관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액으로 규정하고 있음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인이 1994.10.19. 취득하여 보유하던 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)가 재건축(사용승인일: 2001.6.20.)됨으로써 취득한 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.12.22. 이OOO에게 OOO원에 양도하고 2007.1.31.조세특례제한법제99조의3의 규정을 적용하여 산출세액 OOO원 전액을 감면하는 것으로 하여 양도소득세를 예정신고 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 전체 양도소득금액 중에 신축주택 취득일로 부터 5년내 발생한 양도소득금액만을 감면하고 나머지 보유기간에 대한 양도차익에 대해 납부불성실가산세OOO원을 포함한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 2012.5.7. 청구인에게 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 신축주택을 양도하면서조세특례제한법제99조의3 및 조세특례제한법 시행령제40조의 산식을 적용하여 신고하였고, 신고당시 청구인의 신고내용을 처분청이 시인했음에도 불구하고 이제 와서 재산세과-227(2009.1.20.)의 “종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의 3규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다”라는 새로운 예규를 적용하여 과세하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되어 무효이고, 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 재건축한 신축주택의 감면소득금액을 계산함에 있어 분모․분자의 “취득당시 기준시가”를 전부 “신축주택의 취득당시 기준시가”로 적용하여 100% 감면으로 신고하였음이 확인되는데, 종전주택취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 100% 감면한다는 의미가 아니라, 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 감면한다는 의미로 종전주택 보유자가 재건축을 하고 양도한 경우, 조세특례제한법 시행령제40조를 적용하여 감면소득금액을 계산함에 있어 분모의 “취득당시 기준시가”를 “종전주택 기준시가”로 보아 감면소득금액을 계산하여야 함에도 불구하고 청구인은 분모․분자의 “취득당시 기준시가” 둘다를 “신축주택의 취득당시 기준시가“로 해석하여 100% 감면신고하여 청구인이 법률의 해석 및 적용을 잘못한 것으로 판단된다. 또한, 2005년 예규는 종전주택을 재개발한 상황을 감안하지 않고 단순히 신축주택 취득자에 대한 감면을 규정하고 있어 2005년 예규에서 “취득당시”와 “취득일”을 달리보지 않고 “사용승인일”로 본 것은 국세청의 해석에 오류가 없고, 2009년의 예규에서는 재개발한 주택이 신축감면에 해당하는 경우에 대한 해석을 내린 것으로 두 예규의 상황이 전혀 달라 예규를 변경한 것이 아닐 뿐더러 소급과세금지의 원칙에 위배되지 아니하고 납부불성실가산세를 면할 정당한 사유도 존재하지 아니한다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지, 소급과세금지의 원칙 위배여부 및 납부불성실가산세를 면할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하고, 소급과세금지의 원칙에 위배되지 아니하며, 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처분이 정당하다면서, 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하고, 새로운 예규를 적용하여 과세하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되며, 납부불성실가산세 부과도 부당하다면서 양도소득세 신고서, 부동산매매계약서, 질의회신문(서면4팀-2109, 2005.11.8.) 등을 제출하였다. (3)조세특례제한법제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있고,국세기본법제18조 제3항에 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있으며, 같은 법 제47조 제1항에서 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다고 규정되어 있다.

(4) 살피건대,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다(조심 2010부415, 2010.9.17. 같은 뜻). 또한, 소급 과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 참조)인데, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실 가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 납부불성실 가산세를 포함하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.