조세특례제한법 제99조의3은 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 감면대상으로 규정하고 있음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1985.1.1. 취득한 OOO주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 주택재개발사업에 의하여 멸실하고, OOO시 OOO(전용면적 114.85㎡, 임시사용승인일 2001.12.3., 이하 “신축주택”이라 한다)를 2004.11.10.(등기부등본 접수일자) 취득한 후 2006.9.21. 양도하면서 2006.10.31. 신축주택 감면 100%를 적용받는 것으로 하여 해당 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에 따라 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면부인하여 2012.4.25. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법」제99조의3의 신축주택 양도소득세 감면과 관련하여 종전주택에 대하여는 감면을 배제한다는 새로운 예규(재산세과-227)가 2009.1.20. 생산되었는바(같은 법 시행령 제40조의 내용 중 분모의 취득당시 기준시가와 분자의 취득시 기준시가를 적용할 때 각각 다르게 적용한다는 내용의 언급이 없는 상태에서 양도소득세를 신고를 할 때 분모와 분자를 동일한 내용으로 보아 신고․납부하여 왔음), 세무행정의 일관성을 위해서는 동 시점 양도분부터 적용하여야 하고, 이를 2006년에 양도한 청구인의 신축주택에 소급적용함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있고, 같은 조 제1항에서 “5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다”라고 규정하고 있으므로 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당한다고 볼 수 없고, 소득세법 시행령제166조 제2항에서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 관리처분계획인가 전의 양도차익과 관리처분계획인가 후의 양도차익을 구분계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있음에 비추어 보면,조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택 준공일부터 양도일까지의 양도소득을 의미한다고 할 것이다. 또한 신축주택 감면에 대한 예규를 변경하여 과세함은 소급과세금지 및 신의성실원칙에 위배되는 것이라고 주장하나, 종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확하게 답변하지 아니하여 소급과세나 신의성실의 원칙에 위배되지 아니하고, 신축주택의 취득일로부터 5년 내 양도한 양도소득금액만을 감면한다는 법령에 따라 적정하게 신고․납부한 납세자도 다수 있어 과세형평에 비추어서도 이 건 처분은 정당하다(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9. 참조).

• 가. 쟁 점 종전주택을 보유하다 재건축으로 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1985.1.1. 취득한 종전주택을 주택재개발사업에 의하여 멸실하고 신축주택을 2004.11.10.(등기부등본 접수일자) 취득한 후 2006.9.21. 양도하면서 해당 양도소득세를 신고한 것으로 심리자료에 나타나는데, 관련 증빙은 아래와 같다. (가) 매도인인 OOO시 OOO구역 주택재개발조합 조합장 OOO과 매수인인 청구인 간에 1999.12.11. 작성한 관련 공급계약서에는 조합이 조합원인 청구인에게 신축주택을 조합원권리가액 OOO원에 공급하기로 계약한 내용이 나타난다. (나) 매도인인 청구인과 매수인 OOO이 2006.7.7. 계약한 신축주택 양도 관련 매매계약서에는 매매대금이OOO만원(계약시 계약금 OOO)으로 기재되어 있고, 신축주택 등기부등본에는 청구인이 2004.11.10. 소유권보존으로 신축주택을 취득하여 2006.9.21. 양도한 것으로 나타나며, OOO시 OOO이 신축주택에 대하여 2001.12.3.부터 2002.12.2. 까지 임시사용을 승인한 것으로 나타난다. (다) 청구인의 양도소득세 신고내역에는 청구인이 신축주택의 양도차익을OOO)으로 산정하였는데, 그 양도차익은 취득일(1985.1.1.)로부터 관리처분일(1998.11.18.) 사이의 양도차익금액과 관리처분일로부터 양도일 사이의 양도차익을 산정하여 합한 것으로 나타나며, 장기보유특별공제를 제외한 양도소득금액 100%를 감면받는 것으로 해당 양도소득세를 신고하였다. (2)조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 제1항에 의하면, 법에서 규정한 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있다.

(3) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 보면,조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)은 신축 국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있는 점, 같은 법 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 같은 법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 해석하는 것이 타당하다 하겠다(조심 2012서2309, 2012.6.25. 외 다수, 같은 뜻). 또한, 청구인이 제시한 증빙에 의하여 과세관청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 같은 법 제99조의3에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다는 공적인 견해표명을 한 사실도 불분명하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.