종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 OOO 대지 330㎡(청구인은 이중 1/2 지분을 소유)에 1999.2.20. 주택(연면적 231.71㎡의 지하1층 지상2층의 단독주택으로서 청구인은 이중 1/3 지분을 소유하였으며, 청구인 소유 토지와 주택을 합하여 “쟁점주택”이라 한다)을 신축한 후 2006.5.25. 이를 양도하고 관련 양도소득 OOO원 중 OOO원이조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조에 따라 양도소득세가 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 양도소득세가 감면되는 소득은 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득이고, 이를 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하여 OOO원으로 계산하여 2012.5.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조 제1항에서 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있고, 감면되는 양도소득금액은 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의하여 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의하여 계산하도록 규정하고 있으며, 과세관청에서는 위 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식 중 분모 및 분자의 취득당시의 기준시가를 신축주택 취득당시의 기준시가를 의미하는 취지로 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등) 하다가 이후 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택 혹은 토지 취득당시의 기준시가로 해석(법규-4862, 2008.11.20. 등)하여 이 건 과세를 하였는바,

(1) 새로운 예규 시행 전에 양도하고 양도소득세 과세표준을 신고한 이 건의 경우에는 종전의 예규에 의하여 감면되는 양도소득금액을 계산하여야 하고,

(2) 설령 새로운 예규가 소급적용되는 경우라고 하더라도 새로운 예규이전 종전 예규에 따라 자진신고납부하였으므로 가산세까지 부과한 것은 부당하므로 이는 취소하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조특법 제99조 법문에 신축주택의 취득일로부터 5년 이내 양도한 양도소득금액만을 감면하도록 규정되어 있어서 신축주택 취득자에 대한 양도소득세를 감면함에 있어서 명문상 구주택 또는 나대지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우며, 종전 국세청 예규가 특례대상금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확하게 답변하지 않아 이 건 소급과세에 해당되지도 아니하므로 과세처분은 정당하다.

(2) 납부불성실가산세는 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 “납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율”로 계산하는 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세이므로 청구인이 과소납부한 이상 이를 부과함은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 신축주택취득기간 중 취득한 주택의 양도에 따른 양도소득금액 중 양도소득세 감면대상 소득이 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득인 것으로 보아 과세한 처분의 당부

② 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유의 존부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택 등기부등본․건축물대장, 청구인이 제출한 양도소득세 신고서 및 세액감면신청서, 처분청이 제출한 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1993.2.25. OOO원에 취득한 쟁점주택용 토지에 1999.2.20.(사용승인일) OOO원에 주택을 신축한 후 2006.5.25. 이를 OOO원에 양도하였는데, 쟁점주택의 양도에 따라 OOO원의 양도소득이 발생하였다. (나) 청구인은 조특법 시행령 제40조 제1항에 의하여 감면대상 소득금액을 OOO원으로 계산하였는데, 감면소득 금액은 위 시행령 산식 중 취득당시 기준시가를 모두 쟁점주택 취득당시 기준시가인 것으로 하여 산출한 것이다. (다) 이에 대하여 처분청은 청구인이 신고한 기준시가의 오류 등을 수정․재계산하여 쟁점주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 쟁점주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로, 쟁점주택 양도당시의 기준시가에서 쟁점주택용 토지 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 OOO원으로 산출하여 이 건 양도소득세 과세를 하였고, 과세시 납부불성실가산세 OOO원을 부과하였다.

(2) 살피건대, 청구인은 쟁점주택용 토지 취득시부터 쟁점주택 취득전까지 발생한 양도소득금액을 포함한 양도소득금액이 양도소득세 감면대상인 것으로 계산하여 신고를 한 것이고, 처분청은 이 중 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득만을 양도소득세 감면대상인 것으로 보아 과세를 한 것인바, (가) 조특법 제99조 제1항은 거주자가 1998.5.22.～1999.6.30. 기간 중 사용승인된 신축주택을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전액 감면하고, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제99조 제1항 및 제40조 제1항은 위 법에서 규정한 신축주택 취득후 5년간 발생한 양도소득금액을 아래의 산식에 의하여 계산하도록 규정하고 있다. <감면대상 소득금액 계산식> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (나) 조특법 제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 쟁점주택 취득전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이며, 이러한 명문의 규정내용상 위 조특법 제99조의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 취득당시 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모의 취득당시 기준시가는 쟁점주택 중 토지의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 참조). (다) 청구인은 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 등에도 반하는 처분이라고 주장하는바,국세기본법제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으며, 이와 관련하여 과세관청의 종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)이 쟁점주택 취득이전에 발생한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 등을 위배하였다고 볼 수도 없다(조심 2012서121, 2012.2.23. 참조). (라) 아울러, 청구인은 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다는 주장인바,

1. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다고 할 것이며(대법원 2007.4.26.선고 2005두10545 판결 참조), 납부불성실가산세는 세법상 의무를 준수하도록 하는 의미도 있으나, 법정납부기한과 납부일과의 기간에 대한 이자의 성질로 정상적으로 납부한 자와의 형평성을 유지하기 위한 성격도 있는바(조심 2012서1827, 2012.6.28. 같은 뜻임),

2. 위 (나), (다)에서 본바와 같이 조특법 제99조의 명문상 쟁점주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액은 동 규정의 과세특례대상에 해당하지 아니하며, 과세관청이 신축주택 취득이전 발생한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하였을 뿐아니라 처분청에서도 신고불성실가산세를 부과하지 아니하였으므로, 청구인에게 미납세액에 대한 납부불성실가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다고 판단된다(조심 2012광3450, 2012.9.28. 참조). (마) 따라서, 처분청이 쟁점주택의 취득일로부터 5년간 발생한 소득에 대해서만 조특법 제99조에 의하여 양도소득세가 감면되는 것으로 보아 과세한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.