연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당함

OOO세무서장이 2012.4.9. 청구법인에게 한 2008.4.1-2009.3.31. 사업연도 법인세 및 2009.4.1.-2010.3.31. 사업연도 법인세에 대한 경정청구 거부처분은 청구법인이 차세대시스템 등의 전산시스템 구축 용역을 위탁한 OOOO 주식회사가 재위탁하여 지출하였다는 연구개발비 2008.4.1-2009.3.31. 사업연도분 OOO원, 2009.4.1-2010.3.31. 사업연도분 OOO원이 조세특례제한법 시행령 별표6의 제1호 나목에서 규정한 연구기관 또는 전담부서를 보유한 재위탁업체가 해당 용역을 수행함에 따라 지출된 금액인지 여부를 재조사하고 그 결과 확인된 금액을 조세특례제한법 제10조 에 따른 연구인력개발비 세액공제대상금액으로 하여 해당 사업연도의 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1955.10.11. 설립되어 증권금융, 예수금담보대출, 할인어음 업무 등의 금융업을 영위하는 법인으로서 차세대시스템 등의 전산시스템 구축을 위하여 전산시스템 개발업체인 OOOO주식회사(이하 “OOOO”라 한다)에게 개발용역을 위탁하고, 2008.4.1.-2009.3.31., 2009.4.1.-2010.3.31. 및 2010.4.1-2011.3.31. 사업연도(이하 각각 “2009.3.31.종료 사업연도”, “2010.3.31.종료 사업연도”, “2011.3.31.종료 사업연도”라 한다) 동안 각 사업연도별로 OOO원, OOO원, OOO원(합계금액은 OOO원이며, 2009.3.31.종료 및 2010.3.31.종료 사업연도의 지출금액 OOO원을 이하 “관련지출금액”이라 한다)을 지출하였다.
• 나. 청구법인은 2009.3.31.종료 및 2010.3.31.종료 사업연도에 대한 법인세 신고시 관련지출금액 등에 대해 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조(연구인력개발비에 대한 세액공제)에 따른 세액공제를 신청하지 않았다 하여 관련지출금액 중 2009.3.31.종료 사업연도 지출금액 OOO원, 2010.3.31.종료 사업연도 지출금액 OOO원(합계금액은 OOO원이며, 이하 “쟁점지출금액”이라 한다) 및 2009.3.31.-2011.3.31.종료 사업연도 위탁훈련비 등을 연구인력개발비에 포함하여 세액을 경정하여 줄 것을 2012.1.11. 처분청에 청구하였고, 처분청은 위탁훈련비 등의 경우 조특법 제10조의 세액공제대상 연구인력개발비에 해당하나, 쟁점지출금액은 청구법인이 위탁한 OOOO가 다른 업체에 재위탁하여 지출된 금액으로서 동 세액공제대상에 해당하지 않는다 하여 2012.4.9. 위탁훈련비 등과 관련된 세액은 환급하고, 쟁점지출금액에 대해서는 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.7.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구법인으로부터 연구인력개발용역을 위뢰받은 OOOO가 직접 용역을 완료하지 아니하고 다른 업체에 위탁하여 연구인력개발용역을 완료한 사실을 확인하였으며, 연구인력개발용역 이행을 위한 전담부서가 있는 OOOO가 직접 용역을 완료하지 아니하고 재위탁하여 용역을 완료하였다 하여 청구법인의 경정청구를 거부하였지만, 조세심판원 선결정례(조심2011서1754, 2012.6.12., 조심2011서1923, 2012.6.8. 등)에 따르면, 재위탁하여 지급한 연구개발용역비 중 전담부서 등이 있는 업체에게 지급한 비용은 조특법 제10조에 따른 연구인력개발비 세액공제 적용대상으로 인정하는 것이 타당하다고 결정하였다. 조특법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 내국법인이 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 같은 법 시행령 별표6에 해당하는 비용을 지출하는 경우 법정 금액을 연구인력개발비 세액공제대상으로 하여 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이 경우 같은 법 시행령(별표6)에서는 국내외 기업의 ‘전담부서’에 기술개발용역을 위탁함에 따라 발생하는 비용(제1호 나목 ㉲)을 대상 비용 중의 하나로 열거하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에서는 ‘전담부서’를 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소로 규정하고 있다. 청구법인은 소비성서비스업이 아닌 금융업을 영위하는 법인으로서 연구인력개발비 세액공제 적용대상 사업자에 해당하고, 청구법인이 시스템 개발을 위탁한 전산업체는 기술개발촉진법 시행령 제15조 및 같은 법 시행규칙 제7조에 따라 인가받은 기업부설연구소를 보유하고 있다. 또한, 청구법인의 전산시스템은 회사의 전사적 비즈니스 전략을 효과적으로 반영하고 지원할 수 있도록 비즈니스와 IT를 이상적으로 통합시킨 새로운 프로그램으로서 이를 개발하는 것은 기술개발촉진법 제2조 제1호 에 의한 ‘기술개발’의 정의에도 부합한다. 따라서 청구법인, 전산업체, 쟁점지출금액 모두 상기 법령 요건을 모두 총족하므로 청구법인의 쟁점지출금액에 대하여 연구인력개발비 세액공제에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 재위탁한 연구인력개발비도 세액공제가 가능하다고 주장한 관련 예규(서면2팀-724, 2008.4.17., 서면2팀-1480, 2007.8.9., 서면2팀-2006, 2006.10.4. 등)를 보면, 조특법 제10조의 규정을 적용함에 있어서 금융보험업을 영위하는 법인이 같은 법 시행규칙 제7조 제1항에서 규정하는 연구개발전담부서를 보유한 법인에게 전산시스템 개발을 위탁하고, 당해 개발비용(컴퓨터 및 범용소프트웨어 구입비용은 제외함)을 지출하는 경우에는 조세특례제한법 시행령(이하 “조특법 시행령”이라 한다) 제9조 제2항의 연구 및 인력개발을 위한 지출비용으로 보는 것으로 해석하고 있는 바, 동 예규는 연구개발전담부서를 보유한 법인에게 연구개발을 위탁한 경우에 적용하는 예규로서 재위탁과 관련된 연구인력개발비도 세액공제가 가능하다는 의미가 아니므로 청구주장은 관련 규정을 잘못 적용한 것이다. 또한, 청구법인은 조세심판원 선결정례를 근거로 세액공제의 당위성을 주장하고 있으나, 청구법인의 이 건 관련 경정청구의 경우 수탁업체가 전담부서에서 용역을 수행하였는지 여부에 대한 구분이 필요하나, 청구법인은 수탁업체의 전담부서 내에서의 용역수행 여부에 대하여 파악하기 힘들다는 이유로 이를 입증하지 아니하였다. 청구법인은 경정청구 당시 위탁업체와 재위탁업체 간의 관련계약서 제출 보정요구에 대해 위탁업체인 OOOO의 계약서 제출 거부를 사유로 각 재위탁업체의 용역수행내역 및 정확한 계약금액에 대한 입증을 하지 못하였고, 최초 경정청구시 청구법인이 제출한 ‘차세대시스템 지출 세부내역’상의 연도별 지출금액과 업체별 재위탁금액 기준으로 청구세액을 수정하여 제출한 이 건 심판청구 사유서의 ‘재위탁 관련 연구개발용역비 지출액 내역’의 금액은 신뢰하기 어렵다. 청구법인은 이 건 심판청구 이후 OOOO의 재위탁금액에 대한 확인서를 제출하였으나 최초 경정청구시 청구법인이 제출한 ‘차세대시스템 지출 세부내역’ 상의 연도별 지출금액과 상이하고 동 금액 산출내역에 대한 근거서류는 제출하지 아니하였다. 결국 이 건은 청구법인이 수탁자에게 위탁하여 개발한 연구인력개발비 중 수탁자가 제3자에게 재위탁하여 발생한 연구인력개발비는 세액공제 대상이 아니라고 명시한 기획재정부 예규(기획재정부 조세특례제도과-844, 2009.9.25.)에 근거하여 경정청구를 거부한 처분으로 조세심판원의 선결정례에 근거하더라도 위탁업체와 재위탁업체 간 신뢰할 수 있는 재위탁금액 내역 및 산출근거가 부실하고 재위탁업체의 전담부서에서의 해당용역 수행여부가 불확실한 바, 재위탁에 해당하는 위탁개발에 대한 연구인력개발비 세액공제 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 용역 중 일부를 제3자에게 재위탁한 경우, 그에 따라 지출한 금액을 조특법 제10조에 따른 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 자료에 대하여 본다. (가) 청구법인과 OOOO가 체결한 차세대시스템 구축 용역계약서(2008.11.10., 이하 “쟁점계약서”라 한다)의 주요내용은 다음 <표1>과 같다. (나) 청구법인이 주장하는 청구법인이 쟁점계약서에 따라 OOOO에게 지출한 금액과 OOOO가 재위탁업체에 지출한 금액 내역 등은 다음 <표2>와 같다. (다) 청구법인이 OOOO와 체결한 계약금액 및 해당 금액 중 조특법 제10조에 따른 연구인력개발비 세액공제 관련하여 경정청구한 금액 내역은 다음 <표3>과 같으며, 청구법인이 경정청구시 연구인력개발비 세액공제 대상금액으로 본 금액 내역은 다음 <표4>와 같다. (라) 청구법인이 경정청구를 통해 환급받은 세액 내역 등은 다음 <표5>와 같다. (마) 그 밖에 청구법인은 재위탁 관련 연구개발용역비 지출내역, 차세대시스템 구축 관련 제품목록요약표, OOOO가 주식회사 OO에게 발주한 주문서 및 관련 세금계산서, OOOO와 OOO기술 주식회사 간의 계약서 및 관련 세금계산서 등을 제출하였다.

(2) 처분청 소속 공무원이 작성한 청구법인의 경정청구에 대한 검토 결과 보고서(2012.4.3.)의 주요애뇽은 다음 <표6>과 같다.

(3) 처분청은 2012.3.15. 청구법인의 경정청구에 대해 차세대시스템 구축과 관련하여 위탁업체 OOOO와 재위탁업체 간의 계약서를 제출할 것을 청구법인에게 요청하였는바, 청구법인이 이에 대해 제출한 OOOO의 공문(2012.4.2.)에 따르면, OOOO는 청구법인이 요청한 ‘차세대시스템 구축 용역 계약’과 관련된 OOOO와 재위탁업체 간의 관련 계약서가 OOOO의 주요한 내부자료로 판단되어 제공할 수 없다고 기재되어 있다.

(4) 조특법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제) 제2항에서 조특법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구인력개발비에 대한 세액공제)에 따른 세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6 제1호 나목에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 qldyddf 연구인력개발비 세액공제 대상으로 규정하고 있다.

(5) 청구법인은 2009.3.31.종료 및 2010.3.31.종료 사업연도 중 OOOO에게 전산시스템 구축을 위한 개발용역을 위탁하였고, OOOO가 그 중 일부를 다른 업체에 재위탁하였다고 하면서 재위탁 관련 연구개발용역비 지출액 내역 자료를 제출하고 있으나, 동 자료의 내용만으로는 연구개발용역을 재위탁받은 업체가 실제로 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는지, 동 업체가 수행한 연구개발용역비가 얼마인지가 객관적으로 확인되지 아니한다.

(6) 살피건대, 조특법 제10조 등의 관련법령에서 연구개발용역의 수탁자가 그 중 일부를 제3장게 다시 재위탁할 경우 해당 비용을 연구인력개발비 세액공제의 적용대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 수탁자인 OOOO가 용역의 일부를 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 사실상 어려운 점, 조특법 시행령 제8조 제2항 제7호에서 위탁받아 수행하는 연구활동은 별표6의 비용에서 제외하도록 규정하고 있으므로 본 건과 같이 수탁자가 용역의 일부를 제3자에게 재위탁한 경우 위탁자(청구법인)가 연구인력개발비 세액공제를 받을 수 없다면 위탁자 및 수탁자 모두 이미 지출한 비용에 대하여 관련 조세감면 규정을 적용받을 수 없어 불합리한 점, 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 규정하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상기관을 정한 것은 당해 기관의 기술력 및 전문성 등을 담보하기 위한 취지인 것으로 보이므로 동 기관에서 연구개발용역을 수행한 경우에는 위탁 또는 재위탁 여부에 따라 차별하지 아니하는 것이 합리적인 점 등을 감안할 때, 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 OOOO가 제3자에게 재위탁한 연구개발비 중 연구기관 또는 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 세액공제대상으로 인정하는 것이 타당하다고 하겠다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 조세심판관합동회의 외 다수, 같은 뜻임). 다만, 이 건의 경우 청구법인이 제출한 증빙자료만으로는 OOOO가 관련 용역을 재위탁한 업체가 연구기관 또는 전담부서를 보유하고 있는지 여부, 청구법인이 OOOO가 재위탁함으로써 지출되었다고 주장하는 금액의 실제 집행 여부 등이 객관적으로 확인되지 않으므로 이에 대해서는 처분청이 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.