다른 업체에게 재위탁한 연구개발용역비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 연구개발비는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상임

OOO세무서장이 2012.5.7. 청구법인에게 한 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. OOOOOO보험주식회사(이하 “OOO보험”이라 한다)는 OOO 12-1에 본점을 두었던 법인으로, 자동차보험 및 해상보험업을 주업으로 영위하다가 2009.12.31. 청구법인에 흡수․합병되었다.
• 나. OOO보험은 합병이전인 2007.4.1.～2008.3.31.사업연도(이하 “2008사업연도”라 한다)에 ‘인터넷영업센터 전산시스템 재구축’(이하 “쟁점연구용역”이라 한다)을 위하여, 총 OOO원에 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)에게 위탁하였고, OOO은 응용프로그램 개발비용 OOO원(이하 “쟁점연구개발비”라 한다)을 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 주식회사 OOO소프트웨어(이하 “OOO소프트웨어”라 한다)에게 재위탁하였다.
• 다. 청구법인은 쟁점연구개발비가 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비로서 세액공제대상에 해당된다는 취지로 2008사업연도 법인세를 경정청구하였고, 처분청은 2009.11.18. 경정청구에 따른 세액 OOO원 및 환급가산금 OOO원, 합계 OOO원을 환급․결정하였다.
• 라. OOO지방국세청장은 OOO보험이 세액공제대상으로 신고한 연구․인력개발비 중 위탁받은 수탁업체가 제3자에게 재위탁한 부분에 해당하는 금액은 조세특례제한법 제10조 의 공제대상에 해당하지 않는다고 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2012.5.7. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2011.7.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점연구개발비는 청구법인이 OOO에게 위탁을 하고, OOO은 OOO와 OOO소프트웨어에게 해당 용역의 일부를 재위탁한 용역으로, 위탁법인 및 재위탁법인 모두 연구개발 전담부서를 보유하고 있으므로 조세특례제한법 제10조 의 연구개발비 세액공제 적용대상에 해당하고, 이때 연구개발 전담부서의 직접적인 용역제공 여부는 세액공제 결정에 전제가 되지 않는 것이며, 또한 해당 용역의 경우 청구법인은 해당 용역에 총 지출된 비용 OOO원 중 하드웨어 및 소프트웨어 구입비용을 제외한 응용프로그램 개발용역인 OOO원만을 공제대상으로 하였고, 쟁점연구개발비는 단순 프로그램의 업그레이드 및 설치용역이 아니라 청구법인만을 위한 개발용역이므로 해당 세액공제를 부인하여 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령 〔별표6〕1호 나목의 규정을 보면, 위탁연구개발의 경우 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁하는 연구개발비가 세액공제 대상이라고 명백히 규정하고 있고, 이는 전담부서에서 수행하여 발생한 연구개발비에 한하여 세액공제를 적용하는 것으로 전담부서가 아닌 부서에서 용역을 수행하면서 발생한 비용에 대하여는 연구개발비 세액공제를 적용할 수 없는 것으로 보아야 하는 것인바, 위탁법인 및 재위탁법인의 연구 전담부서에서 수행하며 발생한 비용이 아닌 쟁점연구개발비는 조세특례제한법 제10조 의 연구개발비 세액공제대상 비용에 해당하지 아니하고, 연구 및 인력개발비 세액공제는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 창의적 연구개발활동에 소요된 비용에 대해 적용하는 것으로, 수탁기업 전담부서의 연구개발 결과 개발된 범용소프트웨어 패키지 등을 비전담부서에서 프로젝트 수행시 활용하여 프로그램 설치, 단순 시스템 변경(커스터미아징), 시스템 업그레이드 및 테스트 등을 하는 것은 창의적 연구개발활동이 아니므로 세액공제 대상으로 볼 수 없으며, 쟁점연구개발비와 관련하여 OOO보험과 수탁법인인 OOO이 작성한 ‘서비스 제공을 위한 OOO 작업명세서’를 보면 프로젝트 작업범위는 CTI시스템 구축 및 TM개발로 되어 있고, 이 중 CTI시스템 구축의 작업항목으로는 버전 업그레이드 및 Outbound 시스템 설치로 기재되어 있는바, 이는 단순한 시스템 업그레이드 및 프로그램 설치용역으로 보이며, TM개발은 재위탁 법인인 OOO가 자체 개발한 패키지 프로그램인 OOO를 이용하는 것으로 되어 있으며, 쟁점연구개발비와 관련한 2007.5.1.자 전자신문 기사를 보면 “OOO가 OOO 텔레마케팅센터에 콜센터 상담원용 애플리케이션을 공급한다. 이번에 공급하는 솔루션은 OOO가 자체 개발한 OOO’패키지 제품으로 상담원 이직․경력․품직․지식관리 등 효율적인 업무처리 및 고객 대응과 과학적인 평가를 가능하게 해준다. OOO는 OOO 텔레마케팅센터 구축 사업자인 OOO을 통해 텔레웹 솔루션을 공급할 예정이다.”고 되어 있으며, 설령, 전담부서를 보유한 법인에게 재위탁한 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상비용으로 보아야 할지라도, 쟁점연구개발비는 전산시스템 개발을 위한 위탁비용이 아닌 범용소프트웨어 구입에 따른 설치 및 테스트비용 및 프로그램 업그레이드 비용 등으로 보는 것이 타당하므로 세액공제대상 비용으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점 쟁점연구개발비가 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 (2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액(법인세법 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

• 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액
• 다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다. 〔별표6〕연구․인력개발비세액공제를 적용하는 비용(제9조 제2항 관련)

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉲ 국내외기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 재일화재해상보험은 2006～2008사업연도의 법인세를 신고기한 이내에 신고․납부한 후, 2006～2008사업연도의 법인세 신고시 누락한 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비 세액공제 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 경정청구세액 중 OOO원만을 환급․결정하였으나, 청구법인은 경정청구세액 중 일부 거부된 처분에 대하여는 불복을 제기하지 아니하였다.

(2) OOO지방국세청장은 OOO보험이 세액공제대상으로 신고한 연구 및 인력개발비 중 위탁받은 수탁업체가 제3자에게 재위탁한 부분에 상당하는 금액은 조세특례제한법 제10조 의 공제대상에 해당하지 아니하는 것이라는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 쟁점연구용역비를 공제대상에서 배제하여 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였는바, 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 다수의 전산시스템 구축 및 컨텐츠 개발을 위하여 2007～2009사업연도에 관련 비용을 지출하였고, 쟁점연구용역비의 내역은 아래의 〈표1〉과 같다. (나) OOO지방국세청장이 쟁점연구개발비에 대하여 이를 수탁받은 업체인 OOOOO에게 재위탁한 내역을 확인한 바, OOOOO은 수탁받은 전산시스템 재구축용역 OOO원을 OOO와 OOO소프트웨어에게 재위탁하였다고 답변하였다.

(3) 청구법인은 쟁점연구개발용역을 재위탁받은 법인이 연구개발 전담부서를 보유하고 있어, 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비 세액공제대상이라고 주장하면서, 재위탁받은 업체의 전담부서 보유자료, 인터넷영업본부 전산시스템 재구축 품의, e-biz 시스템 재구축에 따른 대금지급 품의, 제일화재 인터넷 영업센터 구축 견적서, 서비스 제공을 위한 OOO 작업명세서 등의 입증자료를 제시하였다. (가) OOO으로부터 재위탁받은 OOO와 OOO소프트웨어는 아래의 〈표2〉와 같이 전담부서를 보유하고 있는 것으로 나타난다. (나) 인터넷영업본부 전산시스템 재구축 품의서는 청구법인의 2007.3.28.자 내부문서로 쟁점연구용역의 총 소요예산은 OOO원(부가세 별도)으로, 쟁응용프로그램 개발비로 OOO원, DB서버․스토리지 및 시스템 S/W비로 OOO원으로 되어 있으며, 전체 개발일정은 2007.4.1.～2007.9.30.(6개월)로 되어 있다. (다) e-biz 시스템 재구축에 따른 대금지급 품의서는 2007.5.9.자 청구법인의 문서로 쟁점연구용역에 따라 연구용역자인 OOO에게 OOO원〔부가세 별도, 선급금(2007년 5월) OOO원, 중도금(2007년 7월) OOO원, 잔금(2007년 11월) OOO원〕을 지급하기 위한 문서이다. (라) OOO보험 인터넷영업센터구축견적서는 OOO이 2007.3.30. 청구법인에게 제출한 견적서로 연구용역의 가액은 부가가치세를 포함하여 총 OOO원이고, 쟁점연구개발비는 OOO원(부가세 별도)으로 비용의 구성은 TeleWeb Package로 OOO원, CTMP로 OOO원, X-internet틀 OOO원, IBM H/W 및 S/W로 OOO원으로 구성되어 있다. (마) 서비스 제공을 위한 OOO 작업명세서는 OOO보험과 OOO이 2007.3.29. 계약한 문서로, ‘서비스 제공을 위한 OOO 작업명세서와 해당 OOO 기본계약서 및 작업명세서의 부록은 양 당사자 간의 거래에 대하여 모든 것을 규정하며, 양당사자 간에 있었던 이전의 어떠한 구두 혹은 서면의 의사 교환을 대신한다’고 되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점연구개발비가 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 OOO이 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁하여 전담부서가 아닌 부서에서 용역을 수행한 것이고, 전산시스템 개발을 위한 위탁비용이 아닌 범용소프트웨어 구입 및 프로그램 업그레이드 비용으로 연구개발비 세액공제 대상이 아니라는 의견이나, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령 별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 국세청도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고, 기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조), 동일 건에 대하여 감사원의 2003년 OOO지방국세청에 대한 감사(2001사업연도 OOO은행 연구인력개발비 세액공제 관련 환급 경정청구)시도 과세되지 않았고, 감사원의 2011년 조세정책 및 법규실태 특정감사(2011.5.30-6.27.)시 문제 제기된 것에 대하여 2012.4.12. 감사위원회의에서 불문의결 되었다는 통지를 한 점(재정경제감사국 제4과-945) 등을 감안할 때, OOO이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발용역비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 쟁점연구개발비는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의, 같은 뜻임)에 해당되고, 청구법인이 제시한 인터넷영업본부 전산시스템 재구축 품의서를 보면 인터넷영업본부 전산시스템 재구축에 총 OOO원(부가가치세 별도)이 소요되고, 응용프로그램개발에 OOO원의 쟁점연구개발비가 책정되었음이 나타나며, 청구법인(OOO보험)과 OOO이 2007.3.29. 계약한 서비스 제공을 위한 OOO 작업명세서, e-biz 시스템 재구축에 따른 대금지급 품의서, 제일화재 인터넷 영업센터 구축 견적서 등의 자료를 볼 때, 쟁점연구개발비는 응용프로그램 개발에 해당하는 비용이고, DB서버 및 Storage 등 하드웨어와 시스템 소프트웨어의 구입 등의 비용은 쟁점연구개발비에 포함되어 있지 아니하는 것으로 나타남에도 불구하고, 쟁점연구개발비를 조세특례제한법 제10조 의 연구개발비 세액공제 적용대상이 아닌 것으로 보아 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.