청구인이 특수관계자인 양수법인에게 쟁점토지를 시가보다 저가로 양도한 것으로 보아 양도세를 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2011.5.2. OOO동 OOO-O 대지 OOO.O㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO건설주식회사(양도계약당시 대표이사: 청구인, 이하 “OOO건설”이라 한다)에게 매매를 원인으로 하여 소유권 이전등기를 해주고, 2011.5.24. 그 지상 주택 OOO. OO ㎡(쟁점토지와 합하 여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO건설에게 증여를 원인으로 하여 소유권 이전등기를 해 주었으나, 이에 대한 양도소득세 신고를 하지 아니하였
• 다. 나. 한편, OOO건설은 2011.8.24. 제3자인 강OOO 외 1인에게 쟁점부동 산을 OOOO,OOO만원(이하 “쟁점매매사례가액”이라 한다)에 일괄 양도하였다.
• 다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구인에 대한 양도소 득세 조사를 실시하여 청구인이 특수관계자인 OOO건설에게 쟁점토지를 시가보다 저가로 양도한 것으로 조사하여 쟁점매매사례가액을 시가로 보아 쟁점매매사례가액 중 쟁점토지 해당분 OOO만원(토지와 건물을 기준시가로 안분한 것)을 쟁점토지의 양도가액으로 보아 과세하도록 처분청에 관련 과세자료를 통보하였다.
• 라. 이에 따라 처분청은 2012.4.23. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지를 1979.12.11.부터, 그 지상 주택을 1988.7.15. 부터 각각 보유하여 오다가, 2010.3.16. 쟁점부동산을 OOO만원에 OOO건설에 매도(대지와 건물을 일괄매매)하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하고 쟁점토지에 대하여는 2010.3.17. 소유권이전 청구권 가등기OOO를 한 바, 이는 OOO건설이 쟁점토지 위에 다세대주택을 신축할 목적으로 쟁점부동산을 취득하였기 때문에 토지만 중요하게 생각하였고, 건물은 세입자가 나간 후 멸실할 목적이었으므로 건물 가등기는 하지 않았으나, 가등기 후 6가구의 세입자가 명도를 거부하여 쟁점부동산을 함께 소유권이전 하지 못하였다. 이후 OOO건설은 청구인에게 2010년 소유권 이전등기를 촉구하는 소송을 제기함에 따라 청구인은 2010.12.23. 법원의 화해결정으로 쟁점부동산을 이전하기로 하는 한편, 세입자를 상대로 한 명도소송을 진행 중이었고, 시간을 단축하려는 OOO건설의 요청에 따라 건물은 2011.5.24. 증여를 원인으로 OOO건설에 소유권이전등기를 하였고, OOO건설은 세입자들의 6개월 동안 명도거부가 극심해 건축허가를 받고도 어쩔 수 없이 OOO부동산 강OOO과 한OOO에게 2011.8.24.(원인일 2011.6.30. 계약체결) 쟁점부동산을 매도하게 된 것이다. 따라서 청구인과 OOO건설 사이의 매매거래가 2010.3.16. 이루어진 것이고, OOO건설과 제3자인 강OOO 외 1인의 거래는 2011.6.30. 매매계약을 체결한 것이므로 1년 3개월 이상 차이가 나는 두 거래의 매매가액을 동일시하여 과세권을 행사하는 것은 상식적으로도 맞지 아니한 처분이다.

(2) 처분청은 쟁점부동산 양도에 대하여 토지 및 건물의 양도시기 가 다르고, 등기원인도 토지는 매매로, 건물은 증여로 등기함에 따라 1세 대 1주택 비과세 규정을 충족한 이 건 고가주택에 대하여 과세하였으나, 1세대 1주택 비과세여부의 판단은 등기접수일이 아니라 원인 일의 현황으로 판단하여야 하는 바, 청구인과 OOO건설은 2010.3.16. 쟁점부동산을 일괄 매도하는 계약을 체결하였으므로 명도문제 등 매매계약 후 발생한 사정에 따라 당초 매매계약과는 달리 형식적으로 소유권이전등기를 하였다고 하더라도 1세대1주택 비과세여부의 판단 시 달리 볼 것이 아니고, 청구인은 OOO 영주권자이나 2009년 49일, 2010년 9일, 2011년 15일을 해외에 있었을 뿐 대부분 국내에서 거주하여 거주자에 해당하고, 쟁점주택 양도일 현재 청구인은 쟁점부동산 외에 타 주택을 보유하지 아니한 것이므로 1세대 1주택 비과세 대상인 고가주택의 양도로 재계산 경정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1)소득세법 시행령제162조(양도 또는 취득의 시기)를 보면, 양도 또는 취득의 시기는 대금청산일을 양도일로 보며, 대금청산일이 분명하지 않은 경우에는 매매계약서에 기 재된 잔금지급약정일, 다만 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매 매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정되어 있고, 이 건 매매예약 가등기설정 당시(2010.3.16.) 청구인은 OOO건설의 대표 이사로서 실질적으로 OOO건설의 모든 의사결정을 독점하는 자로 청구인과 OOO건설은 같은 법 시행령 제98조 제1 항 제4호에 의해 특수관계인에 해당한다. 또한 청구인은 2010.3.16. 작성된 매매계약서를 근거로 2011.6.30.(실제 계 약일 2011.5.31.) 매매계약에 따른 매매사례가액 적용이 부당하다고 주장하나, 부동산매매예약가등기에 기한 판결에 따라 소유권을 이전하였으면 소유권등기일을 양도일 보아 과세한 처분은 정당하다고 적시(국세청 심사양도 2012-28, 2012.4.26. 같은 뜻)하고 있는바, 이 건 거래의 양도일은 본등기접수일인 2011.5.2.이고, 양도소득부당행위계산에 있어 시가는 같은 법 시행령 제167조 제5 항에 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간"의 매매사례가액을 시가로 적용할 수 있다고 명시하고 있으므로 2011.5.31. 매매계약서 상의

매매사례가액으로 적용하여 쟁점토지의 시가를 OOO만원으로 보아 양도소득세를 계산한 처분은 정당하다. (2) 청구인은 2010.3.16. 토지와 건물을 일괄하여 양도하는 계약을 체결하였으므로 명도문제 등 매매계약 후 발생한 제반사정에 따라 당초 매매계약과 달리 형식적으로 소유권 이전등기를 하였다 하더라도 1세대1주택 비과세를 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 양도소득세가 비과세 되는 소득세법 시행령제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택의 판정은 양도일 현재를 기준으로 하는 것이며 매매 계약의 특약 등이 있는 경우에는 계약일 현재로 판단 할 수 있다(국심 1999중 2195 외 같은 뜻)고 적시하고 있는 바, 2010.3.16 매매계약서에는 관련 특약이 존재하지 않고, 쟁점부동산의 토지는 2011.5.2. 매매를 원인으로 소유권 이전등기 되고, 건물은 2011.5.24. 증여를 원인으로 각각 소유권 이전등기 된 것이 등기부등본에 의해 확인되는 바, 같은 법 시행규칙 제72조 제2항의 규정에 따라 1세대1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다.

• 가. 쟁 점 ⓛ 양도소득세 과세 시 매매사례가액 적용이 적법한 것인지 여부

② 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하여 9억원 초과분에 대하여 양도소득세를 재계산하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단 (1) 소득세법제41조(부당행위계산) 제1항은 납세지관할 세무 서장은 배당소득, 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있고, 제98조(양도 또는 취득의 시기)는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 하고, 같은 법 시행령 제98조(부당행위계산의 부인)제1항 제4호는 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 30이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인을 특수관계인으로 하고, 제2항 제1호는 법 제41조에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말하고, 다만 제1호 내지 제3호 및 제5호(제1호 내지 제3호에 준하는 행위에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하는 경우로서 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때로 규정하고 있다. 한편 제162조(양도 또는 취득의 시기)제1항은 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 제1호에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일로, 제2호에서 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 규정하고 있다. (2) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서는 아래 <표1> 및 <표2>와 같다.

(3) OOO건설 등기사항전부명세서를 보면, 발행주식의 총수는 OOO,OOO주이고, 자본금은 OOO천원이며, 청구인은 2009.3.23. 대표이사로 취임하여 2010.6.30. 중임되었다가 2010.12.26. 사임(등기상 2011.1.6.)한 것으로 나타난다.

(4) 쟁점부동산의 매매예약계약서(2010.3.16.)는 아래와 같다.

(5) 청구인과 OOO건설 사이의 쟁점부동산매매계약서(2010.3.16.)의 주요내용은 아래와 같다. (6) 매도인 OOO건설과 매수인 강OOO 외1 사이의 부동산매매계약서(2011.5.31.)의 주요내용은 아래와 같다.

(7) 일반건축물대장을 보면, 청구인은 다가구주택 연면적 OOO.OO㎡에 대하여 1988.9.13. 소유권보존을 한 후, 1998.1.22. OOO건설에 소유권을 이전한 것으로 나타난다.

(8) 건축․대수선․용도변경 허가서(2011.5.27.)를 보면, OOO건설은 OOO구청장으로부터 쟁점토지에 연면적 OOO.OO㎡의 건축물 허가OOO를 득한 것으로 나타난다. (9) 쟁점ⓛ에 대하여 본다 청구인이 쟁점부동산의 매매계약 및 가등기설정당시인 2010.3.16. OOO건설의 대표이사로서 OOO건설과는 소득세법 시행령제98조 제1항 제4호의 규정에 따라 특수관계인에 해당하고, 쟁점부동산의 시가OOO와 거래가액OOO의 차액OOO이 OOO억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액OOO 이상으로 같은 법 시행령 제98조 제2항 제1호에 규정에 따라 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 것에 해당하여 부당행위계산부인 규정이 적용되어야 할 것으로서, 청구인이 제시한 부동산매매계약서(2010.3.16.)상 쟁점토지 대금에 대한 잔금일자가 불분명하고, 이에 대한 입증이 부족하며, 따라서 이 건 쟁점토지의 거래일은 등기접수일인 2011.5.2.이 되고, 이로부터 같 은 법 시행령 제167조 제5항의 규정에 따라 3월 이내인 2011.5.31. 매매계약이 체결된 쟁점매매사례가액의 (환산)시가인 OOO만원을 쟁점토지의 양도당시 시가로 적용할 수 있다고 보인다.

(10) 쟁점②에 대하여 본다. 이 건 청구와 달리 청구인은 현재 뉴질랜드 영주권자로서 청구인의 종합소득세 사건OOO에서는 청구인이 “비거주자”에 해당한다 하여 종합소득세 과세가 부당하다고 주장하고 있어 청구인이 국내거주자인지 불분명해 보이고, 거주자로 보더라도, 소득세법 시행령제154조 제1항의 규정에 따라 비과세되는 1세대 1주택의 판단은 양도일 현재를 기준으로 하고 있는 바, 매매특약이 있는 경우 계약일로 판단(국심 1999중2195, 2000.4.12. 같은 뜻) 할 수 있으나, 이 건은 2010.3.16. 매매계약서에 매매특약이 존재하지 아니 하여 매매계약일을 양도일로 볼 수 없다고 보이며, 쟁점토지는 2011.5.2. 매매를 원인으로, 그 지상 건물(주택)은 2011.5.24. 증여를 원인으로 OOO건설에 각각 이전된 바, 소득세법 시행규칙제72조 제2항의 규정에 따라 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도하는 경우에 해당하여 1세대 1주택에 부수되는 토지로 볼 수 없는 것(국세청 재일 01254-1931, 1992.7.28. 참고)으로 보인다. 따라서, 처분청이 청구인과 OOO건설이 특수관계인에 해당한다 하 여 부당행위계산부인 규정에 따라 쟁점매매사례가액 중 쟁점토지 해당분 OOO만원을 쟁점토지의 양도가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장에 이유가 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.