비거주자에게는 장기보유특별공제율을 적용하기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2008.1.8. 미국으로 해외이주한 자로 1982.12.6. OOO아파트 3-207호(이하 “쟁점외주택”이라 한다)를 취득하였고, 쟁점외주택의 재건축으로 OOO 201동 403호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 분양받아 쟁점주택을 2009.12.22. 양도한 후 10년이상 주택에 대한 장기보유특별공제(30%), 재건축 청산금 납부분에 대한 장기보유특별공제(27%)를 적용하여 2009.12.23. 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다
• 나. 2011.11.24. 청구인은 대법원 판결(2009두21147, 2011.7.14.)에 따라 청구인이 비거주자라 하더라도 1세대 1주택 양도의 경우, 장기보유특별공제도 80% 공제율을 적용하여야 한다 하여 이미 신고․납부한 세액에서 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하지 않는다는 기획재정부OOO 및 국세청(OOOO-OOOO, OOOOOOOOOO)의 해석이 타당하고, 이과 같은 점을 반영하여 2009.12.31. 비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하지 않는 것으로소득세법을 개정하였다는 이유로 2011.12.20. 경정청구를 거부하였다
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.3.14. 이의신청을 거쳐 2012.7.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 장기보유특별공제는 그 제도의 취지나 성격 측면에서 비과세나 감면과는 달라 거주자에 한정하여 적용 또는 비거주자를 특별히 차별하여 적용할 이유가 없고, 본래 “세대”라는 개념은 부부를 전제로 한 개념에 불과할 뿐 거주자인지 비거주자인지에 따라 달리 해석될 이유가 없는 점 등에 비추어 보면 구소득세법제95조 제2항 단서 및 동법 시행령 제159조의2를 적용함에 있어 1세대는 비거주자를 배제하는 조항이 없는 한 거주자와 비거주자 모두에게 적용함이 타당하다. 비거주자의 양도소득에 대한 과세는 구소득세법제121조 제2항에서 ‘제119조 제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다’라고 규정하였으며, 처분청이 경정청구의 거부 근거로 든소득세법제121조 제2항 단서 조항 ‘다만, 제119조 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조 제2항 표 외의 부분단서는 적용하지 아니한다’는 규정은 2010년 1월 1일 시행된 조항으로 당 경정청구건에는 조세법률주의의 소급과세금지의 원칙에 의해 적용되어서는 아니된다.
• 나. 처분청 의견 청구인은소득세법제95조 제2항 단서 조항(장기보유특별공제 80%)이 비거주자에게도 적용되는 것으로 보아 경정청구를 하였으나, 2009.12.31 개정된 제95조 제2항 단서 조항은 기존의 해석사례 및 예규 등을 통해 널리 알려진 사실을 법률에 규정함으로써 법률을 명확하게 한 것이며, 소득세법 시행령제59조의2항이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 장기보유특별공제액 계산은 거주자에게 적용하는 것으로 비거주자에게는 적용될 수 없는 것이므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 1세대1주택으로서 장기보유특별공제의 경우 비거주자에게도 거주자에게 적용되는소득세법제95조 제2항표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1982.12.6. 쟁점외주택을 취득하였고, 쟁점외주택의 재건축으로 쟁점주택를 분양받아 2009.12.22. 양도한 후 10년이상 주택에 대한 장기보유특별공제(30%), 재건축 청산금 납부분에 대한 장기보유특별공제(27%)를 적용하여 공제한 것으로 나타나고 청구인의 양도소득세 신고 및 경정청구 내역은 아래 <표1>과 같다. (나) 장기보유특별공제에 관한 규정인소득세법제95조 제2항 본문에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여표1에서 규정하는 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고, 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산’의 경우에는 그 자산의 양도차익에표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세를 규정하는 같은 법 시행령 제154조 제1항에서 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족을 “1세대”로 정의하고 있고, 같은 법 시행령 제159조의2에서 위의 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조, 제155조의2, 제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함)을 말한다.”고 규정하고 있어, 위 규정에 의하면 “1세대”라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족으로 구성된 개념임을 알 수 있다. 또한, 비거주자인 경우소득세법제95조 제2항 단서를 적용하지 아니하도록 규정한 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된소득세법제121조 제2항의 개정취지가 거주자의 주거생활의 안정목적에서 운영되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 아니함을 명백히 하기 위한 것으로 보인다(조심 2010서3583, 2011.7.8. 같은 뜻임).

(2) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 2008년에 미국에 이주한 자로 세대원 전원이 영주권을 취득한 비거주자인 점, 비거주자는 국내에 1세대를 구성할 수가 없고 나아가 비거주자를 거주자와 동일한 것으로 보아 양도소득세 과세특례규정인 소득세법제95조 제2항 단서표2에서 규정하는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율을 적용할 수 없게 관련법령이 개정된 점 등을 감안할 때, 쟁점아파트의 양도당시 비거주자인 청구인에게 적용할 장기보유특별공제율은 거주자에게 적용하는표2가 아니라표1로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 소득세법제95조 제2항 단서의표2의 장기보유특별공제율을 적용하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2011서3548, 2011.11.25. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.