조특법 제99조에 따른 양도소득세 감면대상 소득은 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1982.12.28. 취득하였던 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 1999.4.16. 취득한 같은 동 같은 번지 OOOOO OOO-OOOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.4.3. 양도하였으며, 그에 따라 발생한 양도소득 OOO원에 대하여조세특례제한법(이하 “조특법” 이라 한다)제99조에 의하여 양도소득세가 전액 감면되는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 서울지방국세청장의 감사지적(현지시정)에 따라 종전주택취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해서는 조특법 제99조에 의한 양도소득세 감면이 적용되지 아니하는 것으로 보아 감면소득금액을 OO,OOO,OOO원으로 재계산하고 2012.3.16. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.10. 이의신청을 거쳐 2012.6.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 신축주택을 양도한 이후 조특법 시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세 감면 등] 및 같은 법 시행규칙 [별지 제37호 서식]에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산한 결과 양도소득 전액(OOO원)이 이에 해당하는 것으로 보아 신고하였음에도 위 서식에서 동일한 금액을 사용하게 되어 있는 취득당시 기준시가에 대하여 처분청에서는 분모는 종전주택의 취득당시 기준시가를, 분자는 신축주택의 취득당시 기준시가를 각각 적용하여 이 건 과세를 하였는바, 이는 국민의 재산권 침해를 방지하고 법적 안정성을 도모하고자 하는 조세법률주의에 반하는 처분이므로 경정․고지된 세액은 이를 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도되는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도 소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우므로 감면대상 소득은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대 해석할 수 없다고 할 것이다.

• 가. 쟁 점 신축주택취득기간 중 취득한 주택의 양도에 따른 양도소득금액 중 양도소득세 감면대상 소득이 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득인 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 종전주택과 신축주택 분양계약서, 신축주택 등기부등본․건축물대장, 청구인의 양도소득세 신고서 및 구조조정대상부동산등 세액감면신청서, 처분청의 양도소득세 경정결의서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1982.12.28. OOO원(실지거래가액)에 취득한 종전주택을 OOO원을 부담하고 재건축하였으며, 신축주택이 1999.4.16. 사용승인되자 2006.4.3. 이를 OOO원에 양도하였는데, 신축주택의 양도에 따라 OOO원의 양도소득이 발생하였다. (나) 청구인은 양도소득세 감면대상 소득금액을 아래 산식과 같이 취득당시 기준시가를 OOO원으로 하고 이를 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(OOO원) 및 신축주택 양도당시 기준시가(OOO원)에 차감한 금액을 각 분자와 분모로 하고 이에 양도소득금액을 곱하여 계산한 결과 양소득금액 전액이 감면대상인 것으로 하여 양도소득세 0원을 신고하였다. (다) 이에 대하여 처분청은 아래 산식과 같이 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(OOO원)에서 신축주택 취득당시의 실제 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을 분자로, 신축주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을 분모로 하고, 이에 양도소득금액을 곱하여 감면소득금액을 OOO원으로 산출하였다.

(2) 살피건대, 청구인은 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득전까지 발생한 양도소득금액을 포함한 신축주택 양도에 따른 양도소득금액 전액이 양도소득세 감면대상인 것으로 계산하여 신고를 한 것이고, 처분청은 이 중 신축주택 취득 후 5년간 발생한 양도소득만을 양도소득세 감면대상인 것으로 보아 과세를 한 것인바, (가) 조특법 제99조 제1항은 거주자가 1998.5.22.～1999.6.30. 기간 중 사용승인된 재건축주택 등의 신축주택을 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전액 감면하고, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있는데, 같은 법 시행령 제99조 제1항 및 제40조 제1항은 위 법에서 규정한 신축주택 취득후 5년간 발생한 양도소득금액을 아래의 산식에 의하여 계산하도록 규정하고 있다. <감면대상 소득금액 계산식> {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (나) 따라서, 조특법 제99조 제1항의 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 신축주택 취득전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이며, 이러한 명문의 규정내용상 위 조특법 제99조의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시 기준시가이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 할 것이므로, 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산하여 과세한 처분은 타당하다고 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.