종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1998.6.4. 서울특별시 OOO를 OOO에 취득하여 보유하던중 재건축으로 인해 서울특별시 OOO를 2003.5.10. 취득하여 보유하다가 2006.5.16. OOO에 양도하고 2006.7.31. 양도차익 OOO에 대하여조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 2012.4.19. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 세법의 해석이나 국세의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니하는바, 조세특례제한법제99조의3에서는 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산식에 있어 분자와 분모에서 취득시 기준시가라는 동일한 용어를 사용하고 있으나, 처분청은 분자는 신축주택 취득시 기준시가, 분모는 종전주택의 취득시 기준시가로 보아 이 건 과세처분을 하는 등 임의적으로 확장해석 내지 유추해석을 하였고, 청구인이 국세청 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8.) 등에 의해 자진납세를 한후 6년여가 지난 후에 과세하는 등 세법적용의 원칙을 위배하는 과세처분을 하였으므로 이 건 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 재건축에 따른 양도소득금액 전체에 대하여 감면신청한 후 5년이 지났다 하더라도 종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 보는 것으로 명확한 해석을 하지 아니하였으며, 신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액만을 감면하는 법령에 따라 적정하게 신고한 다수 납세자와의 과세형평을 고려하여야 하고, 조세특례제한법제93조의3은 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도되는 경우 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액을 감면대상으로 규정하고 있으며, 동 법의 조문은 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전기간에 발생한 소득으로 확대해석할 수 없으므로 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택

2. 자기가 건설한 신축주택의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 등기부등본 등을 보면, 청구인은 1998.6.4. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 2003.7.16. 신축주택(아파트)을 취득하였으며, 신축주택을 2006.5.16. 양도한 것으로 나타난다.

(2) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는조세특례제한법제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2002.10.31.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있다.

(3) 청구인은 처분청이 관련법령을 임의적으로 확장해석 내지 유추해석을 하였고, 청구인이 국세청 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8.) 등에 의해 자진납세를 한후 6년여가 지난 후에 과세하는 등 부당한 과세처분을 하였다고 주장하나, 조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다(조심 2012서2916, 2012.9.14. 같은 뜻) 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.