종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1989.5.10. 취득한 OOO 27동 504호(이하 ‘종전주택’이라 한다)가 1999.11.3. 재건축사업계획이 승인되어 재건축됨에 따라 2002.10.31.OOO122동 401호(이하 ‘쟁점신축주택’이라 한다)를 대체취득하였다가 2006.5.2. 쟁점신축주택을 양도한 후, 2006.7.3. 처분청에 양도소득세 과세표준 예정신고시 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하고, 조세특례제한법제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면신고하였다.
• 나. 처분청은 OOO지방국세청장의조세특례제한법제99조의3의 감면적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해 청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 종전주택 취득일(1989.5.10.)부터 신축주택사용승인일 전일(2002.10.30.)까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 감면적용을 배제하여 2012.4.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법 제99조의3 규정 어디에도 신축주택 취득일 이전과 이후로 나누어 양도소득을 계산한다고 규정한 바 없으므로 신축주택취득일로부터 5년이내 양도하는 경우 전체 양도소득이 감면되는 것으로 해석해야 조세법규 엄격해석의 원칙에 합당하다. (2) 조세특례제한법 제99조의3 및 동법 시행령 제40조 제1항에서 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 적용하도록 규정하고 있는 사실이 없으므로 감면소득금액은 재건축 주택 등의 양도차익 계산방법을 규정한 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 의 규정을 준용하여, 사업계획승인일 이후 양도차익(쟁점신축주택 양도차익)에서 신축주택분 장기보유특별공제를 차감한 금액으로 계산하여야 하는 바, 감면소득은 OOO원이 아니라 OOO원이 되어야 한다.
• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 “신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”이 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 양도일까지 발생한 일체의 양도소득을 의미한다고 주장하고 있으나, 이에 대해서는 과세관청, 조세심판원 및 법원이 모두 합리적인 이유 없는 자의적인 확대해석으로 판단하고 있다.

(2) 청구인은 쟁점신축주택의 양도소득을 취득일 전후로 구분산정하기 위한 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항에 대해 분모의 “취득당시 기준시가”에는 ‘종전주택의 취득당시 기준시가’를, 분자의 “취득당시 기준시가”에는 ‘쟁점신축주택의 취득당시 기준시가’를 적용하는 것이 위법한 처분이라고 주장하고 있으나, 기준시가를 기준으로 하여 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 비율을 계산하도록 규정한 시행령 제40조 제1항의 산식에 따른 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 (1)조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면적용대상인지 여부

(2) 조세특례제한법제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 감면세액 계산방법 중 사업계획승인일 이후 양도차익에서 신축주택분 장기보유특별공제를 차감한 금액으로 계산하여야 하는지 여부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 처분청 결의서 등 이 건 심리자료에 의하면, 청구인은 1989.5.10. 취득한 종전주택이 1999.11.3. 재건축사업계획이 승인되어 재건축됨에 따라 2002.10.31. 쟁점신축주택을 대체취득하였다가 2006.5.2. 쟁점신축주택을 양도한 후, 2006.7.3. 처분청에 양도소득세 과세표준 예정신고시 조세특례제한법제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 산출세액 전액을 감면신고 하였는데, 처분청은 서울지방국세청장의조세특례제한법제99조의3의 감면적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해 청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 종전주택 취득일(1989.5.10.)부터 신축주택사용승인일 전일(2002.10.30.)까지의 양도소득금액에 대한 감면적용을 배제하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 것으로 나타난다. (2) 조세특례제한법제99조의3 제1항에서 ‘거주자가 자기가 건설한 신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을 취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도 소득세 과세대상소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 하면서 제4항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도 소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

(3) 먼저, 쟁점①에 대하여 본다. 청구인은 조세특례제한법 제99조의3 규정 어디에도 신축주택 취득일 이전과 이후로 나누어 양도소득을 계산한다고 규정한 바 없으므로 신축주택취득일로부터 5년이내 양도하는 경우 전체 양도소득이 감면되는 것으로 해석해야 조세법규 엄격해석의 원칙에 합당하다고 주장하나, 조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “ 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액” 으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함 되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이지 아니한 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012중964, 2012.4.17.같은 뜻).

(4) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 조세특례제한법 제99조 의 3 및 동법 시행령 제40조 제1항에서 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 적용하도록 규정하고 있는 사실이 없으므로 감면소득금액은 재건축 주택 등의 양도차익 계산방법을 규정한 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 의 규정을 준용하여, 사업계획승인일 이후 양도차익(쟁점신축주택 양도차익)에서 신축주택분 장기보유특별공제를 차감한 금액으로 계산하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있고, 그 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이어서 소득세법 시행령 제166조 제2항 제1호 의 규정을 준용하여 사업계획승인일 이후 양도차익에서 신축주택분 장기보유특별공제를 차감한 금액으로 계산하여야 한다는 청구주장을 받아들이지 아니한 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중2363, 2011.4.19. 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.