과세특례대상 양도소득금액은 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.6.10. 취득하였던 OOO 주택(이하 “종전주택”이라 한다)이 재건축됨에 따라 2001.8.3. 취득(사용검사)한 같은 동 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2006.7.11. 양도하였으며, 그에 따라 발생한 양도소득 OOO원에 대하여조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의해 양도소득세가 전액 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 종전주택 취득일부터 쟁점주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해서는 조특법 제99조의3에 의한 양도소득세 감면이 적용되지 아니하는 것으로 보아 감면소득금액을 OOO,OOO,OOO원으로 재계산하여 2012.4.25. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조특법 제99조의3은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으며, 그 감면소득금액 계산은 같은 법 시행령 제40조 제1항이 규정하는 산식에 의하도록 하고 있는바, 건축법 시행령제2조 제1호는 신축에 대하여 건축물이 없는 대지(기존 건축물이 철거되거나 멸실된 대지를 포함한다)에 새로 건축물을 축조(기존 건물을 개축 또는 재축하는 것을 제외)하는 것을 말한다고 규정하고 있어서, 청구인이 쟁점주택을 취득한 것은 종전주택을 개축하거나 재축하는 것이 아니라 위 법령의 규정한 바와 같이 새로운 주택을 신축하여 취득한 것이어서 위 조특법 시행령 산식 중 분모와 분자의 취득당시 기준시가는 모두 쟁점주택 취득당시의 기준시가를 말하는 것이므로 이에 따라서 감면되는 양도소득을 계산하여야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도하여 조특법 제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 규정의 전체 문언을 고려할 때 “신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득”에 한정되는 것이어서 이를 청구인의 주장과 같이 종전주택의 취득일부터 쟁점주택을 양도한 때까지의 전 기간에 발생한 소득으로 확대할 수 없다고 할 것이므로 종전주택 취득일로부터 쟁점주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이러한 해석상 감면소득을 계산하는 조특법 시행령 제40조 산식상 분자에 적용되는 취득당시 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로 그에 따른 과세처분은 정당하며, 재개발아파트의 양도소득금액 계산은 종전주택의 취득시점부터 산정하는 것으로 쟁점아파트를 재건축한 것이건축법상 “신축”에 해당한다 하여 종전주택을 고려하지 않고 쟁점주택 양도에 따른 감면소득을 계산하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 종전주택을 재건축하여 신축주택 취득기간 중 취득한 쟁점주택을 양도한 경우 종전주택 취득일부터 쟁점주택 취득일까지의 양도소득금액을 조특법 제99조의3에 의한 감면소득이 아닌 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 양도소득세 신고서, 양도소득계산내역서, 종전주택 매매계약서 및 쟁점주택 분양계약서, 쟁점주택 사용검사필증과 처분청이 제출한 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서, 경정결의서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1997.6.10. OOO원OOO에 취득한 종전주택을 재건축하여 2001.8.3.사용검사를 받은 쟁점주택을 2006.7.11. OOO원에 양도하였는데, 재건축과정에서 OOO원을 징수금으로 도원구역 주택재개발조합에 납부하였다. (나) 청구인은 쟁점주택 취득 후 5년 이내에 양도하였다는 이유로 양도에 따라 발생한 양도소득 OOO원 전액에 대하여 조특법 제99조의3이 규정한 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례를 적용하여 세액 0원을 신고하였고, (다) 처분청은 양도소득세가 감면되는 소득은 전액OOO이 아니라 쟁점주택 취득일 이후 발생한 양도소득인 것으로 보고, 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 이를 OOO원인 것으로 계산[세부내역은 아래 <감면소득 계산내역>과 같다]하고 나머지 금액OOO에 대하여 양도소득세를 과세하였다. (라) 이에 대하여 청구인은 처분청이 적용한 위 산식 중 분모의 종전주택 취득당시 기준시가도 분자와 같이 쟁점주택 취득당시 기준시가로 하여 쟁점주택 취득 후 5년 이내 양도한 이 건의 경우 감면대상 양도소득이 발생한 양도소득 전액임을 주장하고 있다.

(2) 살피건대, 처분청은 청구인의 쟁점주택 양도에 따른 양도소득 중 양도소득세 감면소득을 신축주택 취득일로부터 5년 간 발생한 양도소득으로 보고 이를 조특법 시행령 제40조 제1항에 따라 계산하고 나머지 소득에 대하여 양도소득세를 과세하였는데, 이는 다음과 같은 이유로 타당하므로 이에 반하는 청구주장을 받아들일 수 없다고 할 것이다. (가) 조특법 제99조의3 제1항 제2호는주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합의 조합원이 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 중 사용검사를 받은 주택을 취득하여 그로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 빼도록 규정하고 있는 바, 명문상 쟁점주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상이 되는 양도소득은 쟁점주택 취득 후 5년 간 발생한 양도소득이고, 그 이전인 종전주택의 취득일로부터 쟁점주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득 금액은 동 규정에 의한 양도소득세 과세특례대상에 해당하지 아니하다고 할 것이다. (나) 한편, 위 조특법 제99조의3의 위임을 받은 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 제40조 제1항은 아래와 같은 산식에 의하여 양도소득금액을 계산하도록 하고 있으므로 동 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모에 적용되는 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임), 이 건 양도소득금액 중 위 법령에 따라 처분청이 계산한 감면소득[그 계산내역은 (1)-(다)에서 제시한 바와 같다]을 제외한 금액이 과세대상이라고 할 것임에도, 취득당시 기준시가를 모두 쟁점주택의 취득당시 기준시가로 보고 그에 따라 과세대상 금액을 계산하여야 한다는 청구주장은 법령에 반하는 주장이므로 받아들일 수 없다고 할 것이다. <감면대상 소득금액 계산식> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.