조세특례제한법제99의3의 특례 대상 양도소득금액은 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”임

심판청구를 기각한다

• 가. 청구인은 재개발을 통하여 2002.9.6. OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 취득한 후 2006.4.7. 쟁점아파트를 양도하면서 조세특례제한법제99의3의 규정을 적용하여 신축주택 취득일로부터 5년이내 양도한 것에 대하여 양도소득금액 전액 감면대상을 적용하여 2006.5.26. 2006년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 지역주택조합에 가입하여 지역주택조합이 1999.9.3. 나대지인 OOO 토지(쟁점아파트 부속토지 상당분에 대한 토지를 이하 “종전토지”라 한다)를 취득한 후 아파트를 신축하여 청구인이 2002.9.6. 쟁점아파트를 취득(사용승인 받음)한 것을 확인하고 총 양도차익 OOO 중 건물분 양도차익 OOO원에 대하여는 신축주택 취득일로부터 5년 이내 양도한 것으로 보아 전액을 감면대상소득으로 보았으나, 토지분 양도차익 OOO원 중 쟁점아파트 신축전(1999.9.3.~2002.9.5.)의 종전토지 양도차익 OOO원에 대하여는 감면을 배제하고 2012.4.24. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 소득을 의미하는 것이 아니라 신축주택을 양도함으로써 발생한 양도소득전체를 의미하므로, 청구인이 지역주택조합원으로서 나대지를 먼저 취득하였다 하더라도 동 나대지에 대한 양도차익은 신축주택을 5년 이내에 양도함으로 발생하는 양도소득 전체에 포함되므로 종전토지 취득일부터 쟁점아파트 양도일까지 발생한 전체 양도차익에 대하여 양도소득세를 감면하여야 하므로 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점아파트 신축일부터 양도일(2006.4.7.)까지 발생된 양도차익에 대하여는 조세특례제한법제99조의3의 규정에 따라 양도소득세를 감면적용이 가능하나, 청구인이 지역주택조합에 가입하여 지역주택조합에서 나대지를 취득한 1999.9.3.부터 쟁점아파트 신축일인 2002.9.5.까 지의 종전토지의 양도차익은 신축주택전의 양도차익으로 감면대상이 아니므로 감면을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3의 규정에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례의 범위
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도 소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축 주택이 소득세법 제89조 1항 제3호 에 따라 양도소득세의 비과세 대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간" 이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택 으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다..

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 】① 법 제99조의3 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법제3조에 따라 택지개발지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시 지역을 말한다.

② 법 제99조의 3 제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각 호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원 에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매 계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분 계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업 시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약 (매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 사유에 해당 하는 사실이 있는 주택"이란 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택 분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 조합원"이란 도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의 3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점아파트를 양도하고 조세특례제한법제99조의3규정에 따라 취득일로부터 5년이내 양도함으로써 발생하는 소득으로 양도소득금액 전부를 양도소득세 감면신고한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

(2) 처분청은 청구인이 위와 같이 신고한 감면소득금액중 종전토지의 취득일부터 쟁점아파트 신축전까지의 종전토지 양도소득금액에 대해서는 감면을 부인하고 과세한 사실이 심리자료에 의해 확인된다.

(3) 이에 대하여 청구인은 종전토지의 양도차익도 신축주택을 5년이내에 양도함으로써 발행하는 양도소득에 포함되므로 종전토지의 양도차익을 감면배제하는 것은 부당하다는 주장이다. (4) 살피건대, 조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다 (조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 종전토지의 취득일부터 쟁점아파트 신축전까지의 종전토지 양도차익에 대하여 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.