종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은 감면대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.3.25. OOO아파트 가동 106호(이하 “종전주택”이라 한다)을 OOO원에 취득하였고(OOO아파트 재건축 조합과의 공급계약에 의하여 OOO원을 추가 납부하였다), 종전주택의 재건축이 시행됨에 따라 2001.12.17. 완공된 동일 지번의 OOO빌 406호(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 5년이 지난 2009.10.7. OOO원에 양도한 후,조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 과세특례)을 적용하면서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득 후 5년까지의 기간 동안 발생한 양도차익을 실지거래가액OOO으로 계산하여 산출된 OOO원을 100% 감면세액으로 양도소득세를 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 2011년 12월 업무감사를 실시하여, 청구인에 대하여조세특례제한법제99조의3 및 조세특례제한법 시행령제99조의3, 동 시행령 제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일로부터 5년 이내의 양도차익을 기준시가로 계산하여 감면하도록 지적(현지시정)하였고, 이에 따라 처분청은 2012.5.16. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 종전주택을 조합에 양도한 후 신축주택을 분양받아 양도한 경우에 세법의 규정이 애매하여 전체 양도소득금액에 대하여 100% 감면신청을 하였던 것이나, 종전주택의 보유기간에 발생한 양도소득은 감면대상이 아닌 것으로 본다 하더라도 양도소득세는 2007년 이후 모든 부동산 양도에 대하여 실지거래가액에 의하여 과세하고 있으므로 본 건의 경우에도 실지거래가액에 따라 양도차익을 구분하여 그 금액의 비율로 안분한 양도소득에 대하여조세특례제한법상 감면규정을 적용하여야 하고, 본 건과 같은 재건축조합원의 경우 일반분양을 받는 자는 전액 감면대상이 되는 것과 비교하면 역차별받게 되는 것이므로 시정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 규정은 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날까지 발생한 양도소득을 감면하여 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로서 건설경기를 활성화하는 것에 그 입법취지가 있는바, 당해 신축주택 취득일로부터 5년이 경과된 다음날부터 양도하는 날까지의 양도소득과 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득에 대하여는 감면을 배제하는 것이 타당하고, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항 및 제40조 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과하여 양도한 신축주택의 양도소득금액에 대하여 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 비율을 기준시가를 기준으로 하여 계산하도록 규정하고 있으므로 청구주장과 같이 실지거래가액을 적용할 수 없다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3에 따라 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면시 감면 양도소득금액의 범위 및 실지거래가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 청구주장을 입증하기 위한 자료로서 개별공시지가자료, 부동산매매계약서, OOO빌 공급계약서, 취·등록세 영수증, 입금표, 집합건축물대장 등 제시하고 있다.

(2) 조세특례제한법제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득 또는 자기가 건설한 신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 80(2009년 12월 31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 하여 신축주택의 취득자에 대하여 양도소득세의 과세특례를 규정하고 있으며, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은 위조세특례제한법제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 하도록 하고 있고, 동 시행령 제40조 제1항에서는 그 산식으로 {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}를 규정하고 있다.

(3) 신축주택을 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우 양도소득세가 감면되는 양도소득의 범위에 대하여 살피건대,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니한다 할 것이고, 조세특례제한법 시행령제99조의3 제2항은조세특례제한법제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 동 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있으며, 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적이라고 할 것인바(조심 2010서3102, 2011.8.9., 조심 2012서723, 2012.6.25. 같은 뜻임), 본 건의 경우 처분청은조세특례제한법제99조의3 제1항, 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항, 제40조 제1항에 따라 쟁점신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 기준시가로 산정하여 감면한 것이어서 과세처분은 정당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.