조세심판원 심판청구 양도소득세

신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례는 신축주택 취득일로부터 5년이 경과되는 날까지의 기간에 대한 양도차익만 감면함

사건번호 조심-2012-서-2694 선고일 2012.09.03

관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

주 문

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1997.4.29. 취득한 OOO동 58-41 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)이 재개발됨에 따라 신축주택인 OOO아파트 108동 1501호(이하 “신축주택”이라 한다)를 2002.5.30. 취득(준공)하여 2006.1.25. 양도한 후조세특례제한법제99조의3의 규정을 적용하여 재개발 이전 및 이후의 양도소득금액 전액에 대하여 100% 감면소득으로 계산하여 양도소득세 OOO원을 감면받고 감면세액의 20%인 OOO원을 농어촌특별세로 2006.2.6. 신고·납부하였다.
  • 나. OOO지방국세청장의 감사결과 신축주택의 5년 내 양도소득금액에 대하여만 감면하고 구주택 취득시점부터 신축주택 준공일 전일까지의 양도소득금액은 감면배제하라는 과세자료를 처분청에 통보함에 따라, 처분청은 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지(농어촌특별세 OOO원은 환급)하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.30. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인의 신축주택 양도는조세특례제한법제99조의3 제1항 제2호에 규정된 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 신축주택 취득기간 내에 사용승인을 받은 신축주택에 해당됨이 분명함으로 주택취득일로부터 5년 이내 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 공제함이 타당하다.

(2) 청구인은소득세법제111조에 따라 2006년 3월경 위 부동산에 대한 양도소득세를 확정신고하고 농어촌특별세를 자진납부하였으나 처분청에서는 5년 동안 아무런 조치를 취하지 않고 있다가 부과제척기간만료 20여일을 남겨두고 거액의 양도소득세, 지방소득세 및 가산세까지 붙여 엄청난 세금을 청구인에게 부과하는 행위는 신의성실의 원칙에 반하는 행위이고, 청구인은 과세한 고지서 내용이 맞는지 확인하기 위해 신고 당시 관할서인 OOO세무서에 관련자료(신고서원본)를 찾아달라고 요청하였으나 원본을 찾지 못하였으며 이는 처분청이 양도세 부과제척기간인 2012.5.31.까지 과세자료를 보관하지 못하였으므로 과세근거 없는 징수에 해당하여 부당하다.

  • 나. 처분청 의견 (1)조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있고, 같은 조 제1항에서 “5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다”라고 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당한다고 볼 수 없어 당초 처분은 정당하다.

(2) 처분청은 국세를 부과할 사유가 발생하여 국세기본법 제26조 의 2【국세 부과의 제척기간】제1항 제3호에 의거 해당 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년이내 부과하였으며, 처분청의 전산에 기록되어 있는 청구인의 ‘2006년 귀속 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서’ 내용을 근거로 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① 종전에 소유하던 주택을 재개발조합에 양도하고 신축주택을 취득하였다가 양도한 경우, 양도소득 전체가조세특례제한법제99조의3의 규정에 의하여 양도소득세 100% 감면대상에 해당하는지 여부

② 5년 동안 아무런 조치없이 뒤늦게 거액의 세금을 부과하는 행위가 신의성실의 원칙에 위배되는 행위인지 여부 및 양도소득세 신고서 원본을 보관하고 있지 않은 상태에서 전산상의 신고서 입력기록 및 납부내역만으로 과세하는 것이 정당한지 여부

  • 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인은 1997.4.29. 종전주택을 취득하여 2002.5.30. 신축주택을 취득(사용승인일)한 후 206.1.25. 양도한 사실이 심리자료에 나타난다. (나)조세특례제한법제99조의3 제1항에 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있다. (다) 한편, 소득세법 시행령제166조 제2항에는 관리처분계획인가전의 양도차익과 그 후의 양도차익을 구분계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제166조 제7항에서도 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 기준시가에 의한 양도차익은 ① 기존건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 ② 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일 전일까지의 양도차익 ③ 신축건물 준공일부터 양도일까지의 양도차익으로 나누어 계산하도록 규정하고 있다. (라)조세특례제한법제99조 및 제99조의3 입법취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 입법 당시 침체된 주택경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대하여 양도소득세를 감면하겠다는 취지를 고려하여 보면,조세특례제한법제99조의3 제1항의 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 2002.5.30.부터 2006.1.25.까지의 사이에 발생한 소득을 의미한다고 할 것이다. (마) 따라서,조세특례제한법제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 입법취지가 있고, 같은 조 제1항에서 “5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한다”라고 규정하고 있으므로 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 과세특례 적용대상에 해당한다고 볼 수 없는 점, 소득세법 시행령제166조 제2항에서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 관리처분계획인가 전의 양도차익과 관리처분계획인가 후의 양도차익을 구분 계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보아조세특례제한법제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 준공일부터 양도일까지의 양도소득을 의미한다고 할 것(조심 2010부415, 2010.9.17. 참조)이어서 처분청이 청구인의 양도소득세 감면을 적용함에 있어 신축주택의 사용승인일로부터 5년이 경과되는 날까지의 기간에 대한 양도차익만 감면하고 나머지 부문에 대하여는 감면을 부인하고 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은소득세법제111조에 따라 2006년 3월경 위 부동산에 대한 양도소득세를 확정신고하고 농어촌특별세를 자진납부하였으나 처분청에서는 5년 동안 아무런 조치를 취하지 않고 있다가 뒤늦게 거액의 양도소득세, 지방소득세 및 가산세까지 붙여 엄청난 세금을 청구인에게 부과하는 행위는 신의성실의 원칙에 반하는 행위이고, 청구인은 과세한 고지서 내용이 맞는지 확인하기 위해 신고 당시 관할서인 OOO세무서에 관련자료(신고서원본)을 찾아달라 요청하였으나 원본을 찾지 못하였으며 이는 처분청이 양도세 부과제척기간인 2012.5.31.까지 과세자료를 보관하지 못하였으므로 과세근거 없는 징수에 해당하여 부당하다고 주장하고 있다. (나) 처분청은 국세를 부과할 사유가 발생하여국세기본법제26조의2【국세 부과의 제척기간】제1항 제3호에 의거 해당 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년 이내 부과하였고, 처분청은 청구인에게 이 건 부과처분에 대하여 어떠한 의사표시를 한 적이 없으므로 납세자가 주장하는 신의성실의 원칙에 반하는 행위라고 보기 어렵다. (다) 처분청은 청구인의 ‘2006년 귀속 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서’ 원본서류를 찾진 못하였으나, ① 청구인의 ‘2006년 귀속 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서’ 원본에 대한 신고내역이 전산에 기록되어 있고, ② 농어촌특별세 자진납부세액(청구인이 신고·납부한 농어촌특별세 OOO원)의 산출근거가 되는 전산기록과 청구인의 농어촌특별세 실제납부세액이 일치하며 ③ 지난 5년간 청구인은 본인의 신고내용에 대하여 양도가액, 취득가액, 필요경비에 있어 청구인의 신고가 잘못되었다는 의사표시를 한 사실이 없고 신고내용이 잘못되었다는 명백한 근거가 없는 점을 고려하여 볼 때, 처분청의 전산에 기록되어 있는 청구인의 ‘2006년 귀속 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서’ 내용을 근거로 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)