조세특례제한법 제99조의3은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세특례대상으로 규정하고 있음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1989.4.21. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인해 OOOOO OOOO OOO OOO OOOOOOOO OOO-OOO(이하 “신축주택”이라 한다)을 2002.6.26. 취득하여 보유하다가 2006.8.10. 양도하고, 2006.8.18. 조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득 중 신축주택의 취득일 전까지 기간에 대한 양도소득은 감면대상이 아니라 하여 2012.4.27. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 신축주택을 양도하기 전 세무서에 문의한 바, 신축주택을 5년 이내에 양도하면조세특례제한법제99조에 따라 양도소득 전체가 감면 대상이 된다는 답변을 들었으며, 이에 따라 청구인은 신축주택을 양도하고 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다. 처분청은 종전해석으로는 비과세에 해당되나, 2009.1.20. 재해석된 해석에 따라 청구인이 신청한 양도소득에 대한 감면을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세하였는바, 이는 정상적으로 신고 완결된 내용을 6년이 지난 시점에 새로운 해석으로 과세하였으므로 소급과세에 해당되며, 장기간 과세권을 행사하지 않고 있다가 가산세를 추가하여 감당하기 어려운 세금을 부과하는 것은 부당하므로 이 건 양도소득세는 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 종전의 국세청 해석이 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변한 사실이 없어 소급과세금지 원칙이나 신의성실의 원칙에 위배되지 않으므로 청구인이 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해서도 감면신청한 부분에 대해 감면배제하여 양도소득세 과세함은 정당하고, 당초 납부하여야 할 세액보다 과소하게 납부한 부분에 대하여 납부불성실가산세를 적용하는 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택 취득전 양도소득에 대한 세액감면을 배제한 처분이 신의성실 및 소급과세 금지의 원칙에 위배되는지 여부

(1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택 취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (4) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1989.4.21. 종전주택을 취득하였고, 재건축으로 인해 종전주택 멸실 후 2002.6.26.(사용검사필증 교부일) 신축주택을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날 이전인 2006.8.10. 신축주택을 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 나타난다.

(2) 2006.8.18. 청구인은 신축주택 양도에 따른 양도소득세를 자진신고하면서 신축주택 취득전 양도소득을 감면대상 소득에 포함하여 양도소득세 OOO원을 감면신청한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 신축주택 취득전 양도소득을 양도소득세 감면대상 소득에서 부인하여 감면세액을 계산하고, 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 이 건 경정․고지하였음이 양도소득세 결정결의서 등에 의하여 나타난다.

(4) 살피건대, 청구인은 신축주택을 5년 이내에 양도하면조세특례제한법제99조에 따라 양도소득 전체가 감면대상이 된다는 과세관청의 답변을 믿고 양도소득세 감면신청을 하였으므로, 처분청이 변경된 해석을 근거로 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하고 주장하고 있으나, 조세특례제한법제99조의3에서 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 의하면, 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니한 바, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.