비거주자에 대하여 표2(1세대 1주택, 최대 80%)의 장기보유특별공제율을 적용하기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2002.9.18. 취득한 OOOOO OOO OO OOO OO OOOO아파트 514동 706호(이하 ‘쟁점주택’이라 한다)를 2009.1.30. 양도하고, 2009.2.2. 양도소득세 신고시 쟁점주택의 양도일 현재 비거주자 (청구인은 2004.12.7. 미국으로 이주함)라 하여소득세법제95조 제2항 단서규정(과세대상인 1세대 1주택의 경우 장기보유특별공제를 보유 기간에 따라 최고 80% 공제)을 적용하지 아니하고 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부하였다.
• 나. 이후 청구인은 2012.6.25. 확정된 대법원 판례(대법원 2009두 21147, 2011.7.14. 양도소득세가 과세되는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 조항은 비거주자의 경우에도 그대로 적용됨)에 의해소득 세법제95조 제2항 단서규정을 적용하여 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2012.7.13.소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 및 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유 특별 공제계산은 비거주자에게는 적용되지 아니한다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 ‘장기보유특별공제’란 부동산 양도의 경우 물가상승으로 인하여 보유이익이 과도하게 누적되는 것을 감안하여 일정기간 이상 보유한 부동산 양도에 있어 양도소득금액을 계산할 때, 양도차익의 일정부분을 공제 하여 주는 제도로, 그 목적은 부동산의 건전한 투자행태 내지 소유행태를 유도하고 또한 양도소득은 계속․반복적으로 발생하는 사업소득과 달리 장기간 보유함으로써 형성된 소득이 양도시점에 와서 실현된 것으로서 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강하므로 물가상승분을 공제하여 주는데 있는 바, 그 제도의 취지나 성격면에서 비과세나 감면과는 달라 거주자에 한정하여 적용할 특별한 이유가 없다. 소득세법(2009.12.31. 법률 제98907호로 개정되기 전의 것) 제121조 제2항에서 토지 또는 건물의 양도소득 등이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다고 규정되어 있고, 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석 하여야 하며, 합리적인 이유 없이 축소해석할 수 없는 것으로, 같은 법 제95조 제2항의 단서 또한 비거주자에 대해서도 동일하게 적용되어야 하므로(대법원 2009두21147., 2011.7.14. 참고), 청구인이 비거주자라는 이유로 쟁점주택의 양도에 대해 장기보유특별공제 적용을 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제159조의2가 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에 그 자산의 양도차익에 대한 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유특별공제계산은 거주자에게 적용하는 것으로 비거주자에게 적용되지 아니한다고 규정하고 있으며(부동산거래관리과-949. 2010.7.20., 부동산거래관리과-700. 2010.5.18.), 또한 대법원 판례는 당해 사건에만 적용되는 것으로, 국세청의 소득세법상 해석은 일관되게 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제에 대하여 거주자와 비거주자의 적용에 차이를 두고 있는 바,소득세법제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 및 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유특별 공제계산은 거주자에게 적용하는 것으로 비거주자에게 적용되지 아니하므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비거주자인 청구인이 국내에 보유한 1주택인 쟁점주택을 양도할 당시 1세대 1주택 요건을 충족한 것으로 보아소득세법제95조 제2항 단서에 따른 [표2]의 장기보유특별공제율(한도 80％)을 적용 받을수 있는지 여부
• 나. 관련법령 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다. <개정 2010.12.27>

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

• 가. 제1항제1호가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액
• 나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액
• 다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항제1호가목 단서, 같은 호 나목(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항제1호나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

• 가. 제1항제1호나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액
• 나. 제1항제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. <개정 2010.12.27>

④ 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속으로부터 증여받은 제94조제1항제1호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 증여받은 경우로서 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용된 경우 외에는 양도가액에서 공제할 필요경비는 제2항에 따르되, 취득가액은 각각 그 배우자 또는 직계존비속의 취득 당시 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 필요경비에 산입한다. <개정 2010.12.27>

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑥ 제4항에서 규정하는 연수는 등기부에 기재된 소유기간에 따른다.

⑦ 제1항제1호가목 본문을 적용할 때 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산을 양도한 거주자가 그 자산 취득 당시 대통령령으로 정하는 방법으로 실지거래가액을 확인한 사실이 있는 경우에는 이를 그 거주자의 취득 당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 해당 자산에 대한 전 소유자의 양도가액이 제114조에 따라 경정되는 경우

2. 전 소유자의 해당 자산에 대한 양도소득세가 비과세되는 경우로서 실지거래가액보다 높은 가액으로 거래한 것으로 확인한 경우

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은소득세법제95조 제2항 단서에 따른 [표2]의 장기 보유특별공제율(한도 80％)은 비거주자에게 적용되지 아니한다 하여 이 건 처분을 하였고, 청구인은 장기보유특별공제제도의 취지나 성격면 에서 비과세나 감면과는 달라 거주자에 한정하여 적용할 특별한 이유가 없다고 주장하면서 청구주장에 대한 근거증빙으로 대법원 판례(2009두21147., 2011.7.14.)를 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 과세자료를 보면, 청구인은 2002.9.18. 취득한 쟁점주택을 2009.1.30. 양도하고, 2009.2.2. 양도소득세 신고시 쟁점주택의 양도일 현재 비거주자라 하여소득세법제95조 제2항 단서규정 (과세대상인 1세대 1주택의 경우 장기보유특별공제를 보유기간에 따라 최고 80% 공제)을 적용하지 아니하고 양도소득세 OOO원을 예정신고ㆍ납부한 후, 2012.6.25. 대법원 판례(대법원 2009두21147, 2011.7.14. 양도소득세가 과세되는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 조항은 비거주자의 경우에도 그대로 적용됨)를 근거로소득세법 제95조 제2항 단서규정을 적용하여 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정 청구를 하였는 바, 처분청은 2012.7.13.소득세법제89조 제1항 제3호 에 따른 1세대 1주택 비과세 및 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 장기보유특별공제계산은 비거주자에게는 적용되지 아니한다 하여 이 건 처분을 하였다. (2) 소득세법제95조 제1항에서 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 장기보유특별 공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 [표1]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정 하고, 단서에서 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도 차익에 [표2]에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제159조의2에서는 법 제95조 제2항 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택을 말한다고 규정하고 있고, 같은 령 제154조 제1항에서 1세대를 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 세대로 규정하고 있다.

(3) 살피건대,소득세법의 1세대 1주택 비과세 및 장기보유 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가정책적 목적을 세제측면에서 지원하기 위한 것으로 보이는 점, 소득세법 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 “대통령령으로 정 하는 1세대 1주택”에 해당하는 경우 [표2]의 공제율을 적용하도록 하고 있는바, 여기서 ‘1세대’는 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”를 의미하므로 청구인이 1주택인 쟁점주택을 소유하다가 양도하였더라도 양도할 당시 비거주자인 이상, 쟁점주택은소득세법 제95조 제2항 단서 규정상 1세대 1주택에 해당하지 아니하여 같은 항 본문[표1]의 장기보유특별공제율을 적용하는 것이 타당하다 할 것이다 [조심 2012서1340(2012.6.22.)외 다수, 같은 뜻임]. 따라서, 처분청이소득세법제95조 제2항 단서에 따른 [표2]의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.