연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 위탁한 경우 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 여부

OOO세무서장이 2011.12.9. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OO,OOO,OOO,OOOO 의 부과처분은 처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 금액 OOO에 대하여 동 금액 발생당시 수탁자인 OOOOOO 주식회사 등으로 부터 재위탁 받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 재조사하여 이를 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 은행업 을 영위하는 법인으로, 전산시스템OOO개발과 관련하여 연구전담부서를 보유한 OOO 주식회사 등(이하 “수탁자”라 한다)에 기술용역을 위탁하고, 2008사업연도에 대하여 비용으로 지출한 OOO에 대하여 법인세 신고시 연구 및 인력개발비 세액공제 OOO 으로 하여 법인세를 신고하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 청구법인에 대한 감면사후관리 검토를 실시한 결과, 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁한 금액 OOO(이하 “쟁점재위탁비”라 한다)은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 재위탁비에 대한 연구개발용역비를 제외하고 세액공제를 재계산하여 2011.12.9. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OO,OOO,OOO,OOOO 을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.3.30. 이의신청을 거쳐 2012.5.16. 심판청구를 제기하였

• 가. 청구인 주장 청구법인이 도입한 OOO은 수년간 OOO이 소요되는 대형 전산기술개발 프로젝트로서 이러한 OOO 관련 기술을 하나의 기술개발업체가 모두 보유하는 것은 현실적으로 불가능하여 전문적인 시스템 개발업체가 전체적인 개발책임을 부담하고 부분적인 특정개발업무는 해당업무에 전문화된 중소기업에 재위탁한 것으로서 재위탁부분은 청구법인의 요청에 의한 것이 아닌 현행 산업구조의 시스템에 기인한 것인 점, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 등에 국내외 기업의 연구기관에 위탁하는 기술개발용역비용이 연구인력개발비 세액공제 대상금액으로 열거하면서 수탁기관이 하도급업체에 재위탁한 관련 비용이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니한다는 명시적 규정이 없으나, 제3자에게 재 위탁한 부분에 상당하는 금액은 세액공제를 받을 수 없다는 기획재정부 해석(재조특-844, 2009.09.25)을 근거로 재위탁비를 세액공제 대상으로 보지 않는 것은 과세권자에게 지나치게 광범위한 재량의 여지를 부여함으로써 자의적인 행정입법권 및 과세처분권 행사에 의하여 국민의 재산권이 침해되는 과세요건 법정주의에 위배되는 점 등을 종합하면, 처분청의 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인과 시스템 개발업자와의 계약서에 계획서제출 및 인력투입에 관하여 청구법인의 승인을 받도록 하고 있어 충분한 통제가 가능하므로 재위탁의 책임이 수탁자에게 있다는 주장은 타당성이 없는 점, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 국가 정책적으로 조세측면에서 특별히 지원하는 제도인 바, 납세자에게 혜택을 주는 세법규정은 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석 하여야하는 점, 세액공제 대상이 되는 위탁개발비는 수탁받은 업체에 전담부서가 있어야 하고, 전담부서 내에서 수탁 받은 연구 활동이 이루어져야 하는 바, 수탁자가 재위탁을 하였다는 것은 결국 수탁자의 연구전담부서내에 연구원 및 연구기술이 없는 등 수탁 받은 연구 활동이 이루어지지 않았다는 결과가 되는 것이며, 위탁의 본질은 재 위탁을 포함하지 않는 것으로서 전담부서에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 이라고 열거되어 있을 뿐 재위탁에 대한 공적인 견해 표명은 없는 점 등을 종합하면 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액이 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구 및 인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 〔별표6〕 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조 제2항관련) 구분 비용

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산․판매․영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다. (5) 국세기본법 제15조 【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 제시된 심리자료에 의하면, 청구법인의 위탁개발용역 및 재위탁개발용역과 관련된 비용은 아래 <표>와 같

• 다. (OO: OO) (2) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 것인지, 아니면 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지에 대하여 살펴보면, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 조특법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고,기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조) 등을 감안할 때, 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻)으로 보이나, 쟁점재위탁비 발생당시 연구 및 인력개발비를 재위탁받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 금액 등이 확인되지 아니하므로 처분청으로 하여금 쟁점재위탁비 중 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.