청구법인이 1999ㆍ2000사업연도 중에 재고자산평가방법을 신고한 사실이 없다고 보는 것이 타당하므로, 청구법인이 1999〜2010사업연도 중에 재고자산 평가방법을 저가법으로 신고한 사실이 있는 것으로 추정하고 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
청구법인이 1999ㆍ2000사업연도 중에 재고자산평가방법을 신고한 사실이 없다고 보는 것이 타당하므로, 청구법인이 1999〜2010사업연도 중에 재고자산 평가방법을 저가법으로 신고한 사실이 있는 것으로 추정하고 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
OOO지방국세청장이 2012.3.29. 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
(1) 청구법인은 최초 사업연도부터 1997사업연도까지는 상품․제품 의 기말재고는 선입선출법(원가법)으로, 원재료의 기말재고는 이동평균법(원가법)으로 평 가 하여 원가에 대체하는 방법으로 회계처리를 하였고, 1998사업연도부 터 2010사업연도까지는 IMF사태로 인한 기업개선작업(워크아웃) 과정에 서 채권단(금융기관 등)의 요청에 따라 재고자산이 순실현가치보다 하락 한 경우에 해당되어 저가법으로 평가하였다. 기말재고자산을 저가법으로 평가하여 발생한 손실액은 1998사업연 도 부터 2003사업연도까지는 ‘재고자산평가손실’이라는 계정과목으로 영 업외비용에 반영하였고, 2004사업연도부터는 ‘상품평가손실누계액’, ‘제품 평가손실누계액’, ‘원재료평가손실누계액’이라는 계정과목으로 당해 재 고 자산에서 직접 차감하는 방식으로 회계처리를 하였으며, 기말에 설정 된 재고자산평가손실누계액은 다음 사업연도에 판매가 실현된 경우에 환 입(차감)하는 방법으로 회계처리를 하였다. 청구법인은 설립시부터 2011.3.31.이전까지는법인세법의 규정 에 의한 재고자산평가방법신고서를 OOO세무서장에게 제출한 사실이 없 으므로법인세법의 규정에 따라 2010사업연도까지 선입선출법으 로 재고자산을 평가하여 세무조정을 하였어야 함에도 실무상 착오로 적 정한 세무조정을 하지 못하였고, 처분청은 청구법인의 1994․1995사 업연 도 및 1998사업연도에 대한 법인세 정기조사 결과, 청구법인이 1998 사업연도에 재고자산을 임의평가하였다 하여 OOO백만원을 익 금산입하여 경정한 사실이 있다. 한편, 처분청은 2012.2.24. 청구법인이 1999～2010사업연도 중 법인 세 신고와 관련하여 재고자산평가방법(변경)신고를 한 사실이 없다는 내용 의 질 의회신 공문을 청구법인에게 송달한 사실이 있다. 이와 같이 그동안 청구법인은 재고자산평가방법을 신고하지 아니하고 임의로 저가법에 의하여 재고자산을 평가하여 온 사실을 처분청과의 성실납세이행협약을 이행하는 과정에서 알게 되었고, 이에 따라 청구법인은 시효가 완성되지 않은 사업연도에 대하여 재고자산 임의 평가감액을 세무조정에 반영하여 2006～2008사업연도 및 2010사업연 도 에 대하여는 법인세 수정신고서를 OOO세무서장에 접수하고 해당 세액을 납부하였으며, 2009사업연도에 대하여는 법인세 경정청구서를 접수 하였으나, 처분청이 2012.3.29. 경정 청구에 대한 거부통지를 하였다. 관련 법령에 따르면, 법정기한 내에 재고자산의 평가방법을 신고하 지 아니한 경우는 물론 평가방법의 신고 여부를 알 수 없는 때에도 기말재고자산은 선입선출법으로 평가하도록 규정되어 있고, 위의 사실 관계에서 보는 바와 같이 청구법인은 2010년 이전에는 재고자산평가방법신고서를 관할OOO세무서장에게 제출한 사실이 없으며, 1999 사업연도부터 2010사업연도까지 청구법인이 재고자산평가방법을 신고하지 아니한 사실이 OOO세무서장의 질의회신문에 의하여 입증되고 있다. 또한, 처분청이 청구법인의 1994․1995사업연도 및 1998사업연도 에 대한 법인세 정기조사를 하는 과정에서 청구법인이 재고자산을 저가법으로 평가함에 따라 발생된 평가손실을 익금에 산입한 사실을 보더라도 1994사업연도 이전부터 청구법인이 재고자산평가방법을 관할 세무서장에게 신고하지 아니하였다는 사실을 알 수 있다. 따라서, 청구법인은 법인세법 시행령제74조 제4항에 따라 법인 세 과세표준 산정시 기말재고자산을 선입선출법으로 평가하였어야 함에 도 그동안 저가법으로 잘못 평가하였으므로, 이를 바로 잡고자 2006～ 2010사업연도에 대한 법인세과세표준 수정신고 및 경정청구를 한 행 위는 적법하다.
(2) 이 건 심판청구와 관련하여 처분청이 답변한 사항에 대하여 항 변을 하면 아래와 같다. (가) 처분청은 상장법인으로 회계감사 및 외부조정을 받고 있는 청구법인이 재고자산평가방법을 신고하지 아니하고 재고자산을 저가 법으로 평가하고 이에 대한 세무조정을 누락하였다는 주장은 신빙성 이 없다고 하나, 청구법인은 1997년 발생한 IMF사태로 인하여 의류업계 전체의 불 황과 계열사의 부도 등으로 인하여 재무상태의 악화를 극복하지 못하고 1998.12.1. 채권금융기관(OOO은행 등 46개)과 기업개선약정(워크아웃)을 체결하고 출자전환, 전환사채발행, 감자, 부동산 처분, 계열 회사 정리, 다수 종업원의 해고 등의 경영개선작업을 진행하였으 며 그 기간 동안 청구법인은 누적적자가 과다하게 발생되는 등 회사가 존폐위기에 처해 있었다. 이와 같이 장기적인 누적 이월결손금의 발생으로 재고자산 의 임의평가감액을 세무조정에 반영하더라도 납부할 세액에 영향을 미치지 아니하는 등 실익이 없었고, 그 당시에는 세무업무 담당직원의 감축 및 잦은 교체 등으로 인하여 정상적인 세무업무가 이루어지기 힘든 상황에 있었다. 처분청은 이러한 제반 사정을 고려하지도 아니하고 오직 청구법인 이 상장법인이라는 이유로 재고자산 임의평가감액을 세무조정에 반영 하지 아니한 것은 신빙성이 없다는 추상적인 주장을 하고 있다. (나) 처분청은 OOO세무서장이 2012.2.24. 청구법인에게 1999～2010사업연도 중 재고자산평가방법(변경)신고를 한 내역이 없다고 회신한 사실에 대하여, 동 회신내용은 문서보존기간(10년)이 지나버려 수동 문서접수대장의 확인이 불가하기 때문에 국세통합시스템으로 확인한 사실을 회신해 준 것으로, 2000년 이전의 신고내역은 확인할 수 없기 때문에 국세통합전산망으로 접수내역이 확인되지 아니한다는 취지로 회신한 것이라는 의견이나, 처분청의 논리대로라면, 청구법인은 2001년 이후에는 재고자산 평가방법을 신고한 사실이 없고, 1999년 또는 2000년 중 재고자산평 가방법을 신고하였을 것이라는 결과에 이르게 된다. 수동문서접수대장이 아닌 국세통합전산망으로 확인하였다 하여 과세관청이 공식적으로 발송한 문서의 증거능력이 없다는 처분청의 의견은 상식적으로도 이해할 수 없다. 청구법인은 1999년 처분청으로부터 세무조사를 받고 그 결과통지서를 같은 연도 말에 받았는 바, 세무조사결과통지를 받을 시점에는 이미 1999사업연도에 대한 재고자산평가방법신고기한(1999.9.30.)이 지났으므로 최소한 1999사업연도에 대한 재고자산평가신고는 물리적으로 하지 못하였을 것이 명백하다. 따라서, 청구법인이 재고자산평가방법을 신고하였다 하더라도 그 시기는 2000년 이후가 될 것이다. 만약, 2000년에 와서야 재고자산평가방법을 신고하였다면, 1999사업연도에 는 재고자산평가방법을 신고하지 아니한 것이므로 반드시 1999 사업연도에 대한 재고자산임의평가감액OOO에 대한 세무조 정을 하고 2000사업연도에는 다시 반대의 세무조정을 하였어야 할 것이나, 청구법인은 1999사업연도 법인세 수정신고를 한 바 없고, 2000사업연도에도 반대의 세무조정을 한 사실이 없다. 이러한 사실로 미루어 보더라도, 청구법인은 2000사업연도에는 재고자산평가방법을 신고하지 아니하였다는 사실이 입증되는 것이다. 국세청은 문서가 접수되면 관련 내역을 국세통합시스템에 기록 하여 관리하는 것으로 알고 있는 바, 청구법인이 재고자산평가신고 서 를 접수했다면 당연히 국세통합시스템에 그 기록이 남아 있어야만 하는 것 이다. 한편, 청구법인의 감가상각방법변경신고 여부에 대한 질의에 대하 여 OOO세무서장은 2012.8.14. 청구법인에게 “1999～2000사업연도에 대한 법인세 과세표준 신고와 관련하여법인세법에 의한 감가상각방법 변경신고를 한 사실이 있는지 여부에 대해 검토한 바, 1999사업 연도 에 대한 감가상각방법 변경신고가 2000.5.23. 접수번호 OOO로 신고되어 있음을 알려드립니다”라고 회신한 사실이 있다. 이와 같이 동일한 사업연도(1999년)에 대한 감가상각변경신고내역 이 확인되는 사실로 미루어 보더라도, 수동문서보존기간(10년)이 경과되 어 청구법인이 재고자산평가방법을 신고하였는지 여부를 알 수 없다는 처분청의 의견은 설득력이 없다. 또한, 재고자산평가방법의 신고내용을 확인할 수 없는 경우에는 국세청의 답변내용(국세청 고객만족센터 인터넷상담, 2011.11.4.)과 같 이 선입선출법으로 재고자산을 평가하여야 하는 것이므로, 처분청의 의 견과 같이 재고자산평가방법신고 여부를 알 수 없다고 가정하더라도, 선입 선출법으로 재고자산을 평가하여 세무조정을 한 청구법인의 경정청구 는 받아들여야 함이 타당하다. (다) 처분청은 2009년 청구법인에 대한 2004사업연도 법인세 통합조사를 실시하면서, 제품․상품의 평가감에 대한 문제점은 적출하지 아니하고 원재료평가감에 대하여만 익금에 산입한 사실로 미루어 볼 때, 청구법인이 1999년 세무조사 이후 저가법으로 재고자산평가방법을 신 고하였을 것으로 추정된다는 의견이나, 2009년 처분청은 청구법인의 2003～2007사업연도 법인세 통합조사 과정에서 2004사업연도 기말원재료평가감액에 대하여만 익금에 산입 한 것은 사실이지만, 청구법인이 2007사업연도말 현재 공제가능한 이월결손금 누적액이 OOO백만원에 달하였으므로, 재고자산 임의평가 증액을 익금에 산입하더라도 납부할 법인세가 산출되지 아니하므로 적출실익이 적어 조사담당자 등이 재고자산임의평가증액에는 관심을 두지 아니한 것으로 알고 있다. 실제로, 그 당시 2003～2007사업연도 재고자산임의평가감을 전액 익금에 산입하였다면 오히려 손금에 산입할 금액은 약 OOO억원이 발생되었을 것이다. 다만, 2004사업연도에 대한 재고자산 중 원재료평가감액이 OOO백만원이었음에도 OOO백만원만 적출한 이유는 원재료는 상품․제품과 달리 그 시가를 현행대체원가로 적용해서 평가해야했음에도 불구하고, 청구법인이 제품․상품과 같이 순실현가치로 평가한 것에 대한 시정이었던 것으로 짐작하고 있으며, 당시 조사담당자들은 청구법인 이 재고자산평가방법을 신고하였는지 여부조차 따져 본 사실이 없다. (라) 처분청은 청구법인이 10여년이 경과된 시점에서 이월결손금이 과다하게 발생되자 재고자산평가방법을 신고한 사실이 없다고 주장 하는 것은 문서보존기간의 한계로 처분청이 이를 입증하기가 어려운 점을 악용하여 조세부담을 부당하게 감소시키고자 하는 의도가 있는 것으로 보여진다는 입장이나, 청구법인과 처분청은 현재 ‘성실납세 이행협약’을 체결하고 이를 이행하고 있으며, 동 협약은 이를 체결하고 있는 청구법인에 대하여 처분청이 그 이행 사업연도에 대하여 세무조사를 하는 것에 갈음하여 제반 회계처리과정을 사전에 점검, 세무회계상의 문제점을 지적하거 나 세무자문을 하는 등의 방법으로 청구법인이 투명한 납세의무 이행을 하도록 함에 그 목적이 있다. 이러한 성실납세협약을 이행하는 과정에서 처분청은 청구법인이 기말재고자산평가방법을 신고하지 아니하고 임의로 재고자산을 저가법으로 평가하여 왔으므로, 시효가 소멸되지 아니한 2006～2010사업연도에 대하여 적정하게 세무조정을 한 후 수정신고 또는 경정청구를 하라고 권고한 사실이 있다. 이에 따라 청구법인이 2006～2010사업연도에 대한 재고자산임의 평가감에 대한 세무조정을 하여 법인세과세표준 수정신고서 및 경정청구서를 작성한 결과, 2009사업연도에는 OOO백만원의 환급세액이 발생되었고, 2010사업연도에는 OOO백만원의 납부할 세액이 발생되었
(1) 청구법인이 제출한 자료에 대하여 본다. (가) 청구법인의 대차대조표(재무상태표), 손익계산서, 재고자산평 가손실 회계처리 및 세무조정 내역 등에서 청구법인이 2006～2010사업연도 결산서에 계상한 재고자산평가손실 내역은 다음 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOOOOOO OO OO (OO: O) (나) 처분청의 세무조사결과통지서(1999년 12월)에 따르면, 조사대 상 사업연도는 1994․1995사업연도 및 1998사업연도이고, 처분청은 청구법인이 계상한 제품 및 상품의 임의평가손실 OOO백만원(재고자산평가감)을 익금산입한 사실이 나타난다. (다) OOO세무서장이 청구법인에게 송부한 ‘재고자산평가방법 변경신고내역 확인에 대한 회신’(2012.2.24.)에 따르면, 청구법인이 질의한 1999～2010사업연도에 대한 법인세 과세표준 신고와 관련하여법인 세법 시행령제74조 제3항에 의한 재고자산평가방법(변경)신고 여부에 대 하여 ‘신고내역 없음’을 알려드린다고 기재되어 있다. (라) 국세청고객만족센터 인터넷상담을 통한 질의 및 답변 (2011.11.4.)에 따르면, 재고자산의 평가방법을 당초 과세관청에 신고하지 아니한 경 우 (신고내용을 확인할 수 없는 경우 포함)에는 법인세법 시행령제74 조 제4항의 규정에 따라 선입선출법으로 재고자산을 평가하여야 할 것으 로 보인다고 기재되어 있다. (마) OOO세무서장이 청구법인에게 송부한 ‘감가상각방법 변경신고 내역 확인에 대한 회신’(2012.8.14.)에 따르면, 청구법인이 질의한 199 9～ 2010사업연도에 대한 법인세 과세표준 신고와 관련하여법인세법 에 의한 ‘감가상각방법 변경신고’를 한 사실이 있는지 여부에 대해 검토한 바, 1999사업연도에 대한 감가상각방법 변경신고가 2000.5.23. 접수번호 OOOO-OOO-OOOOOOO호로 신고되어 있음을 알려드린다고 기재되어 있으 며, 청구법인은 1999사업연도에 대한 감가상각변경신고내역이 확인되 는 사실을 근거로 수동문서 보존기간이 경과되어 청구법인이 재고자산 평가방법을 신고하였는지 여부를 알 수 없다는 처분청의 의견은 설득력이 없다고 주장하고 있다. (바) 청구법인의 2000사업연도 소득금액조정합계표 및 과목별소득금액조정명세서 사본에서 청구법인이 2000사업연도에 재고자산평가와 관련하여 세무조정을 한 사실은 확인되지 않으며, 청구법인은 이를 근거로 2000년에는 재고자산평가방법을 신고한 사실이 없다고 주장 하고 있다. (사) 그밖에 청구법인은 2009사업연도 월별 재고자산 회계전표, 청 구법인의 기업개선작업약정서(1998.12.1.) 사본, 연도별 이월결손금 발생 및 사용내역, 재고자산 세무조정으로 인한 유보소득 및 세부담 변경효과 분석표, 처분청의 ‘경정청구거부통지’(2012.3.28.), 성실납세이행 협약서(2010.12.27.) 등을 제출하였다.
(2) 처분청이 제출한 자료에 대하여 본다. (가) 처분청 소속 세무공무원이 작성한 청구법인의 경정청구에 대 한 법인세 경정청구 검토서(2012년 3월)의 주요내용은 다음 <표3>과 같
(3) 우리 원에서 2013.1.14. 처분청 및 OOO세무서장에게 요청한 조회 공 문[상임 심판관(4)-44]에 대한 OOO세무서장의 회신공문(OOOO-OOO, OOOOOOOOOO) 에는 청구법인이 1995∼2010사업연도 법인세 신고시 법인세법 시 행령제74조(재고자산의 평가)에 따라 재고자산평가방 법을 신고(변경신고)하였는지 여부에 대한 자료를 회신하고자 하였 으나, 2000년 이전 법인세신고서상의 신고내역은 문서보존기간(10년) 이 지나 확인할 수가 없고, 국세통합시스템(TIS웹 재고자산평가방법 목 록 조회 화면)으 로 1997∼2010사업연도 재고자산평가방법 신고 내역을 조 회한 바, ‘해당없 음’으로 확인되지만, 국세통합시스템이 구축되기 이 전인 1997년 이전의 내용에 대하여는 확인할 수 없음을 회신한다고 기재되 어 있다.
(4) 우리 원에서 2013.2.1. 국세청장 및 처분청에게 요청한 조회공문 [상임 심판관(4)-69]에 대한 처분청의 회신공문OOO 에 첨부된 ‘국세청민원봉사실 설치 및 민원사무처리규정’(1997.3.1. 국세청훈령 제1272호로 개정된 것) 사본에 따르면, 제9조(민원서류의 이송) 제1항에는 민원사항에 관한 서류(민원서류로 전산코드가 지정된 서류를 말함)는 민원봉사실에서 민원관리의 ‘민원 사무 접수입력 및 증명민원 전산발급’ 화면을 이용하여 전산입력 접 수함을 원칙으로 한다고 규정되어 있고, 제21조(주무과에서 처리하 거나 활용하는 일반민원의 처리)에는 민원봉사실장은 ‘주무과에서 처리하거 나 활용하는 일반민원’(별표2)이 제출되면 전산입력 접수하여 주무과로 이송하고, 주무과에서 이를 처리하거나 활용한다고 규정되어 있으며, [별표2](주무과에서 처리하거나 활용하는 일반민원)에는 ‘재고자산등 평가방법(변경)신고’에는 전산코드 ‘D-1-009’가 부여되어 있는 것으로 나타난다.
(5) 살피건대, 처분청은 청구법인이 1999년 세무조사결과통지 이후 에도 계속하여 법인세 신고시 세무상 재고자산을 저가법으로 평가하 여 왔고, 2008년 세무조사시 재고자산의 저가평가를 정당한 것으로 인정 받은 점 등의 정황으로 볼 때, 청구법인이 1999년 세무조사 이후 재 고자산평가방법 신고절차를 이행하였을 것으로 추정된다는 의견이나, 처분청은 청구법인의 1994․1995 및 1998사업연도 법인세 세무조 사 결과, 청구법인이 계상한 제품 및 상품의 임의평가손실(재고자산 평가 감)을 익금에 산입하여 경정한 사실이 나타나므로, 1998사업연도 이전에는 청구법인이 재고자산평가방법을 신고한 사실이 없는 것으로 보여지 고, 처분청은 문서보존기간(10년)이 지나 청구법인의 2000년 이전 법인세 신고서상의 재고자산평가방법 신고내역을 확인할 수 없다는 의견이므로, 결국, 2001년 이후에는 청구법인이 재고자산평가방법을 신고한 사실 이 없다는 것을 인정하는 것으로 보이는 바, 만약 처분청의 의견과 같이 청구법인이 재고자산평가방법을 신고하였다면, 1999사업연도 또는 2000사업연도에 재고자산평가방법을 신고하였을 것으로 보여지며, 처분청이 송부한 ‘국세청 민원봉사실 설치 및 민원사무처리규 정’ (1997.3.1. 국세청 훈령 제1272호로 개정된 것)에 따르면, 1997.3.1.부터 재고자산 등 평가방법(변경)신고 관련서류는 전산코드가 부여되어 민 원관리의 ‘민원사무 접수입력 및 증명민원 전산발급’ 화면을 이용하여 전산입력을 통하여 접수함을 원칙으로 한다고 규정되어 있는 바, 청 구법인이 1999 또는 2000사업연도에 재고자산평가방법을 신고하였다면, 이는 국세통합시스템에 당연히 기록되어 있어야 할 것이나, 청구법인 소재지의 관할OOO세무서장이 청구법인과 우리 원에 회신 한 공문에 따르면, 국세통합시스템(TIS웹상 청구법인의 재고자산평가방 법 목록조회 화면)에는 1997∼2010사업연도 재고자산평가방법 신고내역 이 ‘해당없음’으로 확인된다고 기재되어 있는 점, 처분청은 청구법인이 재고자산평가방법을 신고하였을 것이라고 추측만 하고 있을 뿐, 이에 대한 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 1999․2000사업연도 중에 재고자산평가방법을 신고한 사 실은 없다고 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서, 청구법인이 1999～2010사업연도 중에 재고자산평가방법을 저가법으로 신고한 사실이 있는 것으로 추정하고, 청구법인의 경정청구 를 거부한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본 법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.