수도권과밀억제권역 밖의 항만에 등록한 선박이 수도권과밀억제권역 내 사업시설의 집중을 유발하지 않는다면 임시투자세액 공제대상에 해당함

OOO세무서장이 2012.4.9. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 청구 법인이 2010사업연도에 투자하였다고 주장하는 고정자산O OOOO OOOOO (OOO) O,OOO,OOO,OOOO, OOOO OOOOO(OOO) O,OOO,OOO,OOOO, O OOOO O,OOO,OOO,OOOOO의 투자금액을 확인하고, 이를 조세특례제한법 제26조 규정에 의한 임시 투자세액 공제대상으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1997.6.18. 개업하여 항만법 제32조 에 따라 OOO 지방해양항만청에 예선업 등록을 하고 OOO항에서 예선업을 영위하고 있는 바, 2010년 오래된 선박을 매각하고 새로 취득한 예인선에 대하여 당초 2010사업연도(2010.1.1.～2010.12.31.) 법인세 과세표준 및 세액 신고 시 임시투자세액공제를 적용하지 아니하였다가, 2012.2.8. 법인세 OOO,OOO,OOO O(OOOOO OOO,OOO,OOOO, OOOOOO OO,OOO,OOOO OOOO O)의 환급을 구하는 경정청구서를 처분청에 제출하였다.
• 나. 처분청은 2012.4.9. 청구법인이 수도권과밀억제권역 안에 본점 사업장을 두고 있어 2010년 예인선을 취득한 투자금액에 대하여 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제26조의 임시투자세액공제를 적용할 수 없다고 하여 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.24. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 물류산업을 영위하는 내국인의 사업용 자산에 대한 투자는 임시투자세액 공제대상이며(조특법 제26조 및 같은 법 시행령 제23조), 운수업을 주된 사업으로 하는 중소기업이 당해 사업에 주로 사용하는 차량운반구 및 선박은 사업용자산이고(조세특례제한법 시행규 칙 제14조 및 제3조 제1항 제2호, 이하 “조특법 시행규칙”이라 한다), 청구법인은 중소기업으로서 물류산업 중 운수업에 속하는 예선업을 영위하고 있으므로 청구법인의 예인선박은 사업용 자산에 해당한다. 임시투자세액 공제대상이 되는 투자는 수도권과밀억제권역 밖에 있는 사업용 자산에 대한 투자로 한정하고 있으며(조세특례제한법 시행령 제23조, 이하 “조특법 시행령”이라 한다), 건설기계나 자동차 등과 달리 선박의 경우 다른 지역으로의 이동에 제약이 있는 바, 청구법인의 예인선박은 항만법 제32조 에 따라 성장관리권역에 속하는 OOO항이 등록지항이고, 법인설립 이후 현재까지 OOO항 안에서만 운항하고 있어 수도권과밀억제권역 밖에 있는 사업용 자산에 해당한다. 수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면을 배제하는 조특법 제130조는 ‘사업자’가 아니라 사업용 고정자산을 실제 사용하는 ‘사업장’이 수도권과밀억제권역에 있는 경우 조세감면을 배제하고 있는바, 조세심판원은 본점의 소재지가 수도권과밀억제권역 안에 있더라도 해외운송이나 부산항에서 사용되는 선박은 수도권과밀억제권역 내 사업시설의 집중을 유발하지 아니하므로 임시투자세액 공제대상에 해당한다고 결정한 바 있다(조심 2010서1427, 2011.7.26. 합동회의, 같은 뜻임). 따라서 청구법인이 OOO항에서 사용하는 예인선박에 대한 투자는 임시투자세액 공제대상에 해당한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 신규로 취득한 예선들이 항만법 제32조 에 따라 청구법인의 OOO영업소가 소재하는 OOO항을 등록지 항으로 하여 OOO항 내에서만 운항하고 있어 수도권과밀억제권역 밖에 소재하고 있는 사업용자산에 해당하므로 임시투자세액공제 대상이라고 주장하나, 조특법 제130조 제1항의 입법취지가 수도권안의 투자에 대하여 조세감면의 혜택을 배제함으로써 산업시설과 기업활동이 수도권으로 집중되는 것을 억제하고 수도권 소재기업의 지방이전을 촉진하고자 하는 데 있음에 비추어 볼 때, 수도권 안에 소재하는 당해 사업용 고정자산의 해석에 있어서 건설업·운수업에서 사용되는 건설기계나 자동차 등과 같은 기계류의 경우에는 당해 고정자산인 기계류 자체가 수도권 안에 소재하는 것을 의미하는 것이 아니라, 당해 고정자산을 사용하기 위한 사업장이 수도권 안에 소재하는 경우를 의미함이 타당하다고 볼 것이며, 당해 법인의 조직 및 조직별 업무 내역을 살펴보면 수도권 내에 소재하고 있는 본점에서는 대표이사 및 회계담당직원 등 5명이 상근하며 재무·회계 및 일반 관리업무를 총괄하고, 수도권 밖인 OOO시에 소재하는 영업소(별도의 사업자등록 없음)에서는 영업담당이사와 선원 등 14명이 상근하며 수주활동, 예선운항 및 관리감독 업무를 수행한다고 하였으나, 당해 법인의 주요거래처는 모두 수도권 안에 소재하는 사업자들로 실질적으로 수주활동이 예선이 운항 되고 있는 항만을 중심으로 이루어지고 있다는 주장에는 근거가 없고, 청구법인의 주장처럼 예선의 운항 외 수주활동 등 주요 영업활동이 평택영업소에서 이루어지고 있다면 청구법인이 기업의 지방이전을 촉진하기 위한 여러 가지 세제혜택에도 불구하고 수도권 안에 본점을 두고 있는 이유가 없을 것이며, 수주활동을 제외하면 영업소에서는 법인의 주요활동이 이루어지고 있지 않으므로 예선업을 사용하는 사업장이 영업소가 아닌 본점사업장이라 할 수 있다.

• 가. 쟁 점 수도권과밀억제권역 밖의 항만에 등록한 선박도 청구법인의 본점이 수도권과밀억제권역 안에 소재하였다고 임시투자세액공제를 적용할 수 없다고 하여 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제26조【임시투자 세액공제】 ① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 대통령령으로 정하는 투자(중고품에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위에서 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 계산한 금액을 대통령령으로 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 제130조【수도권과밀억제권역의 투자에 대한 조세감면 배제】

① 1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인과 1990년 1월 1일 이후 수도권과밀억제권역에서 새로 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989년 12월 31일 이전에 설치한 사업장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 이전하여 설치하는 중소기업(이하 이 항에서 "1990년 이후 중소기업 등"이라 한다)이 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산(대통령령으로 정하는 디지털방송장비 및 대통령령으로 정하는 정보통신장비는 제외한다)으로서 대통령령으로 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 제5조 제1항 제1호·제2호, 제11조 제2항 제3호, 제24조 제1항 제1호·제2호 및 제25조(같은 조 제1항 제7호 및 제9호는 제외하며, 1990년 이후 중소기업 등이 투자한 경우만 해당한다)를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업지역에서 증설투자를 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2) 조세특례제한법시행령 제23조 【임시투자세액공제】① 법 제26조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 투자"란 농업, 축산업, 어업, 광업, 제조업, 하수·폐기물처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터프로그래밍·시스템통합 및 관리업, 뉴스제공업, 그 밖의 과학기술서비스업, 연구개발업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 창작 및 예술관련 서비스업, 수리업, 광고업, 기타 개인서비스업, 엔지니어링사업, 물류산업, 교육서비스업(컴퓨터학원에 한정한다), 의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따라 등록한 관광숙박업·국제회의기획업·전문휴양업·종합휴양업 및 유원시설업, 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업을 영위하는 내국인이 2010년 12월 31일까지 기획재정부령으로 정하는 사업용자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)에 해당하는 시설을 새로이 취득하여 사업에 사용하기 위한 투자(수도권 과밀억제권역 밖에 있는 사업용자산에 대한 투자만 해당한다)를 말한다.

② 법 제26조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 과세연도"란 제1항에 따른 투자가 이루어지는 각 과세연도를 말한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 투자금액의 계산에 관하여는 제4조 제3항을 준용한다.

④ 법 제26조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 율"이란 100분의 7을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 심리자료에 의하면 아래와 같다. (가) 청구법인의 영업활동은 주로 OO영업소에서 담당하고, 국내 LNG선사의 대리인인 (주)OOO지사로부터 예선 사용에 관한 수주를 받아, OOO항에 입․출항하는 LNG선박의 이안․접안을 위한 업무를 수행하고 있는 바, 청구법인 소유 예선은 예선업 등록항인 OOO OO항 내에서만 사용되고, 예선업 관련 대부분의 업무가 평택 영업소에서 이루어지며, 본점에서는 재무․회계 등 관리업무를 수행하고 있다고 아래 <표1>과 같이 주장한다. <표1> 본점과 OOO영업소 비교

○ 본 점

• 소 재 지: OOO동 889-13

• 근무인원: 대표이사 및 회계담당직원 등 5명

• 담당업무: 재무, 회계 등 일반 관리업무

○ 영업소

• 소 재 지: OOO리 109

• 근무인원: 영업담당이사와 선원 등 14명

• 담당업무: 수주활동, 예선 운항 및 관리감독 등 (나) 법인세경정청구검토보고서, 경정청구서, 법인세 과세표준 및 세액신고서에 의하면, 2010사업연도 중 신규 예선 투자내역은 아래와 같다. 청구법인의 건조가 완료된 예선은 항만법 제32조 및 같은 법 시행 규칙 제16조 제7항에 따라 OOO지방해양항만청에 OOO항을 사업구역으로 하여 예선업 등록을 하고 있음이 예선업등록증에 확인되고, 지방세법에 따라 예선업 등록지 관할 지방자치단체인 OOO시를 납세지로 하여 취득세 및 재산세를 납부하고 있다.

(2) 처분청의 경정청구에 대한 결과회신에 의하면 “해당 고정자산은 조특법 제26조 임시투자세액공제 대상이 아니므로 경정청구를 거부하고자 한다”고 기재되었으며, 법인세경정청구검토보고서에는 “조특법 시행령 제23조의 수도권과밀억제권역 밖의 사업용자산이란 그 고정자산 자체가 수도권 밖에 소재함을 의미하는 것이 아니라, 당해 고정자산을 사용하기 위한 사업장이 수도권 밖에 소재하는 것을 의미하며, 수도권과밀억제권역 밖의 항만에 등록한 예인선이라 하더라도 예인선이 운행되는 항만은 사업장에 해당되지 않으며 법인의 주영업과 업무총괄이 본점에서 이루어지고 있어 본점이 소재한 지역을 기준으로 임시투자세액공제를 적용해야하므로 해당 자산은 임시투자세액공제 대상이 아님”이라 기재되어 있다.

(3) 살피건대, 청구법인은 예선업을 영위하는 중소기업으로서 사업용 고정자산인 선박의 경우 통상 수도권과밀억제권역이 아닌 OOO항에서 사용되므로 수도권과밀억제권역 내 사업시설의 집중 등을 유발하지 아니하는데도, 본점의 소재지가 수도권과밀억제권역 내에 있다 하여 조특법 제130조 제1항을 적용하여 조세감면을 배제할 경우 그 입법취지나 기업의 설비투자를 촉진하고자 하는 같은 법 제26조(임시투자세액공제)의 취지에 부합하지 아니하다 할 것이다 (조심 2010서1427, 2011.7.26. 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 수도권과밀억제권역 안에 소재한 청구법인 본 점에서 사업용 고정자산인 선박들이 사용된다고 하여 조특법 제26조의 규정에 의한 임시투자세액공제를 배제하여 경정청구를 거부처분 한 것은 잘못이라고 판단되나, 이 건의 경우 제출된 증빙자료로는 임시투자세액공제의 대상금액을 확인하기에는 미흡하므로 처분청이 임시투자세액 공제대상금액을 확인하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.