해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이 과세특례대상임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1970.6.11. 서울특별시 OOO 소재 주택 및 대지 83㎡ (이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인해 서울 특별시OOO호 84.88㎡ 및 대지권 37.99㎡(이하 “신축 주택” 이라 한다)를 1999.7.26. 사용승인받아 보유하다가 2006.7.13. 양도하고, 2006.8.31. 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득금액 중 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득은 감면대상이 아니라고 보아 2012.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 양도소득세 과세결정을 하면서 국세청 재산세과-227(2009.1.20.) 예규를 적용하여 감면소득금액을 “{양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 양도당시의 기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가)}”의 산식으로 계산하였는바, 조세특례제한법 시행령 제99조 제1항 에서 감면 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 되어 있고 동 규정에는 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가) - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 되어 있어 2009년까지 분모 및 분자의 취득당시 기준시가를 모두 신축주택 취득 당시 기준시가로 해석하여 왔음에도 불구하고, 기존의 과세관행과 다른 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 근거로 2006년 7월 양도 건에 적용한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다.
• 나. 처분청 의견 재산세과-227(2009.1.20.), 부동산거래관리과-708(2010.5.18.), 부동산거래관리과-127(2011.2.10.)에 의거 감면소득금액 계산 산식 중 분모의 취득 당시 기준시가를 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 소득금액에 대해 감면을 배제하고 부과처분한 결정은 적법하다.

• 가. 쟁 점 신축주택 취득전 양도소득에 대한 세액감면을 배제한 처분이 소급과세 금지의 원칙에 위배되는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 양도소득세 신고서, 종전주택 소유권보존등기신청서, 신축주택 공급계약서, 신축주택 양도계약서, 부동산등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1970.6.11. 종전주택을 취득하였고, 재건축으로 인해 종전주택 멸실 후 1999.7.26. 임시사용검사승인을 얻어 신축주택을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 경과한 2006.7.13. 신축주택을 양도한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 2006.8.31. 신축주택 양도에 따른 양도소득세를 자진신고하면서 신축주택 취득전 양도소득을 감면대상 소득에 포함하여 양도소득세 OOO원을 감면신청한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 신축주택 취득전 양도소득을 양도소득세 감면대상 소득에서 부인하여 감면세액을 계산하고, 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 이 건 경정․고지하였음이 양도소득세 결정결의서 등에 의하여 나타난다. (4) 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다. 한편, 국세기본법 제18조 제3항 에서는 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다.

(5) 살피건대, 청구인은 신축주택을 양도하면 조세특례제한법 제99조의3 에 따라 양도소득 전체가 감면대상이 된다는 과세관청의 답변을 믿고 양도소득세 감면신청을 하였으므로, 처분청이 변경된 해석을 근거로 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하고 주장하고 있으나, 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 의하면, 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려운 점(조심2012서3441, 2012.10.30. 참고) 등으로 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.