전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 연구개발용역비는 연구 및 인력개발비세액공제 대상임

OOO세무서장이 2012.3.27. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은, 청구법인이 차세대 전산시스템 구축 및 전산프로그램개발을 위하여 지출한 연구개발용역비 중 조세특례제한법 시행령【별표6】1.의 나목에서 규정하는 연구기관 또는 전담부서를 보유한 수탁기관이 직접 수행한 연구개발용역비와 이들 기관으로부터 연구개발용역을 재위탁받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발 용역비를조세특례제한법제10조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 하여 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 통신업/이동전화를 영위하는 법인으로 차세대 전산시스템 구축 및 전산프로그램 개발(이하 “전산개발용역”이라 한다)을 위하여 2006사업연도에 지출한 OOO원이조세특례제한법제10조 제1항에서 규정한 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 보아 2010.1.21. 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인이 연구 및 인력개발비세액공제 적용대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 2010.2.11. 경정청구를 거부하였고, 동 거부처분에 불복하여 청구법인이 2010.5.4. 제기한 심판청구에 대하여 조세심판원은 청구법인이 영위하고 있는 업종이 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상에 해당한다고 결정(조심 2010서1645, 2011.11.30.)하였다.
• 나. 처분청은 타 법인의 심판청구(재위탁 지출액의 연구개발비세액공제 대상여부)가 심리 중이고 감사원의 검토가 진행 중이라 하여 환급결정을 보류하고 있다가 2012.3.27. 조세심판원 결정에 따른 법인세 환급결정 처분을 함과 동시에 연구 및 인력개발비 부당세액공제에 해당한다는 사유로 2012.3.27. 청구법인에게 2006년 귀속 법인세 OO,OOO,OOO,OOO원의 부과처분과 국세환급가산금 OOO원의 반환을 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 금융보험업이 아닌 업종(전기통신업)을 영위하고 있는 청구법인이 전산개발용역비용으로 지출한 위탁개발비가조세특례제한법제10조 제1항에서 규정한 연구 및 인력개발비 세액공제의 적용대상에 해당한다며 2010.5.4. 제기하였던 심판청구 결과 인용결정되었고, 2012.5.11. 조세심판원 합동회의 결과 재위탁하고 지급한 연구개발비 중 연구기관 및 전담부서를 보유한 기업에 지급한 비용에 한하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당한 것으로 결정(조심 2011서1923, 2012.6.8.) 하였음에도 이를 부인하여 2006년 귀속 법인세를 과세한 처분은 부당하며, 처분청이 부당세액공제에 해당하는 것으로 본 연구 및 인력개발개발비 세액공제는 당초부터 적법한 것이었을 뿐만 아니라 처분청의 2012.3.27. 재결정고지처분은 새로운 부과처분으로서 과세한 것이므로 당초 환급결정시 기지급한 국세환급가산금을 추징할 수 없다(재정경제부 재조세 46019-226, 2003.7.23. 같은 뜻).
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령별표6 제1호 나목에서 비용으로 규정하고 있고, 별표6에서는 ‘국내의 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 다른 비용’으로 규정하고 있으므로 이를 수탁자가 재위탁한 경우까지 적용하는 것으로 해석하는 것은 확장해석에 해당되며 재위탁부분에 대한 세액공제가 가능하더라도 재위탁받은 기업의 전담부서에서 용역을 수행한 경우에만 공제가 가능한 것으로 한정되어져야 하며, 국세환급가산금은 국세환급금을 지급하는 때에 가산하여 지급하는 것으로 별개의 독립적인 것이 아니므로, 당초 환급의 사유가 되었던 연구인력개발비 세액공제가 추후 요건을 충족하지 못하여 고지결정된 바, 환급가산금은 청구법인이 법률상 원인없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하므로 기타경상이전수입으로 고지결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 연구 및 인력개발비의 경우 연구기관 또는 전담부서를 보유한 수탁법인이 직접 수행한 것과, 수탁법인이 그 중 일부를 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁한 경우 이를 세액공제대상으로 볼 수 있는 지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 2006년 귀속 법인세에 대한 재결정 고지세액에는 2010.1.21. 경정청구한 법인세 외에 2008년에 경정청구하여 환급된 법인세가 추가로 포함되어 있으며, 고지된 법인세 재결정 세액 및 국세환급가산금의 내역은 아래와 같다.

(2) 청구법인은 OOO외 12개 내국법인 및고등교육법에 의한 대학 또는 국공립연구기관에 전산개발용역을 위탁하면서 지급한 개발비용 및 재위탁기관 중 전담부서의 유무에 따른 개발비용의 내역에 대한 자료를 아래와 같이 제출하였다.

(3) 처분청은 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 납세자에게 유리하다고 하여 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로 조세법률주의에 의거 합법성의 원칙에 따라 법문대로 엄격하게 해석하여야 하는 바, 조세특례제한법 시행령별표6에서 ‘국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용’으로 규정하고 있으므로, 이를 수탁자가 재위탁한 경우까지 적용되는 것으로 해석하는 것은 확장해석에 해당되는 것이고, 재위탁 부분이 세액공제가 가능하더라도, 이는 재위탁 받은 기업의 전담부서에서 용역을 수행한 경우에만 공제가 가능한 것으로 한정되어져야 할 것(조심2011서1923, 2012.6.8.과 같은 뜻)이며, 국세환급가산금은 국세환급금을 지급하는 때에 가산하여 지급하는 것으로 별개의 독립적인 것이 아니므로, 당초 환급의 사유가 되었던 연구 및 인력개발비 세액공제가 추후 요건을 충족하지 못하여 고지 결정된 바, 환급가산금은 신청법인이 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당하므로 기타경상이전수입으로 고지 결정한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

(4) 청구법인은 조세심판원이 청구법인의 업종이 연구 및 인력개발비 세액공제 적용대상에 해당하는 것으로 판단하였고, 청구법인이 개발용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁할 것인지를 청구법인이 관여하기 어렵다고 보이는 점, 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 특정한 기술 등을 외부에 의뢰할 필요성이 있다고 보이는 점, 제3자에게 재위탁한 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니하고 재위탁 받은 제3자가 전담부서에 해당하는 경우 조세특례제한법 시행령별표6 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있으므로 재위탁의 경우에도 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단하고 있고, 2011년 조세정책 및 법규실태에 대한 감사원의 특정감사시 제기되었던 전담부서 문제에 대하여 2012.4.12. 감사위원회에서 불문의결된 사실이 있으므로 연구 및 인력개발비 세액공제가 타당하다고 주장한다. (5)조세특례제한법제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) 제1항, 같은 법 시행령【별표6】(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 및 같은 법 시행규칙(2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) 제1항은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 내국인이 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서를 보유한 국내외 기업에 기술개발용역 등을 위탁하고 지출한 비용에 대하여는 이를 해당 과세연도의 법인세에서 일정금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인으로부터 차세대 전산시스템 구축 및 전산프로그램개발용역을 수탁받은 OOO외 12개 기관이 조세특례제한법 시행규칙제7조(연구 및 인력개발비의 범위)에서 규정하는 연구개발전담부서를 보유하면서 직접 수행한 용역의 대가는 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당한다 할 것이고, 이들 수탁기관이 차세대 전산시스템 구축 및 전산프로그램개발용역을 중 일부를 재위탁한 것에 대하여는 같은 법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점,【별표6】에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는 점, 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있어 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 전담부서를 보유한 수탁자가 수탁용역 중 일부를 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가【별표6】의 규정에서 정한 전담부서를 보유하고 있는 경우에는 세액공제대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 재위탁분도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 보는 것이 타당하다고 할 것이므로, OOO외 12개 기관이 연구개발전담부서를 보유하고 있으면서 직접 수행한 전산개발용역 및 이들로부터 전산시스템 개발용역을 재위탁 받은 기업 중 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역에 대한 비용은 같은 법 제10조 제1항의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.