매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인불가통지는 하나의 처분으로 이에 대하여 90일 이내에 불복을 제기하지 아니하였던바, 부적법한 청구에 해당함
매입자발행세금계산서 발행을 위한 거래사실 확인불가통지는 하나의 처분으로 이에 대하여 90일 이내에 불복을 제기하지 아니하였던바, 부적법한 청구에 해당함
OOO세무서장이 2011.10.7. 청구법인에게 한 거래사실 확인불가 통지에 대한 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인과 OOO간의 계약서와 입금내역을 확인해 보더라도 거래사실 확인신청서 상의 거래시기(2011년 2/4분기)에 청구법인이 해당장소를 점유하고 있었고, OOO과의 임대차 계약을 성실히 이행하기 위하여 2011.7.20., 2/4분기 해당 임차료인 쟁점임대료를 OOO 계좌로 입금하였는바, 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 있었던 청구법인과 OOO 간의 거래사실은 충분히 입증될 수 있었으며, 청구법인은 매입자발행세금계산서를 통해서 OOO원에 대한 매입세액 공제를 받을 수 있는 기회가 있었으나, 6개월에 걸친 합법적인 대응 절차를 진행했음에도 불구하고, 처분청의 거래사실 확인불가 결정으로 인해, 청구법인은 매입자발행세금계산서를 발급할 수 있는 마지막 시기를 놓치게 되었다. 만약, 청구법인이 당시에 매입자발행세금계산서를 발급할 수 있었다면, 매입세액을 공제받는 부분에 있어서 아무런 문제가 없었고, 최초 매입자발행세금계산서 발급 시도부터 경정청구까지가 별도로 분리하여 생각할 수 없는 하나의 일련의 과정이므로, 전자에 대한 판단이 선행되어야 한다. 비록 90일이 지나서 심판청구의 직접 대상이 될 수 없지만, 상기에 진술한 정황을 미루어 봤을 때, 처분청이 당사에게 내린 거래사실 확인 불가에 대한 부당성을 검토해야 하며, 더불어 청구법인의 매입자발행세금계산서 발급이 정당한다면 납세자의 피해구제를 위한 조세심판청구의 취지를 광의로 해석하여, 본 청구법인의 이번 심판청구는 받아들여야 한다. (2) 청구법인은 OOO에 입점해 있는 임차인으로 OOO과의 임대차계약서 제5조 임대료는 “을”이 “목적물”에서 영업을 통해 발생시킨 회계상의 부가가치세를 제외한 수수료 매출이 포함된 순매출액의 2.0%로 한다와 추가합의서 제5조 “을”은 매 분기의 익월(4월, 7월, 10월, 1월) 20일에 “갑”에게 분할 지급한다는 내용에 따라 매분기 익월 20일에 분기 순매출액의 2.0%(VAT 별도)를 점포 임차료로 지급해오던 도중, OOO이 청구법인 인근에 OOO 하월곡점 출점계획 (2012.5.28. 개업)에 따른 매출감소를 이유로 임차료 인상을 요구하였으며(2010년 11월), 해당 요구사항이 관철되지 않자, 2011년 2/4분기 임대료에 대한 세금계산서 교부를 일방적으로 거부하였다. 이에 청구법인은 매입자발행세금계산서 제도를 통해 거래증빙을 갖추기 위해 노력하였으나, 처분청에서는 “거래사실 확인불가” 통지를 하였고, 이후 당사의 지속적인 소명활동 중 2011년 12월말, OOO측이 일방적으로 세금계산서를 발급하였다. 세금계산서를 발행한다는 것은 청구법인과의 거래사실을 인정한다는 것이고, OOO은 매출세금계산서 지연발급에 대한 수정신고를 통해 가산세를 납부하는 선에서 상황이 종료되었지만, 청구법인의 경정청구는 과세기간이 지난 세금계산서라는 이유로 거부 처분을 당하였다. 세무당국이 매출세금계산서에 대한 수정신고를 받아들인 것은 그와 연관된 매입세금계산서에 대해서도 매입세액에 대해 적법한 절차에 따라 인정되어야 한다. 매출세금계산서 발행은 인정하면서, 매입세금계산서에 대한 경정청구에 대해서 거부처분을 내리는 것은 형평성의 논리에 어긋난다고 보여지므로, 청구법인의 경정청구에 대한 거부처분은 이를 취소하여야 한다.
① 매입자발행세금계산서와 관련하여 처분청이 청구법인에게 한 거래사실 확인불가 통지가 본안심리 대상인지 여부
② 쟁점세금계산서상의 공급가액을 2011년 제1기 부가가치세 매출세액에서 공제를 할 수 있는지 여부
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2011.7.25. 쟁점임대료 상당액에 대한 매입자발행세금계산서의 발행을 위하여 처분청에 거래사실 확인서를 제출하였다. (나) 이에 처분청은 청구법인에게 OOO이 청구법인과 임대차관계에 다툼이 있어 쟁점임대료를 공탁한 사실 등에 대하여는 사법적 판단이 필요한 관계로 제출된 증빙서류만으로 거래금액의 적정성 등 거래관련 사실이 객관적으로 확인이 불가하므로 조세특례제한법제121조의4 제8항의 규정에 의하여 거래사실 확인이 불가하다는 내용의 통지를 2011.10.7. 하였다. (다) 처분청은 청구법인이 2011.10.24. 제출한 이의신청에 대하여 재조사결정을 하였으나, 재조사 결과 처분청은 다시 2011.12.22. 거래사실 확인이 불가하다는 통지를 하였으며, 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.3. 심판청구를 제기하였다. (라) 국세기본법제61조 제2항 및 제68조 제1항에서는 이의신청을 거친 후 심판청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다고 규정하고, 같은 법 제81조 및 제65조 제1항 제1호에서는 심판청구가 청구기간이 경과한 후에 있었던 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있다. (마) 살피건대, 청구법인은 처분청의 재조사 결과에 따라 2011.12.22. 거래사실 확인이 불가하다는 통지를 받았는바, 이로부터 90일 이내인 2011.3.11.까지 심판청구를 제기하였어야 함에도 청구기간이 경과한 2012.8.3.에야 심판청구를 제기하였으므로 매입자발행세금계산서 관련 거래사실 확인불가 통지에 대한 심판청구는 부적법한 청구에 해당된다고 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) OOO은 2011.12.27. 청구법인에게 쟁점임대료 상당액에 대하여 작성일자를 2011.6.30.로 하여 쟁점세금계산서를 발행하였고, 청구법인은 2012.3.29. 쟁점세금계산서 공급가액을 2011년 제1기 부가가치세 매출세액에서 공제하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2012.5.23. 쟁점세금계산서가 공급시기 이후에 발행된 세금계산서로 매입세액 불공제 대상으로 보아 거부처분하였다. (나) 청구법인이 제시한 증빙은 다음과 같다. 1) 청구법인이 제출한 분할계획서의 주요 내용은 아래 <표1>과 같다. <표1>분할계획서의 주요 내용
(1) 상법 제530조의2 내지 제530조의11의 규정이 정하는 바에 따라 분할되는 회사의 주주가 분할신주 배정기준일 현재 지분율에 비례하여 분할신설회사의 주식을 배정받는 인적분할의 방법으로 분할하되, 아래와 같이 분할되는 회사가 영위하는 사업중 대형마트 사업부문(이하 “분할대상부문”이라고 함)을 분할하여 분할신설회사를 설립하고, 분할존속회사는 존속하여 백화점 사업부문을 영위하게 됨(중략)
(4) 분할되는 회사에 속한 일체의 적극․소극재산과 공법상의 권리․의무를 포함한 기타의 권리․의무 및 재산적 가치가 있는 사실관계(인허가, 근로관계, 계약관계, 소송 등을 모두 포함)는 분할대상부분에 관한 것이며 신설회사에게, 분할대상부문 이외의 부분에 관한 것이면 분할되는 회사에게 각각 귀속되는 것을 원칙으로 한다(이하 생략)
2. 청구법인의 사업장에 대한 임대차계약서의 주요내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 임대차계약서 주요내용 주식회사 OOO상사(임대인, 현 OOO, 이하 “갑”이라 한다)와 주식회사 OOO(임차인, 이하 “을”이라 한다)는 다음과 같이 임대차계약을 체결한다. 제1조(목적) 본 계약은 갑이 소유하고 있는 아래의 제2조(이하 “임대차목적물”이라 한다)의 부동산을 을에게 임대하여 을이 임대차 목적물을 판매시설OOO 및 부속시설로 운영하는데 목적이 있다. (중략) 제3조(임대차 기간) 갑과 을의 목적물에 대한 임대차 기간은 기존 갑과 을이 1987.12.8.에 기 체결한 임대차계약(1987.12.28., 이하 “기존계약서”라 한다)상의 임대차 기간의 만료일(2008.8.31.)의 다음 날로부터 10년간(2008.9.1.～2018.8.31.)으로 한다. 단, 목적물에 대한 을의 OOO로의 영업개시일이 2008.8.31. 이전일 경우에는 임대차 기간은 영업개시일로부터 10년간으로 한다. 제4조(임대보증금) (1) 임대보증금 총액은 일금 OOO으로 한다
(2) 상기 임대보증금 총액은 갑과 을이 기 체결한 기존계약서 및 1996.4.10.자 수정계약서(이하 “기존 수정계약서”라 한다)에 따라 을이 갑에게 기 지급한 임대보증금 총액 일금 OOO으로 대체한다 제5조(연임대료) (1)연임대료는 을이 목적물에서 영업을 통해 발생시킨 회계상의 부가세를 제외한 수수료 매출이 포함된 순매출액의 2.0%로 한다
① 연임대료의 세부지급시 및 방법은 다음과 같다 ㄱ) 을은 매 분의 익월(4월, 7월, 10월, 1월) 30일에 본조(1)항을 기준으로 갑에게 분할 지급한다. (이하 생략)
3. OOO과 OOO간의 합의서(2008.6.25.)의 주요내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 합의서의 주요내용 갑: OOO 을: OOO 갑과 을은 갑과 을이 기체결한 임대차계약서(2008.1.14. 이하 “계약서”라 함)와 관련하여, 다음의 사항을 변경하는데 합의하고, 이를 “계약서”에 첨부하여 이행토록 한다 제1조(임대차기간) 갑과을은 계약서상 제3조의 임대차기간을 “2008.9.1.부터 10년간”에서 “OOO 영업개시일로부터 10년간”으로 변경한다. 단, 1987.12.28. 체결한 기존 계약서상의 임대차기간은 2008.6.30.부로 종료되며, 2008.7.1.부터 OOO 영업개시일 이전일까지의 임대료는 본 합의서에 따른다 제2조(영업개시전 임대료) 2008.7.1.부터 OOO 영업개시일 이전일까지의 임대료는 아래 각호와 같이 지급한다.
(1) 적용기간: 2008.7.1.부터 OOO 영업개시일 이전까지의 기간
(2) 지급기준: OOO 영업개시일로부터 최초년도 임대료(매출액의 2%)를 일할 정산하여, 상기(1)항 적용기간의 일수만큼 곱한 금액의 50%를 지급한다
(3) 지급일: 영업개시전 임대료는 2008.7.1.부터 매월 25일에 OOO원을 지급하며, OOO 영업개시일로부터 1년이 되는 시점에 상기 (2)항을 기준으로 과부족분을 상호 정산한다. 제3항(기타)
(1) 을은 갑의 사업자 명의를 주식회사 OOO상사에서 OOO으로 변경하는 것에 동의한다
(2) 갑과 을은 본 합의서 이외의 내용에 대해서는 2008.1.14. 체결한 임대차계약서에 따른다
4. 주식회사 OOO가 OOO에게 보낸 세금계산서 교부 요청건(2011.7.6.)에는 “당사에서는 임대차계약서 제5조(2008.1.14.)에 따라 4～6월 임차료에 대한 세금계산서를 수차례 요청하였으나, 귀사에서 세금계산서 발급을 거부하고 있어 정상적인 세무처리가 불가능한 상황입니다. 당사의 상반기 결산을 위하여 7월10일까지 세금계산서 교부를 재요청합니다”라고 되어 있다. (다)부가가치세법제17조(납부세액) 제2항 제2호에는 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하고, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다고 규정하고 있다. 한편, 같은 법 시행령 제60조(매입세액의 범위) 제2항 제3호에는 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우를 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”에 해당한다고 규정하고 있다. (라) 살피건대, 쟁점임대료 상당액의 공급시기는 2011년 제1기 부가가치세 과세기간임에도 과세기간을 달리하여 2011.12.27. 발급받은 쟁점세금계산서는 관련법령의 규정에 따라 해당 매입세액을 공제할 수 없으므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.