종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1993.12.6. 취득한 OOO A동 403호(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축(사업시행인가일 2000.7.1, 사용승인일 2003.12.23)됨으로써 취득한 OOO 103동 1003호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 2006.10.31.OOO원에 양도하고, 조세특례제한법 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 OOO원, 감면세액 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우, 종전주택의 취득일부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 조세특례제한법제99조의3 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아, 청구인이 감면신고한 OOO원 중 OOO원만 감면세액으로 하여 2002.4.12. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인이 2006.12.20. 양도한 쟁점신축주택은 재건축으로 완성된 주택을 양도한 것이므로 재건축 입주권을 양도한 경우의 양도차익산정 규정인 소득세법 시행령제166조 제1항을 적용할 수 없고, 2007.2.28.자로 개정 신설된 소득세법 시행령제166조 제2항의 규정도 적용대상이 아니므로 처분청의 과세처분은 거래사실과 상이한 법령을 적용하였는바, 멸실되어 양도당시 사라진 종전주택의 기준시가는 양도당시에 사라진 매몰된 자산의 기준시가에 해당하므로 양도가액에 대응되는 필요경비에 해당하지 않고, 조세특례제한법 제99조의3 감면배제소득금액을 계산하면서 관련 예규(부동산거래-127, 재산-227)를 근거로 하였으나, 해당 예규는 2007.2.28.자 소득세법 시행령 제166조 제2항 에 대한 법령해석에 근거한 유권해석이므로 본건의 경우 2006년 양도자산으로 소득세법 시행령 제166조 제2항 을 적용받는 것이 아니라 일반건축물 양도차익계산방법에 의한 양도소득금액을 계산한 후 감면소득을 계산하여야 한다.

(2) 신축주택을 취득한 이후 5년 이내 양도하는 경우 양도소득세를 100% 감면한다는 법령해석을 일관되게 하여 오다 2009.1.20.(재산-227)에 이르러 “종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다.”는 해석을 함으로써 종전 해석을 변경하여 국세청 법령해석을 신뢰하여 온 대다수의 납세자에 대한 신뢰이익을 상실케 함은 물론 ‘소급과세금지원칙’에도 위배되고, 청구인은 당시 국세청 법령해석을 존중하여 양도소득세 신고의무를 이행하였고 청구인에 귀책사유가 없으므로 본건에 대한 납부불성실가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 시행령 제166조 제1항 은 재건축주택입주권을 양도하는 경우 실거래가액에 의하여 양도차익을 계산하는 방법을 규정하였고, 제5항은 재건축주택을 양도하는 경우 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 방법을 각각 규정하고 있을 뿐 재건축주택을 양도할 때 실지거래가액에 의한 양도차익을 산정할 수 있는 방법은 규정하고 있지 않다고 할 것이고, 조세법령에 관련 규정이 없는 경우에는 그 법령의 취지에 비추어 객관적이고 합리적인 방법을 택하여 과세하여야 하며, 재건축 주택입주권과 재건축으로 신규 취득한 주택은 양도시점의 차이에 따라 양도가액만 다를 뿐 양도차익 산정시 필요한 취득가액, 청산금액, 필요경비 등이 동일하므로 재건축주택의 양도차익을 실거래가액에 의하여 산정할 때에는 실지거래가액에 의한 재건축주택입주권 양도차익 산정방법을 준용하는 것은 합리적인 방법에 해당하고, 소득세법 시행령 제166조 제3항 (양도당시는 제2항)에 근거 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우 적용하는 산식에 따라 계산한 가액을 취득가액으로 계상하였고, 재건축주택의 양도차익을 실거래가액에 의하여 산정할 때에는 실지거래가액에 의한 재건축주택입주권 양도차익 산정방법을 준용하여 적용하므로 일반건축물 양도차익계산방법에 의해 양도소득금액을 계산하여야 한다는 주장은 이유 없고, 청산금을 납부한 신축주택의 경우에는 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것(부동산거래관리과-127, 2011.2.10)이다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고, 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 명시하고 있고, 종전 국세청 예규에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 답변하고 있지는 않으므로 종전 해석을 변경하였다고 할 수 없으며, 청구인이 주장하는 소급과세금지원칙은 조세법령의 시행 이전에 종결된 사실에 소급하여 이를 조세부과의 요건으로 삼지 못한다는 것을 의미하는 것으로, 계속된 사실이나 그 이후에 발생한 과세 요건 사실에 대한 새로운 법령 적용까지를 제한하는 것은 아니므로 소득세법 제114조 에는 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 즉시 다시 경정하도록 하는 규정에 따라 처분청이 청구인의 양도소득세 감면 적정 여부를 재검토하여 청구인에게 부과제척기간내에 양도소득세를 경정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 신축하여 5년 이내에 양도한 주택에 대하여 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 에 따라 안분계산 하는 것이 부당하다는 청구주장의 당부

(2) 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면소득 계산시 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 처분이 신의성실의 원칙 및 소금과세 금지의 원칙에 위배하고, 납부불성실가산세를 적용하여 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단 (1) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 에서 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

(2) 쟁점①에 대하여 본다. 청구인은 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 5년 이내에 이를 양도한 경우 전체 양도소득금액에 대하여 감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면을 적용함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것으로, 조세특례제한법 시행령 제40조 에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘쟁점신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이라 할 것(조심 2011서1349, 2011.6.30. 같은 뜻)이므로, 처분청의 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면은 주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택의 취득이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면해 주는 것으로 해석하는 것이 타당해 보이므로, 종전주택 취득일로부터 양도소득금액 전액에 대하여 감면하지 않았다 하여 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙을 위배하였다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단(대법원 2007두9884, 2007.10.26. 같은 뜻임)되고, 납부불성실가산세 부과처분이 부당하다는 청구인의 주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.