종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3의 감면 대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1984.12.27. OOO동 470-125 토지를 취득하였다가 주택재개발사업으로 위 토지의 지상에 신축하여 2001.6.23. 임시사용 승인받은 OOO 110동 905호 아파트(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.7.4. 양도한 후, 신축주택의 취득일을 2001.7.30.로 보아 신축주택을 5년 내 양도한 것으로 보고, 신축신 택 취득 전 발생한 양도소득금액을 포함한 양도소득금액에 대해조세특례제한법제99조의3 제1항(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)을 적용하여 100% 감면 신청하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 신축주택 양도소득금액감면에 대한 특정감사를 실시하여, 청구인의 신축주택 취득일을 임시사용승인일인 2001.6.23.로 하여 신축주택을 취득한 날부터 5년 이후에 양도한 것으 로 보고 또한 청구인의 신축주택 취득 전 양도소득금액을 양도소득에서 제외하도록 하여 처분청에 감사지적하였고, 이에 처분청은 2012.5.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였으며, 2012.6.20. 신축감면 토지보유 조합원 감면세액을 재계산하여 위 OO,OOO,OOO원에서 OOO원을 직권으로 감액경정하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 1) 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호에서는 자기가 건설한 건축물의 취득일로서 사용검사 전에 사실상 사용한 경우에는 그 사실상 사용일을 건축물의 취득시기로 보고 있는바, 청구인의 신축주택 취득일자는 신축주택 입주일인 2001.7.30.이고 집합건축물대장에 의하면 신축주택의 사용승인일은 그 이후인 2003.9.6.이므로, 신축주택은 입주일인 2001.7.30.로부터 5년 이내(2006.7.4.)에 양도되었으며, 재정경제부의 간추린 개정세법(2000년) 및 판례(대법원 2008두 2101, 2008.6.12.), 신축주택 양도소득세 감면신청서(2008.2.30. 개정)의 작성요령 등에 의하면, “신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”이라 함은 신축주택 취득 전 양도소득금액도 포함하여 신축주택을 양도함으로써 발생한 양도소득 전체를 의미한다 할 것이므로 신축주택의 양도소득금액에 대한 양도소득세는 신축주택 취득 전 양도소득금액을 포함하여 전액 감면되어야 하고, 이에 반하는 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20., 부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 근거한 과세처분은 조세법률주의, 신의성실의 원칙 및 소급과세금지원칙에 반한다.

(2) 설령, 신축주택의 취득일이 2001.6.23.(임시사용승인일)로서 그로부터 5년이 지난 후 양도된 것이라 하더라도, 신축주택 취득 전 양도소득금액을 포함하여 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼야 하는바, 신축주택은 청구인이 환지처분으로 취득한 것이고, 환지처분으로 취득한 토지의 취득시기는 환지 전 종전토지의 취득일로 한다는도시개발법제32조 제1항, 제40조 제1항, 제42조 제1항, 소득세법 시행령제152조 제1항, 제162조 제3항과 한연호 저 2009년 양도소득세 정석편람(제256면)의 “재개발정비사업조합의 신축주택의 취득시기에 대하여 관리처분인가일 현재 토지만을 소유한 조합원일 경우 토지는 환지에 해당되므로 당초 토지의 취득시기이지만, 건물은 자기가 건설한 건축물의 취득시기에 따름”이라는 내용에 의하면, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식 중 분자 및 분모에 적용하여야 할 ‘취득당시 기준시가’는 종전토지의 취득당시 기준시가에 신축주택 취득당시 기준시가 중 건물분을 합한 금액이 되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조의3 제1항 제2호에서 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 있어 대상이 되는 주택으로서 “신축주택 취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택”이라고 규정하고 있으므로, 신축주택 취득일을 임시사용승인일인 2001.6.23.으로 하여 양도소득세 감면세액을 산정하는 것이 타당한바 청구인은 신축주택을 취득일부터 5년이 지난 후에 양도한 것이고,조세특례제한법제99조의3은 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 조항으로 신축주택을 취득 후 양도 시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면해 주는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니어서,조세특례제한법제99조의3 제1항 본문의 문언에 따라 신축주택 취득일 전 양도소득을 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 과세한 처분은 정당하다. (2)조세특례제한법제99조의3 및 동법 시행령 제40조 제1항의 산식에 따라 신축주택에서 발생한 감면소득금액을 계산할 때 감면대상 자산 전체에서 발생한 양도소득금액 중 신축주택 취득 후 5년 이내 발생한 양도소득금액을 산출하여야 하므로, 분모는 양도 자산 전체의 기준시가 변동내용이 반영되어야 하고, 분자는 신축주택 취득 후 양도시까지의 기준시가 변동내용이 반영되어야 하므로, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 양도 주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하여 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 신축주택이 취득일로부터 5년 이내에 양도되었다는 청구주장의 당부

② 조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면시 신축주택 취득 전 양도소득금액도 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) OOO구청장이 작성한 신축주택의 임시사용승인서(2001.6.23.)에 의하면, “사용승인 구분: 주택건설사업 임시사용승인, 임시사용승인기간: 2001.6.23.∼2003.5.30.”으로 되어 있고, 청구인이 제출한 관리비선수금 납입 영수증, 입주증을 보면, 관리선수금 납입일 및 입주일이 2001.7.30.으로 되어 있으며, 무통장입금증 2매를 보면 ‘조합잔금’, ‘불하대금’이라고 각 기재되어 있고, OOO은행 OOO지점의 2001.7.30.자 출납영수증이 날인되어 있으며, 집합건축물대장에 의하면 신축주택의 사용승인일은 2003.9.6.인 것으로 나타난다.

(2) 국세청의 2009.1.20.자 예규(재산세과-227)에 의하면, 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 되어 있고, 2010.5.18.자 예규(부동산거래관리과-708)에 의하면, 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다고 되어 있으며, 2011.2.10.자 예규(부동산거래관리과-127)에 의하면, 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이라고 되어 있다.

(3) 청구인은 주장사실을 입증하기 위한 자료로 구조조정대상 부동 산 등 세액감면신청서 서식, 양도소득세 정석 편람 제256쪽(한연호 저) 등을 제시하였다. (4)조세특례제한법제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택 또는 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우에는 신축주택 취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항은 그 산식으로 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가-취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가-취득당시의 기준시가)}를 규정하고 있으며, 동 시행령 제99조의3 제6항은 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용하도록 하고 있고, 제99조 제4항은 양도소득세 감면신청시 제출하여야 할 서류 중 하나로서 사용승인일 또는 사용검사일(임시사용승인일)을 입증할 수 있는 증빙서류를 규정하고 있다.

(5) 위와 같은 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 신축주택이 취득일로부터 5년 이내에 양도되었다는 청구주장의 당부(

①)에 관하여 보면, 청구인은 사실상 사용일(2001.7.30.)을 취득일로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 조세특례제한법제99조의3 제1항 제2호에서 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 있어 대상이 되는 주택으로서 “신축주택 취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택”이라고 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령제99조 제4항에서도 양도소득세 감면신청시 제출서류로서 임시사용승인일을 입증할 수 있는 증빙서류를 규정하고 있는바, 임시사용승인일을 신축주택의 취득일로 보아 그로부터 5년 이후에 양도되었다고 본 과세처분에 잘못이 있다고 보기는 어려운 것으로 판단된다.

(6) 다음으로 조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면시 신축주택 취득 이전에 발생한 양도소득금액도 감면하여야 한다는 청구주장의 당부(쟁점②)에 관하여 살펴보면,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상이 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이며, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적이라고 판단되는 점 등을 종합할 때 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. 또한, 청구인은 신축주택 취득 전 양도소득금액은 감면소득금액에 해당되지 않는다는 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 근거한 과세처분은 조세법률주의, 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 반한다고 주장하나, 명문의 규정에 따라 과세한 본 건 처분이 조세법률주의에 위배된다고 보기는 어렵고, 본 건의 경우 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없어 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.