1항 제2호는주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있는 바, 명문상 청구인이 감면대상이라고 주장하는 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 동 규정의 과세특례대상에 해당하지 아니하다고 할 것이다. (나) 한편, 위 조특법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득[그 계산내역은 (1)-(다)에서 제시한 바와 같다]을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것임에도, 소득세법 시행령제166조에 의하여 조특법 제99조의3에 의하여 소득금액을 계산하고 이를 조특법 제99조의3 등에 의하여 전액 감면 또는 비과세하여야 한다는 청구주장은 법령에 반하는 주장이므로 받아들일 수 없다. <감면대상 소득금액 계산식> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다