금융증빙을 불비한 폐기물처리비용 등의 공사대금은 필요경비로 인정할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.7.7. OOO 전 262㎡, 1006-1 전 2,066㎡, 합계 2,328㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 2008.8.28. 제2자유로 도로개설공사(지방도 357호선) 용지로 한국토지주택공사에 협의양도한 후, 2008.10.31. 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율 60%를 적용하여 처분청에 2012.3.15. 양도소득 과세표준 신고 및 2008년 귀속 양도소득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원을 자진납부 하였다. 나. 청구인은 2012.1.4. 쟁점토지가 비사업용토지에 해당하지 아니하므로 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여야 하고, 폐기물처 리비용 OOO원을 필요경비로 공제하여 양도소득세 OOO,OOO,OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 환급해 줄 것을 요구하는 경정청구를 제기하였다. 다. 처분청은 쟁점토지가 수용토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전이고 취득일이 사업인정고시일로부터 5년 이전인 토지에 해당하므로 비사업용토지에 해당하지 않는다고 보아 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하는 것이 타당하나, 폐기물처리비용 OOO원(이하 “쟁점경비”라 한다)은 금융증빙 등이 불비하여 신빙성이 없다고 보아 필요경비로 인정하지 아니하고 2012.3.15. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 환급결정하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.12. 심판청구를 제기 하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 환급결정하면서, 쟁점경비에 대하여는 거래상대방이 매출액으로 계상한 사실이 확인되지 아니한다는 등의 이유로 감액경정을 하지 않았으나, 거래상대방의 매출액 신고 여부는 이 건의 사실판단과 관련이 없고, 공사대금(폐기물처리비용 및 전을 대지로 바꾸는 성토작업비)은 2001.12월부터 2002년도 중에 10회에 걸쳐 지급한 사실이 우체국 통장내역 등에 의해 확인되며, 10년이 지나고 은행의 증빙 보존기한이 경과한 시점에서 필요경비의 적정 여부에 대한 입증책임은 처분청에 있는 것인 바, 쟁점토지 지상에 폐기물이 있었다는 것은 경정청구 처리당시 조사공무원도 인정하였으며 다만 처리비용과 거래당사자가 불분명하여 이를 인정할 수 없다고 하였으나, 거래당사자에 대하여는 세무서에서 확인할 사안이고 처리비용 문제는 현재 구청에서 자비를 들여 처리하고 있기 때문에 구청을 통하여 톤당 가액을 계산하여 대지면적을 계산하면 청구인이 주장하는 필요경비의 적정 여부를 판단할 수 있으므로 쟁점경비를 필요경비로 공제하여 양도차익을 산정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 산업폐기물처리 등으로 발생한 쟁점경비에 대하여 토지 취득 후 인근 사업자들이 무단폐기한 폐기물처리비용으로 인정해 줄 것을 주장하나, 세금계산서 사본 및 대금수령확인서 외에 공사대금 지급관련 증빙 서류를 제출하지 못하고 있으며, 청구인이 증빙으로 첨부한 세금계산서상의 공급자인 OOO건설(OOO) 은 부가가치세 및 소득세 신고내역이 확인되지 아니하고 공사계약서 등 관련 증빙서류도 없으므로 부당공제 혐의가 있는 것으로 판단되므로 쟁점경비를 필요경비로 인정하지 아니하고 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 폐기물처리비용 OOO원(쟁점경비)을 필요경비로 공제할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 소득세법제97조 제1항은 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다고 규정하면서 제1호에서 취득가액, 제2호에서 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것을 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제163조 제1항 제1호에서는 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액을 규정하고 있다. (2) 처분청의 조사보고서에 의하면, 청구인이 쟁점경비의 지출 증빙으로 제출한 세금계산서상의 공급자는 부가가치세 및 소득세 무신고자이며, 토지 취득 후 무단폐기물 처리비용이 취득가액의 130%로 과다하고, 청구인은 2001년 당시 통장거래내역을 소지하고 있었음에도 그 당시 수시로 여러 건이 입출금되어 해당 건을 알 수가 없다는 이유로 금융자료를 제출하지 아니하였으며, 세금계산서 발행자인 OOO 건설의 대표자 OOO 에게 공사대금 관련 공사계약서 등의 증빙제출을 요구하였으나, 회신이 없고 연락처가 확인되지 아니하여 연락이 불가하였으며, 당시(2001.12.30.) 폐기물이 있었는지 여부를 확인하기 위하여 OOO 시청에 항공영상을 공문으로 요청하였으나, 2006도 이전 항공사진은 촬영하지 않았음을 회신한 것으로 기재되어 있다.

(3) 청구인은 쟁점경비를 지출한 증빙으로 OOO 우체국의 금융거래명세조회표, 세금계산서, 공사진행 및 대금수령확인서 등을 제출하므로 이에 대해 살펴본다. (가) 청구인은 공사대금을 2001.12월부터 2002년도 중에 10회에 걸쳐 지급한 사실이 우체국 통장내역 등에 의해 확인된다고 주장하면서 아래 <표1>과 같이 OOO 우체국의 금융거래명세조회표를 제출하고 있는 바, 적요란에는 수신자 고유번호가 기재되어 있으나, 각각 상이하고 예금주가 확인되지 아니하여 쟁점경비 1억780만원이 OOO 건설 OOO 에게 지급되었는지 여부도 확인되지 아니한다. (나) 청구인은 쟁점경비(OOO원)를 지출하고 아래 <표2>와 같이 세금계산서를 수취하였음을 주장하나, 세금계산서의 공급받는 자 난에 청구인의 사업자등록이 기재되어 있지 아니하고, 동 세금계산서가 부가가치세 신고시 처분청에 제출되지 아니한 것으로 확인된다. (다) 청구인이 쟁점경비를 지출한 증빙으로 제출한 이OOO의 2009.4.21.자 확인서에 의하면, 이OOO은 2001년 12월 경기도 법곳동 1006-1에서 폐기물처리 및 복토작업을 원할히 진행하였으며, 작업비를 10회에 걸쳐 현금 및 수표로 수령하였음을 인감증명서를 첨부하여 확인하고 있다.

(4) 살피건대, 청구인은 공사대금을 2001.12월부터 2002년도 중에 10회에 걸쳐 이OOO에게 지급하였음을 주장하면서 OOO우체국의 금융거래명세조회표 등을 제출하고 있으나, 청구인이 제출한 OOOO우체국의 금융거래명세조회표에 의하면, 적요란에 수신자 고유번호가 각각 상이하고 예금주가 기재되어 있지 아니한 점, 쟁점세금계산서에 공급받는 자의 사업자등록이 기재되어 있지 아니하고, 부가가치세 신고시 처분청에 제출되지 아니한 것으로 확인되는 점 등으로 볼 때, 쟁점금액을 2001.12월부터 2002년도 중에 10회에 걸쳐 지급하였다는 청구인의 주장을 그대로 받아들이기는 어려운 것으로 보인다. 따라서 처분청이 쟁점금액을 필요경비로 인정하지 아니하고 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.