신주인수권의 계약 성립 여부 및 가액 등에 대한 소송이 진행되고 있다는 이유만으로 과세가 부당하다는 주장은 받아들이기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 코스닥 상장법인인 주식회사 OOO라 한다)이 사옥신축자금 조달을 위하여 2008.7.9. 발행한 분리형 신주인수권부사채(권면금액 200억원)를 주식회사OOO이라 한다)이 전부 인수하였고, OOO(이하 “청구인들”이라 한다)은 OOO으로부터 2008.7.9. 신주인수권부사채에서 분리된 신주인수권증권 OOO만원에 취득하였으며, 아래 [표]와 같이 청구인들 중 OOO 소유 신주인수권 70만주는 무신고) 각각 주소지 관할세무서장에서 2009년 귀속 양도소득세를 확정 신고·납부하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 2011.9.30.∼ 2011.12.31. 우리기술에 대한 주식 변동조사를 실시한 결과,OOO진술내용, 차용금증서 등에 의하여 청구인들이 소유한 신주인수권 중 OOO만주(이하 “쟁점신주인수권”이라 한다)는 2009.7.9. OOO만주이며 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 수령하고 양도한 것으로, 나머지 OOO만원을 수령하고 양도한 것으로 조사하여 처분청에 통지하였고, 이에 처분청은 2012.5.16. 청구인들에게 [별첨]과 같이 2009년 귀속 양도소득세 및 증권거래세를 경정·고지하였다.
• 다. 청구인들은 이에 불복하여 2012.7.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인들은 2008.7.9. OOO이 발행한 쟁점신주인수권을 OOO원에 양도한 것으로 2010년 5월 양도소득세 확정 신고를 하였으나, 신고 당시 청구인들은 실제 인수자인 OOO와 쟁점신주인수권 양도·양수와 관련된 소송을 하고 있었으므로 쟁점신주인수권 양도에 따른 양도가액을 임의로 신고할 수 밖에 없는 상황이었으며, 쟁점신주인수권의 실제 양수자 OOO의 대표이사 OOO의 주식을 횡령한 혐의가 인정되어 OOO, 2011.8.12.)에서 징역 4년을 선고받았고, 이후 항소심과 대법원(OOO, 2012.6.28.)에서 형이 확정되었으며, 또한, OOO에서 신주인수권 양수·도와 관련하여 사기혐의로 조사를 받고 있고, 청구인들 중 OOO에게 신주인수권 매매대금 청구의 소를 제기(2010.7.21.)하여 OOO에서 같은 건으로 민사재판을 받고 있으며, 쟁점신주인수권 양수·도 대금은 청구인들에게 양수·도 대금으로 지급한 것이 아니라 OOO에게 대여한 것이라는 취지의 주장을 하고 있다. 청구인들은 2009.7.9. 및 2009.7.29. 쟁점신주인수권 OOO에게 넘겨주었고, 그 대가를 받기로 기대하고 있었는데, 최근 OOO지방검찰청과 OOO에서 신주인수권 양수·도 계약을 하기로 한 적도 없고, 양도대가를 지급한 적도 없다고 주장하고 있어 계약의 성립 자체를 다투고 있는 상황인 바, OOO는 “신주인수권 양수·도 계약 자체가 무효 내지는 없었고, 계약에 의한 양수·도 대금 지급여부는 신주인수권 양도인들의 일방적인 주장이고, 신주인수권 양도대금 OOO은 2009.7.9. 작성한 금전소비대차 연대보증서에 의하여OOO에게 대여해 준 것이다”라는 취지의 진술을 하고 있는 상황이며, 쟁점신주인수권이 신주로 전환되어 명의개서가 이미 이루어졌고, 양도소득세 신고의무가 성립된 것은 사실이지만, 청구일 현재까지 실제 양도계약의 진위를 따지는 민사재판이 진행 중이고, 본 건 관련 OOO지방검찰청에서 사실관계를 다투는 형사사건이 진행 중인 바, 그 결론이 날 때까지 양도소득세 및 증권거래세를 경정한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제98조 및 동법 시행령 제162조에서는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하도록 규정하고, 그 대금의 청산한 날이 분명하지 않은 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등록․등기접수일 또는 명의개서일로 하도록 규정하고 있는바, 이 건의 경우, 청구인들이 2009.7.9. OOO와 맺은 “신주인수권 양수․도 계약서”에 의하면, 매매계약일 당일에 쟁점신주인수권을 양수인 측에 인도한다고 명시되어 있고, 2009.7.9. 계약서를 작성한 날 및 2009.8.19.에 청구인들로부터 쟁점신주인수권을 매입한 양수인들의 명의로 쟁점신주인수권의 권리가 행사되어 쟁점신주인수권이 신주와 교환된 후, 명의개서되어 OOO에 예탁된 사실이 있으며, 청구인들이 OOO로부터 2009.7.9. 및 2009.8.19. 각각 지급받은 금액 OOO만원은 신주인수권 양도대가로 수령한 금액이라고 OOO에서 사실관계로 인정하고 있고, OOO 대표이사인 OOO도 세무조사 시 위 금액은 청구인들이 신주인수권 양도대가로 받은 것이고, 청구인들과 금전대차형식을 거쳐 청구인들로부터 빌려 신주인수권 행사 시 주금납입자금으로 활용하였다고 진술서에 진술한 점 등을 종합하여 볼 때, 이미 쟁점신주인수권에 대한 대가가 지급된 것으로 보아야 하며, 쟁점신주인수권은 주식으로 전환되어 명의개서까지 종결되었으므로, 처분청이 청구인들의 쟁점신주인수권에 대한 양도가액의 과소신고분에 대하여 양도소득세 및 증권거래세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인들이 OOO에게 양도한 쟁점신주인수권은 매매계약의 성립 진위에 대하여 당사자 간에 다투는 상황이므로 소송이 확정될 때 까지 과세를 유보하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 다. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO지방국세청장의 주식변동조사 종결보고서(2011.1.17.) 등에 의하면, 그 내용은 아래와 같다. (가) OOO(코스닥 상장법인, 제조업/원자력 제어계측기)은 서울특별시OOO단지 내 OOO 사옥의 건축자금 등에 충당하기 위하여 아래와 같이 2008.7.9. ‘제6회 무기명식 이권부 무보증 분리형 사모 신주인수권부사채(권면총액OOO억원, 이자 연 7%)’를 발행하였고, OOO은행은 그 신주인수권부사채 전부를 같은 일자에 인수하였다. (나) 2008.7.8. OOO 경영진과 한신저축은행이 합의한 내용에 따라, 청구인들을 포함한 OOO 임직원들은 한신저축은행으로부터 동 사채에서 분리된 신주인수권(행사가능 총주식수 2,800만주) 전부를 2008.7.9. 및 2008.10.9. OOO원)에 취득하였다. 2008.7.9. 신주인수권부사채의 발행 및 OOO 임직원들의 신주인수권의 취득거래는 OOO 대표이사OOO이 주관하여 진행하였고, 신주인수권 양수자인 청구인들은 OOO의 임직원들로서 OOO 등의 권유에 의해 신주인수권을 취득한 것으로 확인되었다. (다) OOO 발행 보통주 2,800만주를 인수할 수 있는 권리가 부여된 신주인수권을 청구인들 중 OOO만주를 취득한 것으로 조사되었다. (라) 2009.7.9. 청구인들이 제3자(OOO 외부 투자자)인OOO 등에게 양도한 신주인수권 중 1,008만주의 양도·양수 거래 행위는 매도자와 매수자들이 각각 개별적으로 거래한 것이 아니라, 매도자인 청구인들 측 대리인으로 OOO 대표 OOO 등 측 대리인으로는 OOO가 주도하여 신주인수권 양수․도 거래가 일괄적으로 이루어진 것으로 조사되었다. (마) 2009.7.9. OOO와 청구인들간 작성한 신주인수권 양수·도 계약서 제2조(양수․도대금)에는 1차 양수․도 대상인 청구인들이 소유한 쟁점신주인수권OOO를 양수인 OOO에게 1주당 1,000원으로 계산한 거래대가 총OOO0만원에 양도·양수하기로 약정(대금은 2009.10.30.한으로 지급)되어 있고, 2차 양수·도 대상으로 OOO)를 양수인 OOO에게 1주당 1,000원으로 계산한 거래대가 총 91억원에 양도·양수하기로 약정(대금은 2009.12.30. 한으로 지급)되어 있다. 또한, 신주인수권 양수·도 계약서 제3조(신주인수권의 인도)에는 “위 양수·도 대상 신주인수권 868만주는 본건 계약 당일(2009.7.9.)에 양수인 측에 인도하며, 이 날로부터 소유권이 이전된 것으로 한다.” 라고 기재되어 있다.

(2) 2011.8.12. OOO중앙지방법원 제21형사부 판결문[2010고합1743, 특정경제범죄가중처벌등에 관한 법률위반(횡령), 피고인 OOO]에 의하면, 사실관계 주요 내용은 아래와 같다. (가) 판결문 5쪽 (나)에 의하면, (1) OOO을 대리하여 2009.7.9. 피고인(OOO)에게 신주인수권 868만주를 양도하였다. (2) 868만주를 양수한 피고인(OOO)는 피고인 측 명의OOO)로 2009.7.9. OOO에 행사가액OOO만원(868만주×주당행사가액 500원)을 납부하고, 이 사건 양도인들(청구인들)에OOO만원을 지급하였다. (3) 동 46억2,000만원은 2009.7.9. 피해자(OOO만원=924만주×주당행사가액 500원)으로 납부되었다.라고 기재되어 있다. (나) 판결문 6쪽 (다)에 의하면, (1) 피고인(OOO)은OOO보유 신주인수권 140만주를 양수하여 2009.8.19. 피고인측OOO 명의로 OOO에 행사가액 OOO억원(=140만주×주당행사가액 500원)을 납부하고, OOO만원을 지급하였다. (2) 위 OOO만원은 같은 날 앞서 본 바와 같이 전환되지 않은 피해자(OOO원)으로 납부되었다.라고 기재되어 있다.

(3) 2011.12.27. 작성된 OOO의 진술서 및 차용금 증서(2009.7.9.)에 의하면, 청구인들의 쟁점신주인수권을 포함한 1,008만주를 양수한 OOO(매수자 측 거래 주선자)는 양도인인 청구인들에게 OOO이 소유한 신주인수권 952만주 신주인수권 행사에 따른 주금납입자금으로 사용된 것으로 나타난다.

(4) 청구인들로부터 신주인수권을 양수한 OOO 측 매수인 노병수 등은 자신들의 명의로 2009.7.9. 및 2009.8.19.에 신주인수권을 행사하여 OOO 발행 신주 1,008만주를 취득한 것으로 조사되었으며, 2009년 7월 OOO가 서명․날인한 주식보관증에 의하면, OOO 측 양수인들(OOO)이 신주인수권의 행사로 OOO 발행 신주 868만주를 취득하여 보관한 것으로 되어 있고, OOO지방국세청장이 OOO결제원에서 사본으로 받은 주식 명의개서 내용에 의하면, 동 신주는 2009.8.27. 부터 2010.2.3. 사이에 OOO 측 양수인들의 명의로 개서되어 OOO결제원에 예탁된 것으로 확인된다.

(5) 청구인들 중 OOO은 2010.7.21. OOO를 상대로 OOO지방법원에 신주인수권 매매대금을 지급하라는 청구소송을 제기하고 있고,OOO지방검찰청에 사기 혐의로 고소하여 소송이 진행되고 있으므로 양도소득세 및 증권거래세 부과는 부당하다고 주장하고 있으나 추가적인 증빙은 제시하지 아니하고 있다.

(6) 위 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면, 청구인들은 쟁점신주인수권의 매매계약 및 양도대금에 대하여 소송이 진행되고 있으므로 과세는 부당하다고 주장하나, 소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기) 제1항은 자산의 양도차익을 계산함에 있어 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있는바, 청구인들은 2009.7.9. OOO와 쟁점신주인수권 양수·도 계약서를 작성한 것으로 나타나는 점, 청구인들이 쟁점신주인수권을 2009.7.9. OOO에게 양도하고 양도대금으로 쟁점금액을 수령한 사실이 서울중앙지방법원 판결문(2010고합1743, 2011.8.12.) 사실관계에서 나타나고 있는 점, 쟁점금액은 청구인들이OOO에게 금전대여형식을 거쳐 2009.7.9. OOO이 소유한 신주인수권 행사에 따른 주금납입자금으로 사용된 것으로 차용금증서OOO의 진술서 등에서 확인되는 점, OOO의 주식보관증(2009.7.)에 의하면, OOO 측 양수인들이 신주인수권 행사로 OOO 발행 신주 868만주를 취득하여 보관한 것으로 되어 있는 점, 동 신주는 2009.8.27. 부터 2010.2.3. 사이에 OOO 측 양수인들의 명의로 개서되어 한국예탁결제원에 예탁된 것으로 나타나는 점 등으로 보아 청구인들이 2009.7.9. 쟁점신주인수권을 양도하고 쟁점금액을 지급받은 것으로 보이므로 청구인들과 OOO 간에 쟁점신주인수권의 매매계약 성립 여부 및 매매가액 등에 대한 소송이 진행되고 있다는 이유만으로 과세가 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점신주인수권의 양도대금을 과소신고한 것으로 보아 청구인들에게 양도소득세 및 증권거래세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.