종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.10.15. 취득한 단독주택(기준시가 OOO원 상당, “종전주택 ” 이라 한다)이 재개발됨에 따라 2001.12.3. OOOOO OOO OOO OOOO OOOOOOOOO OOOO OOOOO(이하 “신축주택 ”이라 한다)를 취득하였다가 2006.12.8. 양도한 후, 2006.12.31. 양도소득세 신고시 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하고,조세특례제한법제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 38,121,140원을 감면신고하였다.
• 나. 처분청은 OOO지방국세청장의조세특례제한법제99조의3의 감면 적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해 청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 청구인이 종전주택 취득시(1999.10.5.)부터 신축 주택 양도시(2006.12.8.)까지 양도소득금액 OOO원 전체에 대하여 감면적용을 하였는 바, 종전주택 취득일(1999.10.5.)부터 신축주택준공일 전일(2001.12.2)까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 감면적용을 배제하여 2012.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은조세특례제한법제99조의3 신축주택 감면과 관련한 종전 예규 (서면4팀-320, 2006.2.17.)에 의해 종전주택 취득일부터 신축 주택 양도일 까지의 양도소득금액 전체를 감면대상으로 인정하여 오다가 2009.1.20. 생산한 재산세과-227(종전주택 기준시가와 신축주택의 기준시가를 적용하는 것임)에 의해 신축주택 취득일부터 신축주택 양도일 까지의 양도소득금액에 대하여만 감면적용하고, 종전주택 취득일부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 감면적용을 부인한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배된다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 신축주택을 양도하고 감면대상 양도차익을 계산함에 있어서 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 전체의 양도차익에 대하여 감면을 적용하여 신고하였으나,조세특례제한법제99조의3에 의한 감면대상은 신축주택취득이후부터 5년간의 양도차익임을 알 수 있다. 따라서, 종전주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액과 5년 경과후의 양도소득금액은 감면배제대상이므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도 소득세의 과세특례】적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액도 감면적용대상인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 처분청은 조세특례제한법제99조의3 규정상 신축주택취득일로 부터 신축주택양도일까지의 양도소득금액만이 감면대상으로 보아 이 건 처분을 하였고, 청구인은 국세청 예규(서면4팀-320, 2006.2.17.)에 의해 종전주택 취득일부터 신축 주택 양도일 까지의 양도소득금액 전체를 감면대상으로 인정하여 오다가 2009.1.20. 생산된 재산세과-227(종전 주택 기준시가와 신축주택의 기준시가를 적용하는 것임)에 의해 신축 주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득금액에 대하여만 감면적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 반한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 자료를 보면, 청구인은 1999.10.15. 취득한 종전주택이 재개발됨에 따라 2001.12.3. 신축주택을 취득하였다가 2006.12.8. 양도한 후, 2006.12.31. 양도소득세 신고시 양도가액 OOO,OOO,OOO원, 취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하고,조세특례제한법제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 OOO원을 감면신고하였 으며, 처분청은 OOO지방국세청장의조세특례제한법제99조3의 감면적용 대상주택에 관한 특정감사지시에 의해 청구인의 신축주택 양도에 대하여 조사한 결과, 청구인이 종전 주택 취득시(1999.10.5.)부터 신축 주택 양도시(2006.12.8.)까지 양도소득금액 OOO원 전체에 대하여 감면적용을 하였는 바, 종전주택 취득일(1999.10.5.)부터 신축주택 준공일 전일 (2001.12.2)까지의 양도소득금액 OOO원에 대한 감면적용을 배제하여 이 건 처분을 하였다. (2)조세특례제한법제99조의3 제1항에서 ‘거주자가 자기가 건설한 신축주택(주택조합 또는 재개발조합원이 취득하는 주택 포함)을 취득하여 그 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 양도 소득세 과세대상소득금액에서 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다고 하면서 제4항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고, 이를 위임받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에서는 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도 소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있다.

(3) 청구인은 이 건 처분이 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 주장 하나, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 신축주택의 취득 일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득 금액이 동 규정의 과세 특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례규정인 조세특례제한법 제99조의3은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법 취지가 있을 뿐 아니라, 과세관청이 납세자 에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실도 나타나지 아니한다. 따라서, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이지 아니한 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012중964., 2012.4.17. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> (1) 소득세법 제97조 (양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가 제99조(기준시가의 산정) ① 제96조제2항, 제97조제1항제1호가목 단서, 제100조 및 제114조제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조제1항제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(地價)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 딸린 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정·고시하는 가액
• 라. 주택 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에 같은 법 제17조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정·고시한 공동주택가격이 있을 때에는 그 가격에 따르고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. (2) 소득세법 시행령 제163조 (양도자산의 필요경비) ⑨ 상속 또는 증여(상속세 및 증여세법 제33조 내지 제42조의 규정에 의한 증여를 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조제1항제1호 가목 본문의 규정을 적용함에 있어서는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. (이하 생략) (3) 상속세 및 증여세법 제60조 (평가의 원칙 등) ① 이 법에 의하여 상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 의한다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액(제63조 제2항의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)은 이를 시가로 본다.

② 제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가를 산정하기 어려운 경우에는 당해 재산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황 등을 감안하여 제61조 내지 제65조에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다. 제61조(부동산 등의 평가) ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역의 토지에 대하여는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.

건물(제3호 및 제4호의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격ㆍ구조ㆍ용도ㆍ위치ㆍ신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 감안하여 대통령령이 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 부수되는 토지를 포함한다)에 대하여는 건물의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황ㆍ위치 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시한 가액

부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만, 공동주택가격의 경우에는 동법 제17조 제1항 단서의 규정에 의하여 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격에 의한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 (평가의 원칙등) ① 법 제60조제2항에서 "수용·공매가격 및 감정가격등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것"이라 함은 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간중 매매·감정·수용·경매(민사집행법에 의한 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 항에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각호의 1에 해당하는 날까지의 기간중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 감안하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 제56조의2제1항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 당해 매매등의 가액을 다음 각호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1. 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 그 거래가액이 제26조제4항에 규정된 특수관계에 있는 자와의 거래등 그 가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우를 제외한다.

2. 당해 재산(법 제63조제1항제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. (이하 생략)

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 재산과 면적ㆍ위치ㆍ용도 및 종목이 동일하거나 유사한 다른 재산에 대한 동항 각호의 1에 해당하는 가액이 있는 경우에는 당해 가액을 법 제60조 제2항의 규정에 의한 시가로 본다.

(5) 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "토지등"이라 함은 토지 및 그 정착물, 동산 그 밖에 대통령령이 정하는 재산과 이들에 관한 소유권 외의 권리를 말한다.

2. "주택"이라 함은 주택법 제2조제1호 의 규정에 의한 주택을 말한다. 제16조(단독주택가격의 공시) ②시장·군수 또는 구청장은 제20조의 규정에 의한 시·군·구부동산평가위원회의 심의를 거쳐 매년 표준주택가격의 공시기준일 현재 관할구역 안의 개별주택의 가격(이하 "개별주택가격"이라 한다)을 결정·공시하고, 이를 관계행정기관 등에 제공하여야 한다. 다만, 표준주택으로 선정된 단독주택 그 밖에 대통령령이 정하는 단독주택에 대하여는 개별주택가격을 결정·공시하지 아니할 수 있다. 이 경우 표준주택으로 선정된 주택에 대하여는 당해 표준주택가격을 개별주택가격으로 본다. (6) 주택법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "주택"이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다.