과세특례대상 양도소득금액은 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2003.10.1. 주택재개발사업에 의하여 OOO 107동 502호(전유부분의 건물면적이 84.91㎡인 신축주택으로, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2010.5.13. 김OOO 외 1인에게OOO원에 양도한 후 2010.7.31. 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정(조세특례제한법제99조의3)을 적용하여 감면세액(양도소득금액 전액에 상당하는 세액)을 OOO원으로 산출하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장의 신축주택 양도소득금액감면에 대한 특정감사 결과, 조세특례제한법 제99조의3 에 의한 감면소득을 적용함에 있어 쟁점주택 완공일부터 5년 이내 양도소득금액에 대하여만 감면하는 것으로 보았고, 이에 따라 처분청은 2012.6.8. 청구인에게 이에 상당하는 감면세액을 재계산하여 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 감면규정의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유없이 축소해석할 수 없는데, 처분청이 과세근거로 삼은 예규(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)는 법문언이 가지는 보통의 표현방법으로부터 벗어나는 해석으로서 법적안전성을 해치고, 문언상 해석 가능한 범위를 넘어서는 것으로 법 창조 내지 새로운 입법행위라 할 것이다. 특히 청구인과 같이 “정비사업의 조합원이 환지처분으로 분양받은 신축주택을 양도할 경우 신축주택 취득 전 양도소득금액에 대한 양도소득세는 감면되지 않는다”는 내용의 단서 규정도 없다. 세부적으로 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식에 있어 분자와 분모에서 “취득당시 기준시가”라는 동일한 용어를 사용하고 있으므로 그에 대한 의미도 동일하게 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석하여야 함에도 처분청이 분자를 신축주택의 취득당시 기준시가로, 분모를 종전주택의 취득당시 기준시가로 적용한 것은 근거가 없는 것이라 할 것이다. 청구인이 쟁점주택의 감면소득금액을 신고할 때 근거로 삼은 예규(재정경제부 재산46014-273, 1998.9.23. 서면4팀-1262, 2005.7.21.) 등에 비추어 보면 처분청이 쟁점주택의 양도일 이후인 2011.2.10. 생산된 예규(부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)에 의한 부과처분은 국세부과의 원칙인 신의성실의 원칙에 반한다 할 것이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3은 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 조항으로 신축주택을 취득 후 양도시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면해 주는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니며, 조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식에 따라 신축주택에서 발생한 감면소득금액을 계산할 때 감면대상 자산 전체에서 발생한 양도소득금액 중 신축주택 취득 후 5년 이내 발생한 양도소득금액을 산출하여야 하므로 분모는 양도 자산 전체의 기준시가 변동내용이 반영되어야 하고 분자는 신축주택 취득 후 양도시까지의 기준시가 변동내용이 반영되어야 함에 따라 분모의 “취득당시의 기준시가”는 양도주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당한 것이며, 분모의 “취득당시의 기준시가”를 신축주택 취득당시의 기준시가로 해석한다면 양도 자산에서 발생한 전체 양도소득금액을 온전히 신축주택 취득 후의 양도소득금액으로 산정하는 오류가 발생한다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 조세특례제한법 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하다고 하면서, 신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서 및 양도소득세결정결의서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 처분청이조세특례제한법제99조의3의 규정을 적용함에 있어 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 산식에서 분자와 분모의 “취득당시 기준시가”를 동일한 의미로 해석하여야 함에도 근거도 없이 다르게 적용하였을 뿐만 아니라 이 건 처분이 국세부과의 원칙인 신의성실의 원칙에도 반한다고 하면서, 양도소득세 신고서, 질의회신문(재경부재산 46014-273, 1998.9.23., 서면4팀-1262, 2005.7.21.), 2001년 간추린 개정세법(재정경제부), 대법원 판결례(2008두 2101, 2008.6.12.) 및 감면신청서 및 작성요령 등의 증빙과 함께 아래와 같이 주장하였다. 1) 조세특례제한법 제99조의3 제1항 본문에서 “신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”이라 함은 신축주택의 취득일부터 5년 이내 양도할 때까지 발생한 소득을 의미하는 것이 아니라 신축주택을 양도함으로써 발생한 양도소득 전체(신축주택취득 전 양도소득금액를 포함)를 의미한다.

2. “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다”는 후단 규정은 “5년이 지난 후 양도시는 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액(신축주택취득 전 양도소득금액을 포함)을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다”는 것으로 해석함이 합리적이다. (3)조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다. 한편 국세기본법제18조 제3항에 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있다.

(4) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 나대지를 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 점 등으로 볼 때, 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다. 또한, 청구인은 국세청이 기존 예규를 변경함으로써 청구인에게 재산상 불이익을 받아 이는 신의성실원칙에 위배된다고 주장하고 있으나, 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다고 판단된다(조심 2012서121, 2012.2.23. 같은 뜻). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.