홈택스를 통해 근로소득지급명세서를 2회 제출한 경우 최초 제출자료를 미제출한 것으로 보아 가산세를 부과한 처분의 당부

[주 문] OOO세무서장이 2012.3.15. 청구법인에게 한 2010사업연도 법인세 OOO원(지급명세서미제출가산세)의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 처분청은 청구법인이 2010년에 중도퇴직자 23명에게 퇴직소득OOO원을 지급하고 퇴직소득지급명세서는 제출하였으나, 계속근로자 204명에게 급여로 OOO원을 지급하고 근로소득지급명세서를 미제출한 것으로 보아 2012.3.15. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원(지급명세서미제출가산세)을 경정·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2012.6.4.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은소득세법제164조 제3항의 규정에 따라 2011년 3월 9일 소속 근로자 204명(이하 “계속근로자”라 한다)과 2010년 중 퇴사한 23명(이하 “중도퇴사자”라 한다), 총 227명에 대한 2010년 귀속분 근로소득지급명세서를국세기본법제2조 제18호에 따른 국세정보통신망(이하 “홈텍스”라 한다)에 의하여 제출하려 수 차례 시도하였으나, 국세청이 제공하는 홈텍스의 계속된 오류로 인하여 이를 제출할 수 없어서 청구법인은 계속근로자와 중도퇴사자를 분리하여 지급명세서를 제출하기로 하고, 2011년 3월 9일 18시 49분에 계속근로자에 대한 2010년 귀속분 근로소득지급명세서를 홈택스를 통하여 우선 제출하였으며, 동일 20시 58분에 중도퇴사자에 대한 2010년 귀속분 근로소득지급명세서를 같은 방법으로 추가로 제출하였다. 따라서, 청구법인은 계속근로자의 근로소득지급명세서와 중도퇴사자의 지급명세서는 동일한 과세자료가 아니기 때문에 계속근로자의 근로소득지급명세서를 제출한 후에 중도퇴사자의 지급명세서를 제출한 것이 자료를 다시 제출한 것이 아니라 별도로 추가하여 제출한 것으로 판단하였고, 이렇게 판단한 데에는 홈택스에서 제공되는 지급명세서 전자제출 접수증 하단의 안내문에서 적절한 안내를 제공하지 않은 데 따르는 것으로서, 과세자료를 다시 제출하여 먼저 제출한 자료가 미제출로 처리된 데 따른 책임을 청구법인에게 물어 지급명세서미제출가산세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 계속근로자에 대한 근로소득지급명세서를 전자제출하여 접수증을 출력하고 이후 동일자에 중도퇴직자에 대한 근로소득지급명세서를 추가로 전자제출하여 접수증을 출력하였으므로 쟁점근로소득지급명세서를 모두 제출하였다고 주장하나,홈택스 이용에 관한 규정제15조[중복신고시 효력]에 의거 최종적으로 제출된 중도퇴직자에 대한 근로소득지급명세서만이 정당하게 신고된 것으로 보며 접수증 하단에도 동일한 내용이 기재되어 있으므로 계속근로자에 대한 근로소득지급명세서는 미제출된 것으로 보아야 하므로 지급명세서미제출가산세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 청구법인이 계속근로자에 대한 근로소득지급명세서를 미제출한 것으로 보아 지급명세서미제출가산세를 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 청구법인이 2011.3.9. 18:49:01 근로소득지급명세서(계속근로자204건) 전자제출한 후 전자제출 접수증 및 지급명세서 변환 정상자료 상세조회 출력하였고, 2011.3.9. 19:00:57 의료비지급명세서(187건) 전자제출한 후 전자제출 접수증 및 지급명세서 변환 정상자료 상세조회 출력하였으며,2011.3.9. 19:03:18 기부금지급명세서(187건) 전자제출한 후 전자제출 접수증 및 지급명세서 변환 정상자료 상세조회 출력하였고,2011.3.9. 20:58:13 근로소득지급명세서(중도퇴직자 23건) 전자제출한 후 전자제출 접수증 및 지급명세서 변환 정상자료 상세조회 출력하였으며, 2011.3.10. 11:11:05 2010년 근로소득에 대한 연말정산에 따른 원천징수세액 및 2011년 2월분 근로소득에 대한 원천징수세액 전자신고하였고, 2011년 5월경에 근로자 손OOO의 근로소득세 납부확인원 신청 과정에서, 근로소득지급명세서가 미제출로 처리되어 있음을 확인한 후 2011.6.13. 근로소득지급명세서(계속근로자 204건)의 수작업자료를 제출OOO하였으며, 처분청은 2012.3.7.청구법인에 대하여 지급명세서미제출에 대한 가산세를 부과한 사실이 심리자료 등에 의하여 확인된다. (나) 청구법인이 홈택스에 계속근로자 및 중도퇴직자에 대한 지급명세서를 입력한 후 출력한 지급명세서 전자제출 접수증은 아래 <표1>·<표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOOO OOOO OOO O OOOO O OOOO: OOOO-OO-OO OO:OO (다) 청구법인이 홈택스에 계속근로자 및 중도퇴직자에 대한 지급명세서를 입력하고 출력한 지급명세서 변환 정상자료 상세조회서를 보면 계속근로자인 김OOO 외 203명의 총 급여액, 소득세, 지방소득세 등이 구체적으로 기재되어 있고, 중도퇴직자인 백OOO 외 22명의 총 급여액, 소득세, 지방소득세 등이 구체적으로 기재되어 있다.

(2) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 세법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이고 그와 같은 제재는 납세자에게 그 의무를 행하지 못한 데에 이를 정당화할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 납세자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것(대법원 95누17274, 1996.10.11. 외 다수 같은 뜻)인 바, 청구법인이 2011.3.9. 18:49:01 근로소득지급명세서(계속근로자 204건)를 전자로 제출한 후 전자제출 접수증 및 지급명세서 변환정상자료 상세조회 출력하였고, 또한, 의료비지급명세서(187건), 기부금지급명세서(187건)를 전자로 제출한 후 전자제출 접수증 및 지급명세서 변환 정상자료 상세조회를 출력하였으며,2011.3.9. 20:58:13 근로소득지급명세서(중도퇴직자 23건)를 전자로 제출한 사실이 전자제출 접수증 및 지급명세서 변환 정상자료 상세조회서에 의하여 확인되어 근로소득지급명세서를 제출한 것으로 착오한 것으로볼 수 있는 점,청구법인이 처분청의 과세처분일 이전인 2011.6.13. 근로소득지급명세서(계속근로자 204건)의 수작업 자료를 제출OOO한 사실이 확인되는 등 청구법인이 세법상 협력의무인 지급조서 제출의무를 적극적으로 이행하려 한 정황이 나타나고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 건의 경우에는 청구법인이 쟁점지급명세서를 그 기한 내에 제출하지는 아니하였으나 그 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 상당하므로 처분청이 청구법인에게 이 건 지급명세서미제출가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유가 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.