종부세 및 재산세 공정시장가액비율을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 처분은 적법함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2011.6.1. 현재 공시가격 합계 각 OOO원인 종합합산과세대상 토지(OOO이하 “쟁점종합합산토지”라 한다)와 OOO원인 별도합산과세대상 토지(OOO 이하 “쟁점별도합산토지”라 한다)를 소유한 종합부동산세 납세의무자이다.
• 나. 처분청은 쟁점종합합산토지 및 쟁점별도합산토지 관련 2011년 귀속 종합부동산세액 각 OOO원과 OOO원에서 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2)에 의하여 계산한 재산세액 각 OOO원과 OOO원을 공제하여 2011.11.16. 청구인에게 2011년 귀속 종합부동산세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.10. 이의신청을 거쳐 2012.6.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 동일한 과세대상에 재산세와 종합부동산세를 중복하여 과세하면 이중과세로 위법하므로, 종합부동산세법령은 종합부동산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하고 있으나, 처분청이 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호서식 부표(2) 상의 계산방식을 적용한 결과 공정가액비율을 적용된 부분만 공제하고 일부는 공제하지 아니하게 된바, 이 부분은 이중과세에 해당하여 위법․부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 공제되는 재산세액은 2009년 개정된 종합부동산세법 시행령제4조의2 등에 명확히 규정된 내용에 의하여 산정된 것인바, 종전법령에서는 공시가격합계액에서 과세기준금액을 차감한 부분(과세기준금액 초과분) 전체에 해당하는 재산세 상당액을 계산하여 공제하도록 하였는데, 실제 종합부동산세를 과세할 때는 과세기준금액 초과분 전체에 대해 과세하지 않고 과세기준금액 초과분에 연도별 적용비율(현재의 종합부동산세 공정시장가액비율)을 곱한 후의 과세표준에만 과세하였음에도 과세기준금액 초과분 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 과세기준금액 초과분 중 종합부동산세 과세표준에서 제외된 [(공시지가 - 6억 원 등) × (1 - 연도별 적용비율)]에 대하여는 종합부동산세는 물론 재산세도 부과되지 않는 사각지대가 발생하고 재산세가 과다하게 공제되는 불합리를 개선하기 위해 개정된 것이었으며(서울고등법원 2011.12.15.선고 2011누21593), 현재 관련 소송이 진행 중이므로 추후 확정판결에 따라 처리하여야 한다.

• 가. 쟁 점 종합부동산세 과세시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어서 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 결과 일부 재산세액을 공제하지 아니하여 이중과세에 해당하므로 과세처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 토지분 종합부동산세 관련 법령을 보면 다음과 같다. (가)종합부동산세법제13조 제1항 및 제2항은 종합합산과세대상인 토지의 경우 5억원, 별도합산과세대상인 토지의 경우 80억원(이하 “과세기준금액”이라 한다)을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율(같은 법 시행령 제2조의4 제1항 및 제2항은 100분의 80으로 정하고 있다)을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법제110조 제1항은 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율(같은 법 시행령 제109조 제1호는 100분의 70으로 정하고 있음)을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있고, (나) 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항은 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상 토지를 합산하여 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액에서 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록 규정하고 있으며, (다) 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령7번은 “과세표준 표준세율 재산세액”을 “(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%(또는 0.4%)”의 금액으로 하도록 규정하고 있다.

(2) 처분청이 제출한 2011년 귀속 종합부동산세 결정결의서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 처분청은 아래 <표1>과 같이 쟁점종합합산토지 및 쟁점별도합산토지의 공시가격에서 과세기준금액을 공제한 금액에 공정시장가액비율(80%)을 적용하여 과세표준을 산정한 후, 동 과세표준에 따라 산출된 세액에서 각OOO원 및 OOO원의 재산세액을 공제하여 종합부동산세를 과세하였으며, OOOOOOOOOO OOOOOO OOOO (OO: O) (나) 위 <표1> 상 공제할 재산세액은 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호서식 부표(2)에 의하여 산출된 것인바, 그 계산내역 및 금액은 아래 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOO OOOOO OOOO (OO: O) OO」 O,OOO,OOOO O (O,OOO,OOO,OOOO - OOO,OOO,OOOO) O OOO O OOO O OOOO OO」OOO,OOO,OOOO O (OOO,OOO,OOO,OOOO - O,OOO,OOO,OOOO) O OOO O OOO O OOOO OO」OO,OOO,OOOO O O,OOO,OOO,OOOO O OOO O OOOO - OOO,OOOO OO」OOO,OOO,OOOO O OOO,OOO,OOO,OOOO O OOO O OOOO - O,OOO,OOOO

(3) 살피건대, 청구인은 공제할 재산세액을 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호서식 부표(2)에 의하여 계산한 결과 일부 이중과세가 되었으므로 이 부분은 위법․부당하다는 주장이나, 종합부동산세법상 재산세액의 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상인 토지에 부과된 재산세액을 납부할 종합부동산 세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인 바,종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액 비율을 곱하여 산정한 재산세 과세표준에 재산세 표준세율을 적용한 금액을 말한다고 하겠으므로(조심 2012서1158, 2012.7.20. 외 다수 같은 뜻임), 처분청이 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호서식 부표(2)에 의하여 계산한 공제할 재산세액에 잘못이 있다고 할 수 없고, 이 건 심리일 현재 위 종합부동산세법 시행령및 같은 법 시행규칙 조항이 헌법이나 법률에 위반된다고 대법원에서 확정판결한 적도 없다. 따라서, 처분청에서 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호서식 부표(2)에 의하여 산정한 공제할 재산세액을 종합부동산세액에서 공제하여 과세한 처분은 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.