신축주택 감면 대상 소득은 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.1.6. OOO 471-24 건물 72.8㎡, 대지 112㎡(이하 “구주택”이라 한다)를 취득하고 1998.2.2. OOO재개발조합과 “OOO주택개량재개발조합 OOO아파트공급계약서”를 체결하여 OOO 1712 OOO 140동 1904호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 배정받아 2001.6.23. 쟁점주택을 취득하였다. 청구인은 2006.5.18. 쟁점주택을 OOO원에 이OOO에게 양도한 후 2006.10.31. 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정(조세특례제한법제99조의3)을 적용하여 당해 신축주택에서 발생한 양도소득금액 전액을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장의 신축주택 양도소득금액감면에 대한 특정감사 결과, 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 감면소득을 적용함에 있어 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보았고, 이에 따라 처분청은 2012.5.8. 청구인에게 당초 감면소득금액에서 이를 차감하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO원 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식[양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가), 이하 “쟁점산식”이라 한다] 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “구주택취득당시의 기준시가”로, 분자의 “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가”를 “양도한 날의 기준시가”로 자의로 변경하여 적용하였다. 구체적으로 살펴보면 산식의 분자가 “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가”로 되어 있어 신축주택 취득일부터 5년이 경과되기 전까지는 당해 산식을 적용할 수 없다. 그 이유는 조세특례제한법제99조의 3 제1항에 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 100% 감면하도록 되어 있기 때문이다. 따라서 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 의 산식은 신축주택 취득 후 5년이 경과한 시점 이후에 발생하는 소득금액을 과세하기 위한 산식이며 동 산식은 일반분양자의 신축주택이나 재개발 및 재건축아파트 조합원의 신축주택 모두에 적용하여야 한다. 그 이유는 조세특례제한법제99조 및 같은 법 제99조의3 어디에도 재개발 및 재건축아파트 조합원의 신축주택을 양도할 때 일반분양자와 달리 감면소득을 계산하여야 한다는 규정과 구주택에서 발생된 소득금액 계산에 관한 규정 등은 보이지 않기 때문이다. 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 구주택의 양도소득금액을 계산하는 방법 및 감면소득배제금액을 계산하는 산식 등을 정한 사항이나 위임 등이 없음에도 처분청은 이를 자의적으로 해석함으로써 조세부과권을 남용하여 조세법률주의를 위반하였고 국세기본법제18조 제1항(납세자의 재산권 부당 침해 금지)에 반하는(일반분양자와 형평성 결여) 위법한 처분을 하였다.

(2) 국세기본법제14조 제2항의 규정에 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 실질내용에 따라 적용한다”로 되어 있고, 청구인이 신축아파트양도와 관련하여 구주택에서 발생한 양도소득은 없으므로 청구인에게 고지한 양도소득세는 취소되어야 한다.

(3) 보편적 상식을 가진 선량한 납세자들이 과세관청의 쟁점산식의 적용사례(재경부 재산 46014-273. 1999.9.23., 국세청 서면4팀-1262, 2005.7.21.)를 신뢰한지 10여년이 지난 시점에서 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “구주택 취득당시의 기준시가”로 해석하여 소급결정한 처분은국세기본법제15조의 신의성실에 반하는 위법하고 부당한 처분이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 신축주택 감면대상은 신축주택 취득일로부터 5년이내 발생한 소득에 대한 것으로 신축주택을 취득하여 5년이내 양도함으로써 발생하는 소득에 한정하는 것이고, 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지의 전 기간에 발생한 소득에 대하여 감면을 적용할 수 없으므로 구주택을 취득하여 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면소득에 해당하지 않으므로 조세특례제한법 시행령제40조의 산식을 적용하여 감면세액을 계산한 당초의 처분은 정당하다.

(2) 청구인은 구주택에서 발생한 양도소득금액이 없다고 주장하나, 구주택취득 이후 양도일까지 양도소득이 발생하였고 전체 양도소득금액에 대하여조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조의 규정을 적용하여 구주택취득부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면배제한 당초의 처분은 정당하다.

(3) 기존 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점으로 볼 때 신의성실의 원칙에 위배되었다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점

① 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례를 적용함에 있어 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “구주택 취득당시의 기준시가”로 적용한 것의 당부

② 쟁점주택 양도와 관련하여 구주택에서 발생한 양도소득이 없어 이 건 과세처분을 취소하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 이 건 처분이 신의성실원칙에 위배되는지 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하다고 하면서, 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 양도소득세결정결의서 등을 제시하였고, 청구인은 처분청의 이러한 계산방법이 자의적인 법령 적용이라고 주장하고 있다. (나) 조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다. (다) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 구주택을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되기는 어려워(조심 2012서2839, 2012.8.27. 같은 뜻) 처분청이 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “구주택 취득당시의 기준시가”로 적용하여 이 건 과세처분을 한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 신축아파트 양도와 관련하여 구주택에서 발생한 양도소득은 없다고 하면서, 조세심판례(조심 2010서2742, 2011.6.30.)와 함께 구주택에 대한 양도소득금액이 (-)OOO원이라고 제시하였다. 이에 대한 산출근거는 조합원 분양가액에서 구주택 취득가액과 청산금납부금 등을 합한 금액을 차감하여 계산하였다. (나) 살피건대, 주택재개발사업에 따라 조합원이 청산금을 납부하고 신축주택을 취득 후 양도하여조세특례제한법제99조의3에 따른 감면소득을 계산하는 경우 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따른 양도소득금액은 관리처분계획인가 전․후로 구분하여 계산한 금액을 합하여 산정하는 것이 합리적이라 할 것인바(조심 2010중2363, 2011.4.19. 참조), 이에 따라 계산할 경우 양(+)의 양도소득금액이 산출되므로 구주택과 신축주택을 단순 분리하여 계산하면 구주택에서 음(-)의 양도소득금액이 산출되어 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 살피건대, 청구인은 국세청이 기존 예규를 변경함으로써 청구인에게 재산상 불이익을 받아 이는 신의성실원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규가 구주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다고 판단된다(조심 2012서121, 2012.2.23. 같은 뜻).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.