쟁점부동산을 대물변제에 의하여 취득하였다는 청구주장은 받아들이기 어려움.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1982.12.3. 취득하였던 OOOOO OOO OOO O OOOOO OO OOOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 1999.4.16. 취득(사용승인)한 현대아파트 101-603호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2006.7.18. 양도하였으며, 그에 따라 발생한 양도소득 OOO원에 대하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조에 따라 양도소득세가 전액 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 조특법 제99조에 의하여 양도소득세가 감면되는 소득은 쟁점주택 취득 후 5년간 발생한 소득인 것으로 보고 이를 같은 법 시행령 제40조 제1항에 의하여 OOO원으로 계산하여 2012.5.4. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 재정경제부가 2001년 발간한간추린 개정세법 2000년에 기재한 내용, 신축주택 양도소득세 감면신청서(조특법 시행규칙 별지 제37호서식)의 작성요령, 구주택을 철거하여 신축주택을 양도하는 경우 구 주택 양도소득이 발생할 수 없는 점 등을 감안할 때 조특법 제99조상 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득을 의미하는 것이 아니라 신축주택을 양도함으로써 발생한 양도소득 전체를 의미하는 것이며, 이러한 해석 등을 전제할 경우 신축주택 취득일로부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에도 감면대상에서 제외되는 소득금액은 전체 양도소득금액 중 5년이 경과한 후에 발생하는 양도소득이라고 할 것이므로, 양도소득세 감면대상 소득을 계산하는 조특법 시행령 제40조의 산식 중 분자의 취득시 기준시가를 신축주택 취득시 기준시가로, 분모의 취득시 기준시가를 종전주택 취득시 기준시가로 해석하는 것은 전혀 근거가 없는 것임에도 이와 같이 해석하여 과세한 것은 신의성실의 원칙에도 반하는 처분이다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조는 신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있어 신축주택에 대해서만 감면할 뿐 종전주택에 대해서는 감면하지 않는 것이며, 같은 법 시행령 제40조에 규정된 감면소득계산 구조를 살펴보면 종전주택 및 신축주택에 대한 전체 양도소득금액에 대해 양도당시의 기준시가 및 취득당시의 기준시가 등을 산정하여 차감하도록 되어 있어 분모와 분자의 기준시가를 동일한 기준시가로 적용하였을 경우 감면대상 양도소득금액이 전체 양도소득금액이 되어 종전주택 및 신축주택의 양도소득금액 전부가 감면되므로 위 법령에 규정하고 있는 신축주택에 대한 감면의 원칙에 반함을 알 수 있는바, 분모에서 규정하고 있는 취득 당시의 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 산정하여 적용하는 것이 타당하고 관련 예규에서도 동일하게 해석하고 있으므로 처분청이 계산한 양도소득세 감면대상 소득금액은 정당한 것이다.

• 가. 쟁 점 신축주택취득기간 중 취득한 주택의 양도에 따른 양도소득금액 중 양도소득세 감면대상 소득이 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득인 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택․쟁점주택 등기부등본, 추가부담금 납부대장, 청구인이 제출한 양도소득세 경정청구서 및 양도소득세 산출내역서, 처분청의 신축주택감면세액계산 적정여부 검토서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인이 1985.1.1.(의제취득일) OOO원에 취득한 것으로 신고한 종전주택을 추가부담금 OOO원을 납부하고 재건축하였으며, 쟁점주택이 1999.4.16. 사용승인되자 2006.7.18. 이를 OOO원에 양도하였는데, 신축주택의 양도에 따라 OOO원의 양도소득이 발생하였다. (나) 청구인은 조특법 시행령 제40조에 의하여 감면대상 소득금액을 계산하면서 아래 산식과 같이 분모․분자의 취득당시 기준시가를 모두 쟁점주택 취득당시의 기준시가인 OOO원으로 하여 이를 쟁점주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(OOO원) 및 쟁점주택 양도당시 기준시가(OOO원)에서 차감한 금액을 각 분자와 분모로 하고 이에 양도소득금액을 곱하여 계산한 결과 양소득금액 전액이 감면대상인 것으로 하여 양도소득세 0원을 신고하였다. OOOOOOOO OOOO OOOO OO OOOOOO (다) 이에 대하여 처분청은 아래 산식과 같이 쟁점주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(OOO원)에서 쟁점주택 취득당시의 실제 기준시가OOO원)를 차감한 금액을 분자로, 쟁점주택 양도당시의 기준시가(OOO원)에서 종전주택 취득당시의 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 OOO원으로 산출하였다. OOOOOOOO OOOO OOOO OO OOOOOO

(2) 살피건대, 청구인은 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 취득전까지 발생한 양도소득금액을 포함한 쟁점주택 양도에 따른 양도소득금액 전액이 양도소득세 감면대상인 것으로 계산하여 신고를 한 것이고, 처분청은 이 중 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득만을 양도소득세 감면대상인 것으로 보아 과세를 한 것인바, (가) 조특법 제99조 제1항은 거주자가 1998.5.22.～1999.6.30. 기간 중 사용승인된 재건축주택 등의 신축주택을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전액 감면하고, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제99조 제1항 및 제40조 제1항은 위 법에서 규정한 신축주택 취득후 5년간 발생한 양도소득금액을 아래의 산식에 의하여 계산하도록 규정하고 있다. <감면대상 소득금액 계산식> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (나) 조특법 제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 취득전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이며, 이러한 명문의 규정내용상 위 조특법 제99조의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 취득당시 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이며(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻임), (다) 아울러, 청구인은 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙에도 반하는 처분이라고 주장하는바,국세기본법제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으며, 이와 관련하여 과세관청의 종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다 하겠다(조심 2012서121, 2012.2.23. 참조). (라) 따라서, 처분청이 쟁점주택의 취득일로부터 5년간 발생한 소득에 대해서만 조특법 제99조에 의하여 양도소득세가 감면되는 것으로 보아 과세한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.