국세부과제척기간이 만료된 사업연도의 손금 누락분에 대한 경정 불가함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 OOO 도매 및 무역업을 사업목 적 으로 하여 2004년 5월 서울특별시 OOO에서 설립 된 법인으로 2011년 10월 서울특별시 OOO로 법인소재지를 이전하였고, 아래 <표1>과 같이 2004～ 2007사업연도에는 각 OOO원의 결손금이 발생한 것으로, 2008～2010사업연도에는 각사업연도 소득금액에서 각 OOO원을 이월결손금으로 공제하여 법인세 신고를 하였다.
• 나. OOO세무서장은 청구법인이 2004사업연도에 OOO인 OOO(이하 OOO이라 한다)에 대한 현물출자액 OOO원(이하 “쟁점ⓛ금액”이라 한다)을 매출누락으로 보아 동 금액을 익 금산입 유보 처분하여 결손금 OOO원 전액을 감액한 후 과세표준을 OOO원으로 산정하여 2007.5.17. 청구법인에게 2004사업연도 법인세OOO원을 경정‧고지하였고, 2005사업 연도에 OOO에 대한 현물출자액 OOO원(이하 “쟁점

② 금액”이라 한다)을 매출누락으로 보아 2006.6.10. 동 금액을 익금산입 유보 처분하여 결손금 OOO원을 감액하였으며(납부세액은 발생하지 않음, OOO세무서장의 위 법인세 경정처분을 이하 “당초 경정”이라 한다), 처분청은 당초 경정에 따라 공제대 상 이월결손금이 감소되었음에도 청구법인이 이를 반영하지 아니함으로 써 2009‧2010사업연도에 이월결손금이 과다하게 공제되었다는 OOO국세청장의 감사지적에 따라 2009‧2010사업연도의 이월결손금 공제액을 각 OOO원으로 하여 2011.12.9. 청구법인에게 법인세 2009사업연도분 OOO원 및 2010사업연도분 OOO원을 각 경 정 ‧고지하였고, 청구법인에 대한 법인세 경정내역은 아래 <표2>와 같다.

• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.29. 이의신청을 거쳐 2012.6.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 사업의 원활한 운영을 위하여 2004.6.18. 미화 OOO를 투자하여(100% 지분) OOO인 OOO”이라 한다)를 설립한 후 OOO를 생산하여 중국 등에 수출하는 사업을 영위하였는데 OOO세무서장이 매출누락으로 본 부분은 청구법인이 OOO에 현물 출자한 것이고, 현물출자 사실은 OOO에서 발행한 해외직접투자신고서와 현물투자명세표 및 매입당시 청구법인의 장부와 전표에 상품으로 계상하지 않고 기계장치로 계상하였다가 OOO 에 발송한 시점에 기계장치를 출자금으로 대체한 사실에 의하여 확인되므로 현물출자를 매출누락으로 보아 과세한 처분은 부당하다. 설령, 현물출자 금액을 매출누락으로 본 것이 타당하다 하더라도 현물 출자한 기계장치의 매입에 소요된 금액은 대응원가로 손금에 산입하여야 하고, 기계장치의 장부가액을 손금산입하게 되면 결국 동일한 금액이 익금과 손금에 산입되게 되어 당초 신고내용과 차이가 없으므로 이 건 법인세 부과처분은 취소되어야 한다. 처분청은 2005년 부가가치세 신고서상 고정자산 매입액이 OOO원으로 청구법인이 주장하는 기계장치 매입액 OOO원과 차이가 있다는 의견이나, 부가가치세 신고당시 세무대리인의 업무미숙으로 매입‧매출 위주로 집계함으로써 고정자산으로 계상하여야 할 금액을 제대로 파악하지 못하였기 때문이고, 고정자산 매입으로 신고하지 않았다고 하여 손금으로 인정할 수 없다는 것은 부당하며, 처분청은 2005사업연도 계정별 원장(기계장치)상 주식회사 OOO으로부터의 매입액은 OOO원이나 출자금 대체액은 OOO원이고, 주식회사 OOO 매입액은 OOO원이나 대체액은 OOO원이며, OOO주식회사 매입액은 OOO원이나 대체액은 OOO원이고, OOO주식회사 매입액은 OOO원이나 대체액은 OOO원으로 되어 있는 것으로 볼 때 기장내용에 신빙성이 없다는 의견이나, 2005.12.13. 현물출자분 기계장치를 출자금계정에 대체할 때 2005.2.28. 주식회사 OOO으로부터의 매입액 OOO원을 주식회사 OOO의 매입분으로 착오 기재하였고, 2005.9.30. OOO주식회사 매입액 OOO원을 OOO주식회사의 매입분으로 착오 기재함에 따른 것이며, 전체를 대조하여 보면 기계장치 매입액과 출자금 대체액이 일치함을 알 수 있는바, 현물출자 사실과 출자금 대체액의 실질이 중요함에도 비고란에 매입처를 착오 기재한 것을 사유로 장부를 신뢰할 수 없다고 본 것은 부당하므로 기계장치의 매입액을 손금 인정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 자신에게 출자한 것이 아니라 청구법인의 OOO에 현물출자하기 위하여 기계를 제작(조립)하여 수출한 것이므로 청구법인의 매출로 봄이 타당하고, 청구법인의 2005년 부가가치세 신고서상 고정자산 매입액은 OOO원이나 청구법인이 주장하는 기계장치 매입액은 OOO원으로 차이가 있는 점, 2005사업연도 계정별 원장(기계장치)상 주식회사 OOO으로부터의 매입액은 OOO원이나 출자금 대체액은 OOO원이고, 주식회사 OOO 매입액은 OOO원이나 대체액은 OOO원이며, OOO주식회사 매입액은 OOO원이나 대체액은 OOO원이고, OOO주식회사 매입액은 OOO원이나 대체액은 OOO원으로 되어 있는 것으로 보아 기장내용에 신빙성이 없는 점, 청구법인은 2005사업연도에 현물 출자한 기계장치의 제작‧매입비용에 대하여 모두 세금계산서를 발급받았고, 2005사업연도 법인세 신고시 제출된 소득금액조정합계표의 익금산입(손금불산입) 항목에 접대비 OOO원, 잡손실 OOO원만 확인될 뿐 기계장치의 제작‧매입을 위하여 지출된 비용은 손금불산입된 사실이 없어 당해 사업연도에 모두 손금에 산입한 것으로 보이는 점으로 볼 때, 현물 출자한 기계장치의 매입에 소요된 금액을 대응원가로 손금에 산입하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없다.

• 가. 쟁 점

① 2009.12.31. 법률 제9898호로 법인세법 제13조 제1호 후문이 신설된 후에도 국세부과제척기간이 만료된 2004‧2005 사업연도의 결손금을 재계산하여 그 후 각 사업연도의 소득에서 이월결손금으로 공제할 수 있는지 여부

② 청구법인이 2004‧2005사업연도에 OOO에 기계장치 를 현물 출자한 것을 매출누락으로 보아 과세한 처분의 당부

③ 현물출자를 매출누락으로 보더라도 동 기계장치 매입액을 대응원가로 보아 손금 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 조회자료에 의하면, OOO세무서장은 2007. 5.17. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 OOO원을 경정‧고지하 였고, 청구법인은 2007.5.30. 동 법인세를 납부한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인은 OOO세무서장이 2004‧2005사업연도에 매출누락한 것으로 본 것은 상품을 매출한 것이 아니라 OOO에 현물출자하기 위하여 기계장치 등을 발송한 것이라고 주장하면서 아래의 자료를 제출하였다. (3) 기획재정부에서 발간한 “2009 간추린 개정세법”에 의하면, 각사업연도 소득금액에서 공제할 이월결손금을 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 공제되지 아니한 금액으로 규정하고 있다가, 법인세법 제60조 에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정‧경정되거나 국세기본법 제45조 에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금으로서 공제되지 아니한 금액에 한정하도록 2009.12.31. 법인세법 개정시 제13조 제1호 후문을 신설 한 이유는 법적 안정성 등을 감안하여 공제가 가능한 이월결손금을 신고‧경정 등을 통해 확정된 결손금으로 명확화하기 위함인 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 2009.12.31. 개정전 법인세법 제13조 제1호 는 “ 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액”을 각 사업연도의 소득금액에서 공제할 이월결손금으로 규정하고 있다가, 2009.12.31. 법률 제9898호로 법인세법 개정시 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정‧경정되거나 국세기본법 제45조 에 따라 수정 신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”는 내용의 후문을 신설하였고, 동 개정법령 부칙 제4조는 “제13조, 제76조의13 제2항 및 제91조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정‧결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정‧결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거 나 경정‧결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다”라고 규정하고 있는바, 위 개정법령은 과세표준과 세액의 확정절차(신고‧수정신고‧결정‧경정)를 통하여 확정되지는 않았다고 하더라도 특정 사업연도의 손금 총액이 그 사업연도의 익금 총액을 초과하고 있다면 그 실체적으로 존재하는 손금 초과액을 세무상 결손금으로 보아 그 후 사업연도의 소득에서 이월결손금으로 공제할 수 있도록 하던 것을 확정절차 를 통하여 확정된 결손금만을 이월결손금으로 공제하도록 함으로써 이월 공제할 수 있는 결손금을 범위를 축소시킨 규정에 해당하므로 이 건 에 있어서 쟁점①금액과 쟁점②금액을 2004사업연도와 2005사업연도의 결손금으로 보아 그 이후 사업연도에 이월결손금으로 공제하기 위해서는 확정절차를 통하여 해당 사업연도의 결손금을 확정하여야 하나, 국세부과제척기간의 경과로 인해 2004사업연도와 2005사업연도 과세표준의 경정이 불가능한 점, 위 개정법령 부칙 제4조 단서에서 “다만, 신고하거나 경정‧결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정‧결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다”라고 하여 경과규정을 두고 있으나, 당초 경정이 있은 날부터 2009.12.31.까지의 기간 중에 청구법인은 쟁점①금액과 쟁점②금액이 결손금에 포함되도록 과세표준을 신고한 사실이 없고, 처분청도 동 금액이 결손금에 포함되도록 과세표준을 경정한 사실이 없어 개 정 법령 부칙 제4조 단서의 적용대상에도 해당하지 않는 점 등에 비추 어 쟁점② 및 쟁점③에 대한 심리결과에 관계없이 국세부과제척기간이 만료된 2004‧2005사업연도의 세무상 결손금은 그 후 사업연도의 소득 에서 이월결손금으로 공제할 수 없다고 봄이 타당하다고 판단된 다 (조심 2010서3338, 2012.5.24., 조심 2010전3900, 2010.12.31., 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.