구주택을 멸실하고 신축한 경우, 1세대 1주택의 부수토지에 대한 장기보유특별공제 적용시 구주택 보유기간을 포함하여 적용함이 합리적임

역삼세무서장이 2012.4.12. 청구인에게 한 2011년 귀속 양도소득세 9,387,210원의 부과처분은 토지분 양도차익에 보유기간이 8년 이상 9년 미만의 장기보유특별공제율(소득세법제95조 제2항 표 2의 공제율 100분의 64)을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2002.8.2. OOO 주택 15.18㎡(이하 “구주택”이라 한다) 및 그 부수토지 대 575㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 구주택을 멸실하고 2003.6.11.(사용승인일) 쟁점토지 지상에 주택 198.48㎡(1세대 1주택 고가주택에 해당하며, 이하 “신축주택”이라 한다)를 신축하여 보유하다가 2011.1.7. 13억원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 2011.3.24. 신축주택 및 쟁점토지의 양도차익에 대해 보유기간을 통산한 8년 5개월에 해당하는 공제율 100분의 64를 적용하여 산정한 장기보유특별 공제액을 차감하여 양도소득세 OOO원을 신고하였다.
• 다. 처분청은 신축주택 및 그 부수토지인 쟁점토지는 구주택 보유기간을 통산하지 아니하고 신축주택 신축 이후의 보유기간인 사용승인일부터 양도일까지의 7년 7개월에 해당하는 장기보유특별 공제율 100분의 56을 적용하는 것이라 하여, 2012.4.12. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 신축주택 양도차익의 경우 사용승인일부터 보유기간을 계산하여 공제율 100분의 56을 적용한 것에 대하여는 이의가 없으나, 쟁점토지의 경우 1세대 1주택에 해당하는 구주택 및 신축주택의 부수토지로서 사용되었으므로 구주택 보유기간을 통산하여 그 보유기간 8년 5개월에 해당하는 공제율 100분의 64를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 양도한 신축주택은 취득시기인 사용승인일을 기준으로 하여 양도차익이 산정되므로 그 부수토지인 쟁점토지에 대한 장기보유특별공제를 신축주택의 취득일(사용승인일)부터 보유기간을 계산하여 공제율 100분의 56을 적용한 처분에 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 임의재건축을 통해 구주택을 멸실하고 주택을 신축한 경우 1세대 1주택 부수토지의 장기보유특별공제 관련 보유기간 산정시 구주택 보유기간을 포함하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표 1 표 2 ┌─────────┬──────┐ │보유기간 │공제율 │ ├─────────┼──────┤ │3년 이상 4년 미만 │100분의 10 │ ├─────────┼──────┤ │4년 이상 5년 미만 │100분의 12 │ ├─────────┼──────┤ │5년 이상 6년 미만 │100분의 15 │ ├─────────┼──────┤ │6년 이상 7년 미만 │100분의 18 │ ├─────────┼──────┤ │7년 이상 8년 미만 │100분의 21 │ ├─────────┼──────┤ │8년 이상 9년 미만 │100분의 24 │ ├─────────┼──────┤ │9년 이상 10년 미만│100분의 27 │ ├─────────┼──────┤ │10년 이상 │100분의 30 │ └─────────┴──────┘ ┌─────────┬──────┐ │보유기간 │공제율 │ ├─────────┼──────┤ │3년 이상 4년 미만 │100분의 24 │ ├─────────┼──────┤ │4년 이상 5년 미만 │100분의 32 │ ├─────────┼──────┤ │5년 이상 6년 미만 │100분의 40 │ ├─────────┼──────┤ │6년 이상 7년 미만 │100분의 48 │ ├─────────┼──────┤ │7년 이상 8년 미만 │100분의 56 │ ├─────────┼──────┤ │8년 이상 9년 미만 │100분의 64 │ ├─────────┼──────┤ │9년 이상 10년 미만│100분의 72 │ ├─────────┼──────┤ │10년 이상 │ 100분의 80 │ └─────────┴──────┘

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략) (2) 소득세법 시행령 제154조 【1세대1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(괄호 생략)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (각호 생략)

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 다음 각 호의 기간을 통산한다.

1. 거주하거나 보유하는 중에 소실․도괴․노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 신축주택의 양도차익에 대한 처분청의 장기보유특별공제 적용에 관하여는 이의가 없으나, 그 부수토지인 쟁점토지의 경우 구주택 보유기간을 합하면 보유기간이 8년 1개월이 되므로 당초 신고내용대로 100분의 64의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하는바, 장기보유특별공제와 관련한 신고 및 과세처분의 내용을 요약하면 다음 <표>와 같다.

(2) 건축물대장에 의하면 신축주택은 연면적 198.48㎡의 철근콘크리트조 3층 주택으로 나타나고, 건축허가일이 2003.1.9., 착공일이 2003.3.1., 사용승인일이 2003.6.11.로 되어 있다.

(3) 청구인이 제시한 철거공사 업체인 (주)OOO의 청구서, 상세 공사내역, 대금 송금증에 의하면 청구인이 2003.2.11. 구주택을 철거하기 시작하여 2003.3.10.경에 완료한 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 도시 및 주거환경정비법등에 의하지 아니하고 임의재건축을 통해 구주택을 멸실한 후 주택을 신축하여 신축 전후에 1세대 1주택의 요건을 충족한 상태에서 이를 양도한 경우 그 부수토지에서 발생한 양도차익에 대한 장기보유특별공제는 멸실전 구주택 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산한 보유기간에 해당하는 공제율을 적용하여야 할 것인바(조심 2010서1610, 2010.11.17., 조심 2012중184, 2012.6.27. 참고), 청구인이 제시한 철거관련 증빙 및 건축물대장의 공사착공일에 비추어 구주택 보유기간(약 6개월: 취득일 2002.8.2.～멸실일 2003.2.11.) 및 신축주택 보유기간(약 7년 7개월: 사용승인일 2003.6.11.～양도일 2011.1.7.)을 통산한 1세대 1주택 부수토지로서의 쟁점토지 보유기간이 8년 이상(장기보유특별공제율 100분의 64)으로 보이므로, 처분청이 쟁점토지에서 발생한 양도차익에 대해 보유기간이 8년 미만이라 하여 100분의 56의 장기보유특별공제율을 적용하여 과세한 부분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.