과세특례대상 양도소득금액은 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”임

심판청구를 기각한다

• 가. 청구인은 1983.11.8. 취득하였던 OOO(이하 “종전주택”)가 재건축됨에 따라 2001.10.17. 취득(사용승인)한 OOO(이하 “쟁점주택”)를 2007.9.13. 양도한 후 양도소득 OOO원 중 OOO원이 조특법 제99조의3에 따라 양도소득세가 감면되는 것으로 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 양도소득세가 감면되는 소득은 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득으로 보고 이를 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하여 OOO원으로 계산하여 2012.6.14. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.25. 이의신청을 거쳐 2012.8.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3에서 신축주택 취득 후 5년 이내에 양도하는 경우 양도소득세 100%를 감면하도록 명문화하고 있으며 조세법의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것임에도, 처분청이 감면대상 양도소득금액을 산출하기 위하여 적용한 같은 법 시행령 제40조 제1항은 당초 구조조정대상 부동산을 취득한 자에게 세제지원을 하기 위하여 제정된 것임에도 이 건에 적용하였고, 그에 따라 소득금액을 계산함에 있어서도 산식 분자와 분모 중 취득 당시의 기준시가를 임의로 해석․적용하여 당초 조특법 제99조의3의 입법취지를 심히 훼손하였으며, 청구인이 쟁점주택 양도 후 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어서 당시의 해석에 따라서 적법하게 신고하였고 이에 대하여 과세당국에서도 동 조항이 제정된 이래 양도소득세 감면신고 내용에 대해 어떠한 문제도 제기하지 아니하다가 10년이 경과한 시점에 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득은 감면대상이 아니라고 주장하는 것은 과세당국보다 더 높은 주의의무를 이행하라고 요구하는 것이어서 납득할 수 없다고 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축․재개발 포함)의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하도록 규정하고 있어서 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일) 전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으며, 감면소득금액을 조특법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}에 따라 계산함에 있어서 위 법률의 취지상 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 구주택의 취득당시 기준시가를 적용하여야 하며, 종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세금지원칙이나 신의칙에 위배된다고 볼 수도 없으므로 청구인의 감면신청을 일부 부인하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택취득기간 중 취득한 주택의 양도에 따른 양도소득금액 중 양도소득세 감면대상 소득이 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득인 것으로 보고 이를 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의해 계산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택 등기부동본, 쟁점주택 분양계약서․건축물대장․등기부등본․매매계약서, 청구인의 양도소득세 신고서, 처분청의 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토조서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1983.11.8. OOO원에 취득한 종전주택을 추가부담금 OOO원을 납부하고 재건축하였으며, 쟁점주택이 2001.10.17. 사용승인되자 2007.9.13. 이를 OOO원에 양도하였는데, 쟁점주택의 양도에 따라 총 OOO원의 양도소득이 발생하였다. (나) 청구인은 위 양도소득 중 OOO원에 대하여 조특법 제99조의3에 의하여 양도소득세가 감면되는 것으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고하였다. (다) 이에 대하여 처분청은 아래 산식과 같이 쟁점주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(OOO원)에서 쟁점주택 취득당시의 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을 분자로, 쟁점주택 양도당시의 기준시가(OOO원)에서 종전주택 취득당시의 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 OOO원으로 산출하였다.

(2) 살피건대, 처분청은 청구인의 쟁점주택 양도에 따른 양도소득 중 쟁점주택 취득일로부터 5년 간 발생한 양도소득을 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 계산하고 나머지 소득에 대하여 양도소득세를 과세하였고 이는 다음과 같은 이유로 타당하므로 청구주장을 받아들일 수 없다고 할 것이다. (가) 조특법 제99조의3 제1항 제2호는주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간 중 사용승인을 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있는 바, 명문상 청구인이 감면대상이라고 주장하는 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 동 규정의 과세특례대상에 해당하지 아니하다고 할 것이다. (나) 한편, 위 조특법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있는데, 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득[그 계산내역은 (1)-(다)에서 제시한 바와 같다]을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것이다. <감면대상 소득금액 계산식> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (다) 아울러, 청구인은 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 등에도 반하는 처분이라고 주장하는바,국세기본법제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으며, 이와 관련하여 과세관청의 종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 등을 위배하였다고 볼 수도 없다(조심 2012서121, 2012.2.23. 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.